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通过调节脂质纳米颗粒pKa最大化体内肝基因沉默的siRNA脂质纳米颗粒效力

期刊:angewandte chemieDOI:10.1002/anie.201203263

本研究由来自Alnylam Pharmaceuticals、AlCana Technologies以及不列颠哥伦比亚大学的多位研究人员共同完成,包括Muthusamy Jayaraman、Steven M. Ansell、Michael J. Hope等。研究论文《Maximizing the potency of siRNA lipid nanoparticles for hepatic gene silencing in vivo》发表于2012年的《Angewandte Chemie International Edition》期刊。

学术背景 本研究属于药物递送与基因治疗领域,具体聚焦于RNA干扰(RNA interference, RNAi)疗法的递送技术。RNAi是一种普遍存在的、高效的基因表达调控生物机制。合成的小干扰RNA(small interfering RNA, siRNA)分子能够作为治疗剂,在动物和人体中有效利用这一机制,特异性沉默致病基因的mRNA转录本,为治疗传统上“不可成药”的靶点提供了全新途径。然而,siRNA分子量大且呈多聚阴离子性,无法通过被动扩散穿过生物膜,因此需要借助跨膜递送技术才能进入靶细胞的细胞质发挥作用。

脂质纳米颗粒(Lipid Nanoparticles, LNPs)是目前系统性递送RNAi疗法最先进的平台之一。其中,可离子化氨基脂质在递送过程中扮演双重角色:首先,通过静电作用与核酸结合,促进各组分自组装成封装siRNA的纳米颗粒;其次,在靶细胞内吞后,帮助siRNA从内体(endosome)逃逸进入细胞质。研究团队此前发现,与永久带正电的季铵盐类脂质相比,可离子化脂质在体内介导的基因敲低效果更优。基于此,本研究旨在进一步深入探究可离子化氨基脂质中胺基头基(head group)的结构,特别是其酸解离常数(pKa),对体内siRNA递送效率的决定性作用,以期找到设计高效LNP递送系统的关键分子特征。

研究流程详述 本研究包含一个系统性的探索与验证流程,主要可分为以下几个部分:

第一部分:建立pKa测定方法并合成脂质库。 研究首先需要精确测量LNP中氨基脂质的pKa值。研究团队采用了一种原位荧光滴定法。该方法利用阴离子荧光探针2-(p-toluidino)-6-napthalene sulfonic acid(TNS)的特性:当其与带正电荷的膜表面结合时会发出荧光,而在溶液中游离时则不发光。通过将LNP悬浮液从pH 3滴定至pH 10,并监测荧光强度变化,可以得到荧光强度随pH变化的曲线。通过曲线拟合分析,可以计算出荧光强度达到最大值一半时所对应的pH值,该值即为LNP表面电荷达到最大值50%时的pH,定义为该LNP的pKa。这种方法能反映膜结构和邻近脂质对氨基解离性质的影响,比通过Zeta电位测量更为灵敏。

在建立pKa测定标准后,研究人员以前期发现的高活性阳离子脂质DLin-KC2-DMA(化合物1)为起点,对其亲水性头基区域进行了系统的结构修饰。他们合成了共计53种新型氨基脂质(加上3种已知参照脂质,共测试56种),这些修饰旨在改变氨基的pKa值(范围覆盖4.17至8.12),同时尽量保持亲水头基区域的分子尺寸较小。维持小头基是基于前期假设,即小头基有利于脂质形成倒置的非双层结构,从而破坏内体膜,促进siRNA释放。

第二部分:构建LNP并评估体内基因沉默活性。 所有合成的脂质均被用于制备封装了靶向小鼠凝血因子VII(FVII)的siRNA的LNP。制剂采用预成型囊泡法,具有标准化的脂质组成:氨基脂质、二硬脂酰磷脂酰胆碱(DSPC)、胆固醇和聚乙二醇化脂质(PEG-lipid),摩尔比为40:10:40:10,siRNA与总脂质的重量比约为0.05。为确保颗粒均一,将颗粒通过80纳米孔径膜挤压至三次,最终获得粒径在70-90纳米、多分散指数低的LNP。

随后,通过静脉注射给药,在雌性C57BL/6小鼠体内评估这些LNP的基因沉默活性。主要活性指标是使血浆FVII蛋白活性降低50%所需的siRNA剂量中位数(ED50)。对于每一种LNP,研究人员都建立了四剂量的量效关系曲线(每组n=4只小鼠),以此计算ED50值。将56种脂质的ED50值与它们在LNP中测得的pKa值一一对应绘图。

第三部分:深入研究pKa-活性关系及验证。 基于第二部分筛选出的高活性脂质DLin-MC3-DMA(化合物16, pKa=6.44, ED50=0.03 mg/kg),研究人员设计了两组结构相关的脂质进行更精细的研究。第一组(化合物31, 30, 38, 37)保持酯基与胺基之间为三个亚甲基单元的距离,但改变胺基氮原子上的取代基,以产生不同的pKa(5.44至7.62)。第二组(化合物14, 15, 17, 18)保持二甲氨基不变,但改变酯基与胺基之间的距离(从1到5个亚甲基单元),从而产生不同的pKa(4.17至7.16)。将这些脂质制成LNP,同样在小鼠FVII模型中进行ED50测定,以观察在结构微小变化下,pKa对活性的影响。

为了进一步验证pKa是主导活性的核心因素,而非特定的头基结构或连接臂长度,研究团队进行了脂质混合实验。他们制备了LNP,其中40 mol%的氨基脂质成分由活性不同的脂质15(pKa=5.64, ED50=0.6 mg/kg)、16(pKa=6.44)和17(pKa=6.93, ED50=0.15 mg/kg)按不同比例混合而成。测量并计算了这些混合脂质LNP的平均pKa值,然后在固定siRNA剂量(0.1 mg/kg)下,评估它们在小鼠体内沉默FVII基因的效果。

第四部分:机制阐释与非人灵长类动物验证。 基于pKa-活性关系曲线,研究人员结合Henderson-Hasselbalch方程,计算了在不同生理pH环境下LNP的带电荷情况。他们假设血液pH为7.4,内吞后酸化的内体腔pH为5.5,计算了每种LNP在血液中带正电荷的脂质比例以及在内体中不带电荷的脂质比例。

最后,为了确认在小鼠模型中发现的规律是否具有临床转化价值,研究团队选取了活性最优的脂质16,并将其LNP配方进一步优化(脂质摩尔比调整为16/DSPC/胆固醇/PEG-脂质 = 50/10/38.51.5)。优化后的配方在小鼠FVII模型中表现出更高的活性(ED50 ~ 0.005 mg/kg)。随后,他们将此优化配方封装靶向甲状腺素运载蛋白(Transthyretin, TTR)的siRNA,通过静脉输注给予食蟹猴,评估其对肝脏TTR mRNA的沉默效果,并估算ED50。

主要结果详述 第一部分结果: 成功建立了基于TNS荧光滴定的LNP原位pKa测定方法,该方法灵敏度高,能够可靠地反映不同脂质在纳米颗粒环境中的电离特性。成功合成了53种pKa跨度大的新型氨基脂质,为构效关系研究奠定了基础。

第二部分结果: 对56种氨基脂质的活性筛选得出了关键发现。ED50与pKa的关系图显示,体内基因沉默活性与氨基的酸解离常数存在强烈的相关性。活性呈现出明显的“钟形”曲线,最优的pKa范围在6.2至6.5之间。在此最优范围两侧,LNP的效力迅速下降。这一趋势通过多项式拟合曲线得以清晰展示。同时,数据也显示,在pKa相近的脂质中,活性仍存在显著差异,这说明最优pKa是获得高体内活性的必要条件,但非充分条件,其他结构特征(如连接臂的性质)也起重要作用。

第三部分结果: 对围绕化合物16设计的两组脂质的深入研究,进一步强化了pKa的关键作用。以化合物16(pKa=6.44)为顶点,无论是通过改变胺基取代基(第一组)还是改变连接臂长度(第二组),只要pKa偏离6.44,活性均显著下降。这突显了LNP电离行为对于将功能性siRNA递送至小鼠肝细胞的重要性。

脂质混合实验的结果为“pKa主导”假说提供了强有力的直接证据。当将活性较差的脂质15和17按等摩尔比混合时,所得LNP的平均pKa值接近于高活性的脂质16,其体内基因沉默活性也与纯的16-LNP等效。这一结果明确表明,对于结构相似的氨基脂质,体内肝基因沉默活性是由LNP表面的平均pKa驱动的,而非单个脂质的特定头基结构或连接臂长度。研究人员后续在其他不同头基结构的阳离子脂质混合物中也验证了这一规律。

第四部分结果: 机制计算表明,pKa在6.2-6.5范围内的LNP,在血液pH 7.4环境下表面电荷最小(接近中性),而在酸化内体pH 5.5环境下表面正电荷最大。这恰好满足了高效递送的两个看似矛盾的要求:1)在体循环中电荷最小化,以减少非特异性结合,并促进载脂蛋白E(ApoE)吸附(ApoE介导了肝细胞对LNP的特异性摄取);2)在内体酸化后获得足够正电荷,以通过静电作用接近带负电的内体膜,进而通过脂质混合形成离子对,破坏内体膜完整性,释放siRNA。因此,最优pKa值代表了这两个相反需求之间的最佳平衡点。

非人灵长类动物实验取得了成功。使用优化配方、基于DLin-MC3-DMA(16)的LNP,在食蟹猴中靶向沉默TTR基因,估算的ED50小于0.03 mg siRNA/kg,证明了该平台强大的效力,并且从小鼠到非人灵长类的活性具有可转化性。

结论与意义 本研究得出明确结论:可离子化氨基脂质的pKa值是决定其介导体内高效肝基因沉默能力的关键分子特征。结合此前已知的优化烃链长度、不饱和度和连接臂化学的经验,本研究发现的活性与电离行为之间的紧密关联(pKa最优范围6.2-6.5),为设计用于高效递送治疗性siRNA的LNP提供了明确的指导原则。

其科学价值在于,首次系统性地揭示了可离子化LNP的pKa与其体内递送效力之间的定量关系,并阐释了其背后的物理化学与生物学平衡机制(ApoE介导的靶向 vs. 内体逃逸)。这深化了人们对LNP递送机制的理解,将脂质设计从经验摸索推向更理性的阶段。

应用价值极为显著。本研究直接催生了临床上高效的siRNA递送平台。文中鉴定的最优脂质之一DLin-MC3-DMA,已成为后续多个成功siRNA药物的核心递送组分。研究论文末尾提及,基于DLin-MC3-DMA的LNP配方在当时已进入针对高胆固醇血症(靶向PCSK9基因)的临床试验,并取得了积极数据。这证实了本研究从基础发现到临床应用的快速转化能力。

研究亮点 1. 关键发现明确且具有普适指导意义: 首次明确鉴定出可离子化氨基脂质的最优pKa范围(6.2-6.5),此发现成为后续脂质设计的“黄金法则”。 2. 研究设计系统而严谨: 从建立原位pKa测定方法,到合成大规模脂质库进行筛选,再到针对最优脂质进行精细结构修饰和混合实验验证,逻辑链条完整,证据层层递进,极具说服力。 3. 机制阐释深入: 不仅发现了现象(pKa-活性相关性),更通过计算不同pH下的电荷分布,将其与已知的LNP体内命运(ApoE结合、内体逃逸)巧妙联系,提出了合理的平衡机制模型。 4. 临床转化即时验证: 研究不仅停留在小鼠模型,还迅速在非人灵长类动物中验证了最优配方的效力,并直接与当时的临床试验相联系,凸显了其应用导向和重大转化潜力。

其他有价值内容 论文中提及的LNP制备方法(预成型囊泡法、挤出工艺)、脂质组成比例(特别是后续的50/10/38.51.5优化比例)以及使用TNS测定pKa的实验细节,均为该领域的研究者提供了宝贵且可重复的技术参考。支持信息中可能包含的完整脂质合成路线与结构数据,也是药物化学研究的重要资源。

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