Eeva-Liisa Eskelinen 于2005年在《Autophagy》期刊（第1卷第1期，第1-10页）上发表了一篇题为《Maturation of autophagic vacuoles in mammalian cells》的综述。作者当时任职于德国基尔大学生物化学研究所（Institute of Biochemistry, University of Kiel）。这篇综述系统梳理了哺乳动物细胞中自噬泡（autophagic vacuoles）成熟过程的研究进展，尤其聚焦于自噬体（autophagosomes）如何通过与内体（endosomes）和溶酶体（lysosomes）的融合逐步转变为具有降解能力的自噬溶酶体（autolysosomes），并重点介绍了刚刚开始被揭示的分子调控机制。
作者首先明确了自噬泡的形态学分类与成熟模型。在哺乳动物细胞中，自噬被诱导后，扁平的膜池包裹部分胞质或细胞器，形成双层膜的自噬体。自噬体不含溶酶体蛋白，随后经历与内体及溶酶体的融合事件而逐步成熟。在超微结构研究中，常使用“早期/初始自噬泡（early/initial autophagic vacuoles, AVI）”和“晚期/降解性自噬泡（late/degradative autophagic vacuoles, AVD）”的分类。AVI内含形态完整的胞质，相当于尚未开始降解的自噬体或刚与内体融合的结构；AVD内含部分降解的胞质，表现为电子密度增高，可以是与内体融合形成的两性体（amphisomes）或已与溶酶体融合形成的自噬溶酶体。这种分类与溶酶体标志物的递送有良好相关性：AVI中溶酶体蛋白和酶含量很低，而AVD中则相当丰富。此外，溶酶体膜蛋白和胆固醇也主要在晚期自噬泡的外界膜中被检测到，说明这些成分是在成熟过程中被逐步递送的。
随后，作者回顾了自噬基因和自噬体形成的关键分子机制。酵母自噬基因的发现揭示了两个新颖的类泛素结合系统：Atg12–Atg5结合系统和Atg8–磷脂酰乙醇胺结合系统，二者对自噬体形成必不可少。哺乳动物中Atg12–Atg5结合物定位于正在形成自噬体的膜上，一旦封闭的自噬体形成，该结合物便脱落。哺乳动物Atg8的同源物是微管相关蛋白1轻链3（LC3），它同样需要与磷脂酰乙醇胺结合后才能与膜结合，并定位在新生的和早期的自噬泡膜上。自噬体封闭后，外层膜上的LC3被剪切回收，而内层膜上的LC3则被困在自噬泡内，直至被进入的溶酶体酶降解。因此，LC3成为首个特异性自噬泡标志蛋白。定量免疫金标记显示，59%的早期自噬泡和29%的晚期自噬泡呈LC3阳性，标记密度随成熟程度而下降，印证了LC3主要标记早期自噬泡但也可检测部分晚期自噬泡。表达GFP-LC3的转基因小鼠进一步揭示，饥饿诱导的自噬在心、肝、胰、肾等组织中反应明显，而脑中未观察到同样强烈的反应。
在融合事件方面，作者整合了既往大量实验证据，提出自噬体成熟是一个多步骤融合过程：自噬体首先与早期内体来源的囊泡融合，接着与多囊泡内体（multivesicular endosomes）融合形成两性体，最后两性体与致密溶酶体融合形成自噬溶酶体。支持该模型的证据包括：自噬体界膜仅含微量溶酶体膜蛋白，而晚期自噬泡界膜富含此类蛋白；内吞示踪物可经由此路径进入自噬泡；透射电镜下频繁观察到自噬泡与多囊泡内体的融合图像。作者及他人大量免疫金标记数据表明，溶酶体膜蛋白如LAMP1和Cathepsin D主要在AVD中富集，而AVI中含量极低。胆固醇的分布也呈现类似规律，吞噬泡（phagophore）几乎无胆固醇，AVI的胆固醇含量较低，而AVD外界膜则高度富集胆固醇。此外，自噬泡内部的pH在成熟过程中逐渐酸化，AVI的pH约为6.4，AVD降至约5.7，这种酸化可能由携带质子泵的囊泡融合所介导，甚至可能发生在溶酶体酶大量到来之前。
调控自噬泡成熟的因素是该综述的核心内容。作者首先简略回顾了在酵母中被证实为自噬体-液泡融合所必需的蛋白，如Ypt7（Rab7同源物）、Vam3、Vti1、Sec18等，并指出除Ypt7和Vti1外，其他蛋白在哺乳动物自噬中的作用仍不明了。随后，作者详细列举了在哺乳动物细胞中干扰自噬泡成熟的药物和蛋白质分子。
微管抑制剂如长春碱（vinblastine）和诺考达唑（nocodazole）会在不同细胞类型中引起自噬泡积累，其中肝细胞主要积累早期自噬泡，成纤维细胞则主要积累晚期自噬泡，提示二者融合受阻，但不同细胞对微管完整性的要求可能存在差异。天冬酰胺（asparagine）特异性阻断自噬体与溶酶体的融合，而不影响与内体的融合。蛋白酶抑制剂亮肽素（leupeptin）等通过抑制溶酶体酶活性，导致晚期自噬泡大量堆积，但自噬泡与内体和溶酶体的融合仍可发生，只是内容物不能被降解。巴弗洛霉素A1（bafilomycin A1）通过抑制液泡型质子泵间接抑制溶酶体酶，并直接阻断自噬体与内体和溶酶体的融合，提示自噬泡或内体/溶酶体的酸化可能是融合的前提条件。
在蛋白质层面，作者重点阐述了数个新发现的调控因子。SKD1是酵母Vps4的哺乳动物同源物，是一种AAA ATP酶，其显性负性突变体的表达导致自噬体大量积累，晚期内体标志物无法递送到自噬体，表明自噬体与内体的融合被阻断，并且这种阻断进而阻止了与溶酶体的融合，暗示成熟步骤具有严格的先后顺序。SNARE蛋白Vti1b的缺失小鼠肝细胞中，晚期自噬泡和多囊泡内体均有积累，且两个自噬泡之间的融合图像增多，提示Vti1b可能参与自噬泡之间或多囊泡内体与自噬泡之间的融合完成过程。小GTP酶Rab7被证实存在于自噬泡界膜上，且其标记密度从AVI到AVD逐渐增加。通过显性负性Rab7突变体或RNA干扰抑制Rab7功能，均导致饥饿条件下自噬泡积累。定量电镜分析表明，Rab7敲低后AVI数量未变，但AVD增加，同时内吞示踪物从早期内体向自噬泡的递送不受影响，而从溶酶体摄取的示踪物递送则受阻。多囊泡内体与自噬泡的融合事件依然发生。这些结果一致表明，Rab7并非为自噬体与内体的融合所需，而是为自噬泡与溶酶体的最终融合所必不可少。
溶酶体膜蛋白LAMP2的缺失会导致肝细胞、心肌和骨骼肌细胞中早期和晚期自噬泡均显著积累，饥饿诱导的长寿蛋白降解减慢。在LAMP2缺陷肝细胞中，Cathepsin D和LAMP1被递送到自噬泡内的效率降低，但与多囊泡内体的融合仍然发生，提示与溶酶体的融合可能受损。LAMP1/LAMP2双敲除的成纤维细胞中，晚期自噬泡显著增加，而与多囊泡内体的融合也正常，Rab7向自噬泡的递送则严重迟滞。这暗示LAMP1/2的缺失可能通过引起胆固醇在Rab7阳性区室中积累，间接干扰了Rab7的功能，从而阻碍了与溶酶体的融合。值得注意的是，LAMP2基因突变所致的人类Danon病（Danon disease）表型与此极为相似，表现为致死性心肌病，凸显了该通路在人体中的重要性。
溶酶体蛋白酶同样不可或缺。小鼠缺失Cathepsin D后在脑内出现自噬泡堆积，并伴有线粒体ATP合酶c亚基的沉积，这与某些神经元蜡样质脂褐质沉积症（neuronal ceroid lipofuscinosis）患者的病理特征类似。Cathepsins B和L双缺失小鼠也呈现脑萎缩和神经元内类似AVD的囊泡积累。这些发现表明，自噬在脑发育和稳态维持中发挥作用，溶酶体酶的缺乏会导致自噬底物降解不彻底，引发神经退行性变。早老素1（Presenilin 1）的缺失导致皮层神经元和成纤维细胞中出现LC3和ATG12阳性的空泡积累，其中含有端脑素（telencephalin），且这些空泡缺乏内体/溶酶体标志物，提示早老素1可能在自噬体成熟的早期步骤中起作用，且该功能独立于其γ-分泌酶活性。
基于以上多方面的证据，作者总结出一个自噬泡成熟的多层次调控网络，并以图示方式（原图6）标明各因子作用于成熟过程中的大致位置。在展望部分，作者特别强调自噬的保护性角色：过去自噬被视为一种破坏性途径，而新发现表明，自噬成熟受阻可导致严重疾病（如Danon病、神经元蜡样质脂褐质沉积症以及阿尔茨海默病相关的早老素突变），自噬实际上承担着不可或缺的管家和细胞保护功能。此外，当时已有研究表明自噬的诱导可能抑制肿瘤发生或延长寿命，进一步突显了自噬在健康与疾病中的核心地位。
该文的意义在于，它将哺乳动物自噬领域长期以来积累的形态学和细胞生物学证据与新兴的分子调控机制衔接起来，为理解自噬成熟过程中的膜融合事件提供了一个清晰的框架。通过对SKD1、Rab7、LAMP2等关键分子的功能解析，作者揭示了自噬体成熟并非简单的单步融合，而是一个需要依次跨过内体和溶酶体两个站点的阶梯式过程，且每个步骤由特定的分子机器严格把关。这一框架不仅深化了对自噬细胞生物学的基本认识，也为后续探讨自噬缺陷在溶酶体贮积症、神经退行性疾病、心肌病和肿瘤等人类疾病中的作用奠定了重要基础。