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利用人源神经干细胞来源的人工细胞器改善氧化磷酸化的研究

期刊:Nature CommunicationsDOI:10.1038/s41467-024-52171-2

本文发表于 Nature Communications 期刊(2024年,第15卷,文章号7855)。该研究的主要作者团队包括 Jiayi Wang、Mengke Zhao、Meina Wang、Dong Fu、Lin Kang、Yu Xu、Liming Shen、Shilin Jin、Liang Wang 和 Jing Liu。所有作者均来自中国大连医科大学第一附属医院干细胞临床研究中心、国家地方联合工程实验室、国家基因检测中心以及辽宁省干细胞与精准医学前沿技术重点实验室。

本研究属于再生医学、神经科学和生物医学工程交叉领域。其学术背景聚焦于一个关键的科学问题:如何有效治疗因线粒体功能障碍(尤其是氧化磷酸化功能受损)导致的中枢神经系统疾病。线粒体氧化磷酸化是细胞能量产生的核心,对于大脑正常功能至关重要。然而,在多种急慢性神经退行性疾病中,线粒体氧化磷酸化功能受损会导致三磷酸腺苷合成不足和活性氧过度产生,引发神经元死亡。虽然神经干细胞在改善中枢神经系统线粒体功能障碍方面显示出潜力,但其临床应用面临诸多挑战,如生物学异质性不可控、致瘤风险、免疫排斥和伦理问题。因此,开发一种可控、安全、有效的替代疗法具有迫切需求。本研究的目标正是为了应对这一挑战。研究者提出,在细胞器层面进行调控可能是一种精确的治疗策略。受天然细胞器功能的启发,他们旨在开发一种源自神经干细胞的人工细胞器,以模拟线粒体氧化磷酸化功能,从而规避传统干细胞疗法的弊端,为中枢神经系统疾病提供一种新型“无细胞”疗法。

详细研究流程如下:

第一步:人工细胞器的设计与合成 1. 构建均质的亲本细胞:为了克服产品异质性,研究者首先构建了人条件性永生化克隆神经干细胞作为生产人工细胞器的“亲本细胞”。他们通过转导条件性永生化基因 c-MycERTAM 到神经干细胞中,并利用流式分选和克隆技术,获得了三株基因型相同、特性一致的克隆细胞系。这些细胞在添加 4-羟基他莫昔芬时可快速扩增,移除后则停止增殖并可分化为神经元和胶质细胞,确保了上游细胞来源的均一性。 2. 开发人工细胞器制备方法:研究者提出了一种基于膜自组装的“自上而下”的系统性设计方案。具体流程是:收集大量条件性永生化克隆神经干细胞,使用高压匀浆机进行机械挤压,以破坏细胞膜(特别是线粒体内膜)结构。随后,利用膜成分的自组装特性,使其在特定条件下重新卷曲成球状囊泡。通过顺序挤压不同孔径的过滤器,最终制备出尺寸高度均一(直径约100-120纳米)的囊泡,命名为“自组装氧化磷酸化人工细胞器”。整个生产过程在流线型的封闭操作系统(完全自动化设备)中进行,以提高过程控制和批次间一致性。 3. SAOs的基本表征:对制备出的 SAOs 进行了全面的物理和生化表征。透射电镜显示其呈“杯状”形态。纳米颗粒追踪分析和 Zeta 电位测量确认了其尺寸均一性和表面电位。蛋白质组学分析揭示了 SAOs 的膜蛋白来源广泛,包括细胞膜、线粒体、细胞核、内质网等多种膜结构,但其中高丰度蛋白主要来源于线粒体。功能验证实验表明,SAOs 富含氧化磷酸化复合物 I-V 以及细胞色素 c,具备完整的电子传递链组件。在体外,当提供外源性还原当量时,SAOs 能够建立膜电位并成功合成 ATP。将 SAOs 与小鼠海马神经元共孵育后,能剂量依赖性地增加细胞内的 ATP 水平,甚至在细胞自身线粒体功能被抑制剂阻断后,SAOs 仍能提升细胞的耗氧率和 ATP 合成,证明其可以作为独立的功能单元在宿主细胞内执行氧化磷酸化功能。

第二步:SAOs 成分的组学分析与功能评估 1. 蛋白质与 miRNA 分析:为了深入理解 SAOs 的生物学特性,研究者系统分析了其蛋白质和 miRNA 组成。蛋白质组学比较分析发现,与亲本神经干细胞相比,SAOs 显著富集了膜蛋白(尤其是线粒体和细胞膜来源)以及细胞质蛋白(特别是线粒体细胞器蛋白),而核蛋白较少。功能分类显示,SAOs 富含离子通道和转运蛋白,而转录和翻译调节蛋白较少。基因本体富集分析和基因集富集分析均确认,SAOs 的核心功能通路是氧化磷酸化和氧化还原过程。此外,全外显子组测序证实 SAOs 含有完整的线粒体 DNA 序列。对 SAOs 中 miRNA 的分析表明,其富集的 miRNA(主要是 let-7 家族)与神经系统发育和疾病调控密切相关。 2. 体外功效验证:在多种氧化应激模型(如过氧化氢、氧糖剥夺、琥珀酸驱动 ROS 模型)中测试 SAOs 的保护作用。结果表明,SAOs 能显著减少神经元损伤和凋亡,恢复细胞形态。进一步的机制研究表明,SAOs 的治疗效果不依赖于其携带的 mtDNA 的递送和复制,而是作为氧化磷酸化功能单元发挥作用。SAOs 能被神经元有效内吞(部分可进入线粒体),降低线粒体内 ROS 水平,恢复线粒体膜电位,改善线粒体氧化磷酸化功能。透射电镜观察显示,SAOs 能减轻线粒体肿胀,恢复线粒体嵴的形态,从而减少细胞色素 c 向胞质的释放,并下调下游凋亡相关蛋白 caspase-9 和 caspase-3 的活化水平。转录组学分析进一步证实,SAOs 处理上调了与氧化磷酸化、三羧酸循环、线粒体翻译、脂肪酸降解以及神经发育相关的基因表达。 3. 促进神经再生的评估:研究发现 SAOs 不仅能保护神经元免受凋亡,还能促进神经再生。在氧糖剥夺条件下,SAOs 处理能上调与神经元分化、轴突形成和突触发生相关的基因表达。长期培养显示,SAOS 处理的神经元表达更高的成熟神经元标志物,且突触相关蛋白共定位增加。钙成像表明神经元自发钙瞬变频率更高,提示神经元功能更成熟。在脑类器官模型中,SAOs 主要被神经元摄取,并能改善氧糖剥夺后脑类器官的分层结构和发育,上调神经发生和轴突发育相关基因。

第三步:作用机制探究 为了模拟复杂的脑内神经微环境,研究者利用人神经干细胞分化得到的混合神经细胞群体(包含神经祖细胞、神经元和神经胶质细胞)建立了氧化应激模型,并进行了高通量单核 RNA 测序分析。通过无监督聚类,识别出一个与凋亡相关的细胞群。基因集富集分析发现,该凋亡群中丝裂原活化蛋白激酶通路显著激活。进一步的验证实验表明,SAOs 处理能显著降低氧化应激神经细胞中磷酸化 ERK、JNK 和 p38 的水平,减轻细胞损伤和凋亡。而当使用 ERK1/2 激活剂 MSK1 时,SAOs 的保护作用被逆转。这些结果提示,SAOs 可能通过抑制 MAPK (ERK-JNK-p38) 通路的磷酸化来逆转氧化应激诱导的细胞凋亡,促进细胞“绝处逢生”。

第四步:体内疗效与安全性验证 1. 靶向修饰与体内分布:为了将 SAOs 特异性地递送至中枢神经系统,研究者用狂犬病病毒糖蛋白衍生肽 RVG29 对 SAOs 进行表面修饰。静脉注射后,修饰后的 SAOs 在脑内的分布显著高于未修饰组,实现了脑靶向。 2. 中风模型疗效评估:在大鼠大脑中动脉阻塞模型中,通过立体定位注射 RVG29 修饰的 SAOs。单核 RNA 测序分析显示,SAOs 处理促进了神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞等多种脑内细胞的修复和再生,并增强了这些细胞的氧化磷酸化水平。离体脑组织耗氧率测定证实了 SAOs 对线粒体功能的改善。磁共振成像显示 SAOs 减少了脑水肿体积。组织学分析表明,SAOs 显著减少了梗死区域的细胞凋亡,抑制了反应性星形胶质细胞增生和胶质瘢痕形成,并减小了脑梗死体积。一系列长期行为学测试表明,SAOs 治疗显著改善了 MCAO 大鼠的运动功能、前肢力量、协调平衡能力以及空间学习和记忆能力,并减轻了长期脑组织损失。 3. 全面安全性评估:研究对 SAOs 进行了系统的临床前安全性评价。致瘤性评估:将高剂量 SAOs 立体定位注射至荷胶质瘤小鼠脑内,4周后 MRI 显示肿瘤体积与对照组无差异。体外实验也表明,SAOs 不影响多种胶质瘤细胞的增殖、迁移和侵袭能力。免疫原性评估:给小鼠静脉注射高剂量 SAOs 后,仅在早期(第1、3天)外周血淋巴细胞亚型出现短暂变化,第7天恢复;主要免疫器官的免疫分型及血清细胞因子水平均无显著异常。将治疗剂量 SAOs 注射入 MCAO 大鼠脑内,也仅观察到短暂、轻微的免疫指标变化。SAOs 对人类外周血单个核细胞的增殖也无持续影响。毒性评估:对小鼠进行为期2个月的高剂量静脉给药毒性试验,结果显示动物的体重、主要脏器系数、血液学指标、血清生化指标以及组织病理学检查均未发现明显异常。在 MCAO 大鼠中进行为期29天的治疗剂量脑内给药,也未观察到明显的器官毒性。

本研究的主要结论是:成功开发了一种基于膜自组装技术、源自人条件性永生化神经干细胞的新型氧化磷酸化人工细胞器。该人工细胞器具有尺寸均一、成分明确的特点,能作为仿生细胞器在宿主细胞内执行氧化磷酸化功能,有效改善 ATP 合成不足,纠正线粒体 ROS 过度产生,从而减轻氧化应激损伤,促进受损神经细胞的修复和再生。在缺血性中风模型中,SAOs 展现出显著的神经保护和促进功能恢复的疗效。更重要的是,该策略从源头上解决了干细胞疗法面临的异质性、致瘤性、免疫排斥和伦理等关键转化难题。

本研究的科学价值与应用价值显著。在科学上,它提出了“细胞器疗法”的新概念,为在亚细胞器水平精准调控细胞代谢功能提供了创新范式和技术框架。在应用上,它提供了一种具有高度可控性、可规模化生产、安全性良好的“无细胞”治疗候选策略,为治疗线粒体功能障碍相关的神经系统疾病乃至其他能量代谢疾病开辟了新途径。研究建立的从均质亲本细胞构建、自动化制备到全面功效安全性评估的完整体系,具有高度的可推广性,可用于开发其他类型干细胞来源的功能性人工细胞器。

本研究的亮点在于:1. 创新性概念:首次提出并成功构建了具有完整氧化磷酸化功能的神经干细胞衍生人工细胞器,实现了从“干细胞治疗”到“细胞器治疗”的理念跨越。2. 方法学的突破:采用“自上而下”的膜自组装策略结合条件性永生化克隆细胞系,解决了生物制品异质性的核心难题,保证了产品的均一性和可重复性。3. 系统的机制阐明:通过多组学分析、高分辨率成像、单细胞测序等多种技术,从结构、成分、细胞功能、信号通路到整体动物行为等多个层面,全面揭示了 SAOs 的作用机制和疗效。4. 严谨的转化研究:不仅证明了概念的有效性,还进行了全面的临床前安全性评估,包括致瘤性、免疫原性和系统性毒性,为其未来临床转化奠定了坚实的基础。5. 广泛的潜在适用性:该平台技术可扩展至其他疾病领域和其他类型的干细胞,预示着从分子治疗到细胞器治疗的潜在市场转变。

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