分享自:

基因组变化与生物防治捕食瓢虫的引入研究

期刊:Evolutionary ApplicationsDOI:10.1111/eva.12774

这篇文章属于类型a,即单一原创研究报告,以下是该研究的学术报告:

本研究由李浩森(Hao-sen Li)、赫克尔(Gerald Heckel)、黄宇昊(Yu-hao Huang)、范伟建(Wei-jian Fan)、亚当·斯利平斯基(Adam Ślipiński)和庞宏(Hong Pang)等学者共同完成。研究团队分别来自中国中山大学生物防治国家重点实验室(State Key Laboratory of Biocontrol, School of Life Sciences, Sun Yat-sen University)、瑞士伯尔尼大学生态与进化研究所(Institute of Ecology and Evolution, University of Bern)、中国天津师范大学生命科学学院(College of Life Sciences, Tianjin Normal University)以及澳大利亚国家昆虫收藏馆(Australian National Insect Collection, National Research Collections, CSIRO)。该研究发表于2019年,在《Evolutionary Applications》期刊上发表,文章的DOI是10.1111/eva.12774。

学术背景

本研究的主题是基于基因组学对生物防治剂“脉翅姬小瓢虫”(Cryptolaemus montrouzieri)引入后发生的基因组变化进行探讨。生物防治是通过引入外来无脊椎物种来控制害虫种群的一种方法,尤其是通过引入捕食性物种,如瓢虫等以抑制害虫的繁殖。然而,外来物种在新环境中可能会经历不可预见的进化变化,这些变化可能影响其作为生物防治剂的效果,甚至对当地生态产生负面影响。因此,本研究的目的是探索通过减少表示法基因组测序方法(reduced-representation sequencing)研究引入的脉翅姬小瓢虫在全球不同地区的基因组变化模式和范围,分析其基因组分化情况,以评估这些基因组变化可能对生物防治的影响。

研究流程

本研究涉及多个实验步骤,首先研究者从全球七个地区采集了128个脉翅姬小瓢虫个体,包括两个人工引入地点和五个自然原生地点。所选的地点包括:澳大利亚布里斯班(QL)、堪培拉(BM)、中国深圳(SZ)、台湾台北(TP)等地区。随后,研究团队对每个个体进行了DNA提取,使用CTAB法提取基因组DNA,并对提取的DNA进行了质量检测,确保DNA浓度和质量符合后续实验的要求。

接下来,研究者采用了特定位点扩增片段测序(SLAF-seq)技术进行基因组测序。该方法通过选择适当的限制酶来对基因组DNA进行消化,随后进行PCR扩增和测序。SLAF-seq技术具有较高的效率,并能够产生非重复的、高质量的基因组片段,适用于非模式物种的基因组研究。这一方法相较于传统的全基因组测序具有更高的成本效益。

在数据分析阶段,研究者使用了多个不同的软件工具对测序结果进行单核苷酸多态性(SNP)位点的调用和筛选,包括GATK和Samtools等。对SNP数据进行严格过滤,以确保只保留具有高质量的数据。最终,研究者保留了53,032个高质量的SNP位点,这些位点被进一步用于遗传多样性和群体结构分析。

研究还特别注重了FST异常位点的检测,使用了Arlequin和Bayescan等统计方法,识别出了高和低FST异常位点。FST异常位点通常代表种群之间的显著遗传差异,有助于揭示物种的适应性演化过程。

研究结果

本研究通过基因组测序和数据分析,得到了以下主要结果:

  1. 基因多样性分析:通过对所有位点的遗传多样性分析,研究者发现引入种群的多样性显著低于原生种群,且引入种群之间的遗传差异较大。尤其是在亚洲和欧洲的引入种群中,遗传多样性呈现显著下降的趋势。此外,在两个原生种群之间,基因多样性差异较小,表明这些原生种群的遗传相似性较高。

  2. 群体结构分析:基于基因组数据,研究者构建了邻接树(NJ树)和进行了群体结构分析,结果显示,引入种群与原生种群之间有显著的遗传分化,且每个引入种群属于不同的遗传簇。通过Admixture分析,进一步确认了这种群体结构,表明这些引入种群在遗传背景上有显著的差异。

  3. FST异常位点的检测:通过FST异常位点的分析,研究者发现引入种群之间存在一些与食物来源相关的高FST位点,这些位点可能与生物防治剂的适应性演化过程有关。例如,某些高FST异常位点被映射到与碳水化合物代谢、脂质代谢和氨基酸代谢相关的基因。

  4. 基因组差异对生物防治的影响:本研究表明,不同引入历史的脉翅姬小瓢虫种群之间存在显著的遗传差异,这些差异可能影响其作为生物防治剂的效果。例如,某些引入种群在冷冻条件下表现出更好的适应性,而在饥饿条件下则表现较差,这表明基因组差异可能导致物种在不同环境条件下的表现差异。

结论与意义

本研究的结果表明,引入的脉翅姬小瓢虫种群经历了显著的基因组变化,尤其是在遗传多样性和群体结构方面。这些变化可能影响其作为生物防治剂的效率,甚至对生态环境造成潜在风险。此外,这些基因组差异也为选择性育种提供了可能性,未来可以利用这些信息改善生物防治剂的性能。

本研究的重要性在于,它为理解生物防治剂在全球范围内引入后的基因组变化提供了宝贵的数据,揭示了遗传漂变和选择在物种引入过程中的重要作用。通过这一研究,学术界能够更好地评估生物防治剂的潜在风险,并为未来的生物防治计划提供重要的参考。

研究亮点

  1. 创新的基因组研究方法:本研究采用了SLAF-seq技术,这一技术为非模式物种的基因组研究提供了新的解决方案,尤其是在遗传标记发现和群体结构分析方面具有较高的应用潜力。

  2. 遗传多样性与环境适应性:研究发现,脉翅姬小瓢虫的引入历史和环境适应性密切相关,遗传多样性的丧失与环境适应的变化存在显著关联。

  3. 对生物防治的深远影响:通过深入分析遗传差异,本研究为评估引入物种的生物防治效果和潜在的生态风险提供了全新的视角,提示了选择性育种在提高生物防治剂效率方面的潜力。

该研究不仅为生物防治领域提供了重要的遗传学证据,也为未来的物种引入和生态管理提供了理论支持。

上述解读依据用户上传的学术文献,如有不准确或可能侵权之处请联系本站站长:admin@fmread.com