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通过DNA框架纳米粒子自组装形成的多样化结构

期刊:Nature ChemistryDOI:10.1038/nchem.2540

这项研究由Brookhaven National Laboratory的Oleg Gang教授领导,Wenyan Liu、Jonathan Halverson、Ye Tian、Alexei V. Tkachenko等研究人员共同完成,于2016年9月发表在《Nature Chemistry》期刊上。

该研究的学术背景聚焦于纳米科学与自组装领域。经过数十年的发展,胶体自组装研究已从探究组分自组织成有序结构的基本原理,转向了对最终结构的主动操控。然而,要实现具有深远意义的纳米制造,必须解决一个更具挑战性的问题:如何在不显式规定每个粒子精确位置的前提下,自发形成具有预设复杂构型的纳米粒子结构。传统制造是确定性的,依赖详尽的蓝图,而自然界制造生命体则采用一种截然不同的原则——将复杂的“指令”嵌入系统本身,从而实现极高的信息效率。受此启发,研究者们将自组装视为一种利用最小化信息来生成复杂结构的方法,信息被“编码”在系统组件中。尽管已有研究通过调控粒子形状和相互作用潜能,生成了多种周期性和准周期性结构,并探索了非平衡态和种子诱导等控制方法,但要实现任意设计架构的自组装仍面临重大挑战。理论上,通过将多类型、各向异性的亲和力嵌入构建基元,可以创建具有高信息内容的结构。本研究的目标,正是实验性地验证这一概念,开发一种普适性策略,利用一组具有各向异性、选择性结合能力的异质纳米粒子模块,创造预定的平面架构,包括周期结构和任意形状的介观物体。

研究的详细工作流程如下。首先,研究者设计并制备了核心构建模块——多色纳米粒子。该模块将二维刚性DNA折纸框架与金纳米粒子整合为一体。DNA框架中心有一个方形窗口,内部设计有单链DNA用于捕获金纳米粒子。框架外侧四个边则被单独编码,植入具有特定序列的短单链DNA,作为四个具有不同“颜色”的χ补丁,以提供各向异性且可识别的结合位点。通过混合、退火DNA框架和表面修饰了互补DNA的金纳米粒子,成功制备了这些DNA框架化的粒子,原子力显微镜成像验证了其形态均一性和近乎完美的产率。根据框架上χ补丁的连接拓扑,研究者定义了五类主要模块:T型(一个连接器,终端粒子)、L型(两个连接器,90°键角)、I型(两个连接器,180°键角)、Y型(三个连接器)和X型(四个连接器)。这构成了一个可定制的粒子“字母表”。

其次,研究者利用这些模块演示了多种目标结构的自组装。为了组装方形和十字形纳米团簇,他们分别设计了由两个L型粒子组合以及由一个X型粒子与四个T型粒子组合的方案。将对应的DNA功能化纳米粒子与预组装的DNA框架按化学计量比混合,采用一锅法退火程序,使模块先形成,再通过χ补丁的识别自组装成目标形态。AFM成像直接可视化了组装结果,显示形成了与预设一致的方形和十字形团簇,并对部分组装的结构进行了分析。产率统计显示,方形团簇和十字形团簇的组装效率分别约为54%和57%,凝胶电泳结果与此一致。研究者还展示了利用不同拓扑模块构建一维线性阵列(均聚物)和锯齿形链(杂聚物)的过程。对于线性链,使用I型粒子;对于锯齿形链,使用L型粒子。通过AFM和原位小角X射线散射对溶液中形成的链结构进行了表征,SAXS确认了体相溶液中链的形成及粒子间距。特别地,锯齿形链的长度分布显示出显著的奇偶效应,即偶数粒子的链比例高于奇数粒子的链。

随后,研究扩展至二维周期性阵列。利用具有四连接位点、呈90°键角的X型粒子,通过其互补配对,成功自组装出二维正方形纳米粒子晶格。AFM图像展示了具有微米级畴尺寸的高保真度有序晶格。通过SAXS表征,在体相溶液中观察到了超过20个布拉格衍射峰,明确证实了长程有序的二维正方晶格结构,并精确测定了晶格常数。研究者还通过组合空心和填充粒子的模块,构建了更复杂的、具有双倍粒子间距的二维晶格,展示了方法的通用性。

最后,作为该方法普适性和可扩展性的终极演示,研究者设计并自组装了一个任意形状的复杂介观架构——莱昂纳多·达·芬奇“维特鲁威人”的纳米尺度模型。该结构由14个PχNP组成,涉及11种不同类型,涵盖了T、L、I、Y、X全部五种拓扑类别。AFM图像观察到了与设计完全匹配的高保真度“纳米维特鲁威人”结构,证明了该组装策略能够用于创建复杂、非对称的预设架构。

研究的主要结果体现在各个组装演示中。具体而言:(1)方形和十字形等有限团簇的成功组装及高产率,验证了模块化设计及其结合特异性的有效性。理论模型和布朗动力学模拟结果与实验观察到的产物分布(质量分数)高度吻合,表明该组装过程在实验时间尺度上基本处于可逆平衡态。对十字形团簇的分析引入了基于键合概率p的平衡分布模型,而对方形团簇中观察到的二聚体存在等非平凡分布,则通过考虑不同键合类型(“颜色”)之间自由能差异的扩展模型得到了解释。(2)一维线性链和锯齿形链的组装,不仅证明了构建聚合物类似物的能力,其链长分布的指数衰减行为(线性链)和奇偶效应(锯齿链)为理解组装热力学提供了数据。理论分析表明,线性链的分布符合经典的Flory逐步增长聚合理论形式,但平均链长由键强度而非动力学决定。锯齿链的奇偶效应直接源于两种键合类型的自由能差异,动态光散射测得的熔解温度差支持了这一结论。(3)二维正方晶格的成功组装是本研究的一大亮点。SAXS数据中大量高阶布拉格峰的出现,无可辩驳地证明了在溶液中形成了高度有序的二维超晶格,其衍射峰位置与正方晶格的预期完全匹配,展现了该方法在构建大面积、长程有序纳米材料方面的巨大潜力。(4)“纳米维特鲁威人”的成功自组装是方法通用性的最有力证明。它表明,通过精心设计模块的拓扑类别和颜色编码,并按照目标结构的化学计量比混合,可以实现包含多种模块类型的复杂、非周期性结构的可编程自组装。

该研究得出核心结论:研究者们成功演示了一种简单而普适的策略,通过利用具有各向异性和选择性结合能力的纳米尺度模块,可实现平面结构(包括周期阵列、简单形状和复杂介观架构)的可预测自组装。他们将纳米粒子的材料功能与DNA编码的精确结合特性整合到统一的、高度可定制的模块中,从而在不需要规定每个组件具体位置的情况下,实现了从“指令”到“物质化实现”的转化。

本研究的科学价值与应用前景十分显著。在科学层面,它架起了纳米粒子与复杂DNA纳米结构之间的桥梁,为自组装领域提供了一种全新的、信息高效的设计范式。研究不仅展示了实验可行性,还通过理论模型和模拟对组装过程、产物分布和形态细节进行了定量预测和阐释,加深了对复杂多组分系统自组装热力学的理解。在应用层面,该方法为按需创建功能纳米材料与器件开辟了广阔道路。由于模块允许整合不同种类、尺寸的纳米粒子(如等离子体、磁性、催化粒子),并能通过设计框架的对称性和相互作用,实现粒子在空间的精确排列,因此有望在催化、光学(如等离子体滤波器、光操控)、磁性材料、传感等领域催生新型功能材料。例如,通过排列等离子体粒子可以设计等离子体滤波器或涂层;通过定向排列粒子可以操控光的旋转。

本研究的亮点突出。首先,最重要的发现是实现了从“粒子字母表”到“结构句子”的可编程自组装,特别是复杂任意形状“纳米维特鲁威人”的成功,展示了前所未有的架构控制能力。其次,研究方法的创新性极高,创造性地将DNA折纸框架作为“腰带”包裹纳米粒子,构建了兼具各向异性、选择性和可编程性的PχNP模块,这一模块化设计是关键突破。再次,研究对象(多色纳米粒子模块)及其目标(预设任意平面架构)具有高度的特殊性。最后,研究结合了AFM、原位SAXS、DLS、凝胶电泳、理论建模和布朗动力学模拟等多种先进表征和分析手段,提供了从纳米尺度形貌到体相溶液结构、从实验观察到理论预测的全方位、相互印证的有力证据,使得结论极为坚实。

其他有价值的内容包括:研究展示了通过调整模块的化学计量比可以操纵组装结构(如链长分布),这提供了另一种调控手段;验证了分步退火协议和异质粒子系统的可行性,拓展了方法适用范围;同时指出,尽管本研究基于四重对称性模块,但该方法可扩展至其他对称性及其组合,并有望用于设计和制造三维架构,预示着更广阔的发展空间。

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