Wei Zhao、Jian Zhou、Zhe Li、Tingsen Jing、Li Zhao和Hua Ye等研究人员在2020年2月26日于《Conservation Genetics Resources》期刊上发表了题为“Characterization of 55 SNP markers in Chinese longsnout catfish Leiocassis longirostris”的研究论文。该研究聚焦于中国长吻鮠（Leiocassis longirostris）的遗传标记开发，旨在为其种群保护和遗传图谱构建提供科学依据。

学术背景

中国长吻鮠是一种在中国具有重要经济价值的水产养殖物种。然而，由于人类活动的影响，其种质资源严重退化，亟需开发遗传标记以研究其自然资源。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）作为一种新型遗传标记，因其共显性、丰富的遗传变异和高通量基因分型的潜力，逐渐成为最具有前景的遗传标记。尽管SNP在多种水产养殖物种中已有广泛应用，但针对中国长吻鮠的SNP标记开发仍较为有限。因此，本研究旨在通过转录组数据鉴定和评估中国长吻鮠的SNP标记，为其种群保护和分子育种提供资源。

研究流程

本研究主要包括以下几个步骤：

1. 样本采集与DNA提取
   研究从中国四川省岷江中游的稀有鱼类保护基地采集了120尾中国长吻鮠的鳍组织样本。使用上海生工的Ezup柱式动物基因组DNA纯化试剂盒提取基因组DNA。

2. SNP标记筛选与引物设计
   从中国长吻鮠的转录组数据中随机选择了90个SNP位点进行多态性评估。使用Assay Design 3.1软件根据SNP位点的序列信息设计单碱基延伸引物。

3. PCR扩增与SNP基因分型
   PCR扩增在5 µL体积的384孔板中进行，反应条件为：94°C预变性2分钟，随后进行45个循环的94°C变性20秒、56°C退火30秒、72°C延伸1分钟，最后72°C延伸3分钟。使用iPlex终止子和iPlex酶进行单碱基延伸反应，反应产物经树脂脱盐后，通过Sequenom MassARRAY® MALDI-TOF系统进行SNP基因分型。

4. 数据分析
   使用PopGene 3.1软件计算等位基因频率、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、Hardy-Weinberg平衡偏离（HWE）和连锁不平衡（LD）。使用PIC Calc软件进行多态性信息含量（PIC）分析。

主要结果

在90个潜在的SNP标记中，55个位点成功扩增并在120个样本中显示出多态性。主要结果如下：

1. SNP标记的多态性
   次要等位基因频率（MAF）范围为0.0417至0.5000，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别介于0.0833至0.8750和0.0802至0.5021之间，平均值分别为0.4185和0.3636。PIC分析显示，14个位点为低多态性，其余位点为中等多态性。

2. Hardy-Weinberg平衡偏离
   55个位点中有27个显著偏离Hardy-Weinberg平衡（p < 0.05），可能由样本量较小、遗传突变或遗传漂变等因素引起。

3. 连锁不平衡
   未发现位点对之间存在显著的连锁不平衡（LD）。

结论

本研究成功鉴定了55个中国长吻鮠的SNP标记，并评估了其多态性和遗传参数。这些SNP标记将为中国长吻鮠的种群遗传学、遗传图谱构建和分子标记辅助育种提供重要资源。此外，研究结果还为其他水产养殖物种的SNP标记开发提供了参考。

研究亮点

1. 重要发现
   本研究首次系统性地鉴定了中国长吻鮠的SNP标记，并提供了详细的遗传参数分析。

2. 方法创新
   研究采用Sequenom MassARRAY® MALDI-TOF系统进行高通量SNP基因分型，提高了标记筛选的效率和准确性。

3. 研究对象特殊性
   中国长吻鮠作为一种重要的经济鱼类，其种质资源的保护和遗传研究具有重要的生态和经济价值。

其他有价值的内容

本研究得到了中央高校基本科研业务费专项资金（XDJK2017B008、XDJK2017C035、5360300098）和国家自然科学基金（31960730）的支持。研究团队还感谢稀有鱼类保护基地在样本采集方面的协助。

通过本研究，研究人员不仅为中国长吻鮠的遗传资源保护提供了科学依据，还为其他水产养殖物种的遗传标记开发提供了重要参考。