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连接组重建预测用于导航的视觉特征

期刊:natureDOI:10.1038/s41586-024-07967-z

学术研究报告:果蝇视觉导航神经通路的连接组学重建与功能预测

一、研究团队与发表信息
本研究由美国加州大学圣塔芭芭拉分校的Sung Soo Kim团队、德国柏林自由大学的Mathias F. Wernet团队、霍华德·休斯医学研究所的Gerald M. Rubin团队等合作完成,于2024年10月3日发表在Nature期刊(第634卷)。研究通过电子显微镜(electron-microscopy, EM)数据,首次完整重建了果蝇(*Drosophila melanogaster*)前视觉通路(anterior visual pathway, AVP)的神经连接组,并预测了其视觉特征处理的机制。

二、学术背景与研究目标
果蝇依赖视觉信息进行导航,但其神经环路如何编码和整合视觉信息尚不明确。已知中央复合体(central complex)的EPG神经元通过整合来自ER神经元的视觉输入计算航向,而ER神经元属于AVP的一部分。AVP包含四个神经纤维网(neuropil),由三类主要神经元(MeTu、TuBu、ER)依次连接。此前研究受限于技术分辨率,对AVP神经元的分类和连接模式存在争议。本研究旨在通过全脑EM数据集(FAFB)的密集重建,提供AVP的突触级连接图谱,解析视觉特征提取的神经逻辑,并为跨物种比较奠定基础。

三、研究流程与方法
1. 数据获取与神经元重建
- 使用公开的FAFB数据集(成年雌性果蝇全脑EM数据),通过AI辅助平台FlyWire手动校对所有AVP神经元(MeTu、TuBu、ER)。
- 重建了894个MeTu神经元(左右半球各441/453)、150个TuBu神经元(各75)、232个ER神经元(各116),以及作为参考的1,574个视叶内Mi1神经元(用于定义视网膜拓扑柱)。

  1. 神经元的分类与亚型鉴定

    • MeTu神经元分类:根据轴突在前视结节小单元(aotusu)的投射区域,分为四类(MeTu1-MeTu4),进一步通过形态、突触连接和上游输入划分为10个亚型(如MeTu2a/2b、MeTu3a/3b/3c等)。
    • 功能通道验证:结合遗传标记(split-GAL4驱动)和UMAP降维分析,确认亚型的分子表达与连接模式一致性。
  2. 突触连接分析

    • 计算神经元间的突触权重矩阵,分析MeTu→TuBu→ER的通路特性。
    • 使用非线性降维(UMAP)和层次聚类,解析MeTu神经元的输入-输出模式。
  3. 视觉特征预测与生理验证

    • 反向追踪:从ER神经元出发,通过连接组推断其上游MeTu的树突野,结合微CT(microCT)眼图映射视觉感受野。
    • 钙成像实验:通过双光子显微镜记录ER4d和ER2神经元对视觉刺激(点阵投影)的反应,验证其感受野的几何特性。

四、主要研究结果
1. AVP的并行信息通道
- MeTu1:形成均质群体,树突垂直跨越视叶40°方位角,通过TuBu08驱动ER4d神经元,可能编码垂直边缘或方位角信息(类似哺乳动物初级视皮层的简单细胞)。
- MeTu2:分为两个亚型(MeTu2a/2b),专用于处理天空偏振光(通过R7-DRA通路),其中MeTu2b整合对侧半球输入,可能处理全局偏振模式。
- MeTu3:三个亚型(MeTu3a/3b/3c)分别编码偏振(MeTu3a)、颜色(通过mi15-R8通路)和二维场景组织(MeTu3c→ER2)。
- MeTu4:四个亚型(MeTu4a-4d)接收宽场输入(如运动信号),可能参与腹侧光流处理。

  1. 跨半球整合与特征压缩

    • TuBu神经元通过Tutu神经元接收对侧输入,形成抑制性环路(如MeTu3与TutuB_a的互连)。
    • 视觉信息在MeTu→TuBu阶段经历空间压缩(高分辨率→低分辨率),而在TuBu→ER阶段重新扩展为多特征表征。
  2. 生理验证结果

    • ER4d神经元的感受野呈垂直长条形(高76°±13°,宽31°±12°),支持其对方位角的选择性;ER2的感受野更小(高59°±13°,宽30°±9°),呈二维平铺,符合场景编码的预测。

五、研究结论与意义
1. 科学价值
- 首次提供AVP的完整突触级连接组,揭示了果蝇视觉导航的四大并行通道(偏振、方位角、二维场景、宽场运动)。
- 提出“压缩-再扩展”的视觉特征处理逻辑,为理解昆虫导航的神经机制提供了框架。

  1. 应用价值
    • 连接组数据可指导后续生理实验(如特定ER神经元的操控),并为仿生导航算法设计提供启发。
    • 跨物种保守性分析(如蜜蜂、蝗虫)可能揭示导航环路的普适原理。

六、研究亮点
1. 技术创新:结合高分辨率EM重建与功能性预测,突破了传统光镜的局限。
2. 理论突破:明确了AVP各层神经元的特征提取分工,尤其是MeTu3c对二维场景编码的发现。
3. 跨学科影响:为神经科学、计算模型及机器人导航领域提供了基础数据。

七、其他发现
- 不同果蝇个体间AVP神经元的数量与亚型存在变异(如MeTu4b的缺失),提示发育可塑性。
- 部分ER神经元(如ER5)可能参与昼夜节律调节,扩展了AVP的多功能角色认知。

(注:术语翻译示例:前视觉通路(anterior visual pathway, AVP)、视叶(optic lobe)、突触(synapse)、感受野(receptive field))

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