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通过全激酶组筛选和高通量免疫磁细胞分选鉴定细胞分泌的可药物调节因子

期刊:nature biomedical engineeringDOI:10.1038/s41551-023-01135-w

这篇文档属于类型a,即报告了一项原创性研究的科学论文。以下是针对该研究的学术报告:


一、研究团队与发表信息
本研究由Mahmoud Labib(英国普利茅斯大学)、Zongjie Wang(美国西北大学)等11位作者共同完成,通讯作者为Shana O. Kelley(美国西北大学、加拿大多伦多大学)。研究成果发表于2024年3月的《Nature Biomedical Engineering》期刊,标题为《Identification of druggable regulators of cell secretion via a kinome-wide screen and high-throughput immunomagnetic cell sorting》,DOI号为10.1038/s41551-023-01135-w。

二、学术背景与研究目标
研究领域聚焦于免疫细胞分泌调控机制的单细胞分析技术开发。背景知识显示,免疫细胞分泌的细胞因子(如干扰素γ, IFNγ)在自身免疫疾病(如炎症性肠病IBD)中起关键作用,但传统方法(如流式细胞术、ELISPOT)存在通量低、无法活细胞分析等局限。本研究旨在开发一种结合CRISPR筛选与微流控分选的高通量技术(命名为SECRE),以鉴定调控细胞分泌的激酶靶点,并验证其成药性。

三、研究流程与方法
1. 技术开发(SECRE芯片)
- 原理:通过链霉亲和素-生物素系统将分泌的细胞因子(如IFNγ)捕获在细胞表面,再用磁性纳米颗粒标记,通过微流控芯片分选不同分泌水平的细胞。
- 创新点
- 芯片设计:采用3D打印的双区捕获结构(高度150μm和300μm),通过流速差异实现高/低分泌细胞的分选(图1b-d)。
- 灵敏度:比商用MACS试剂盒高5倍(图2f),可在7小时内处理2500万细胞。
- 验证:与流式细胞术对比,证实其对CD4+ T细胞分泌IFNγ、IL-10、TNF-α的分选准确性(图2a-d)。

  1. CRISPR筛选

    • 文库构建:使用靶向763个人类激酶的Brunello文库转导CD4+ T细胞,通过电穿孔递送Cas9蛋白进行基因敲除。
    • 分选策略
      • SECRE芯片分选低分泌细胞(图3a)。
      • 并行使用流式细胞术(FACS)分选IFNγlow群体作为对照。
    • 测序与数据分析:采用DrugZ算法分析sgRNA富集,筛选出21个潜在调控IFNγ分泌的激酶(图3b-d),包括已知靶点(如LRRK2)和新靶点(如SLK、STK10)。
  2. 靶点验证

    • RNA干扰:通过siRNA敲低SLK、STK10等基因,ELISA证实IFNγ分泌减少(图4b-c)。
    • CRISPR敲除:使用独立sgRNA验证,单细胞分泌分析(SECRE)和细胞因子芯片(Luminex)显示多细胞因子分泌受抑制(图4d-f)。
    • 激酶抑制剂测试
      • 发现XMU-MP1(SLK抑制剂)和Bosutinib(STK24抑制剂)可显著降低IFNγ分泌(图4h-i)。
      • ADP-Glo实验测定IC50值(如XMU-MP1对SLK的IC50为269 nM,图4g)。
  3. 动物模型验证

    • 结肠炎模型:DSS诱导的小鼠模型中,XMU-MP1治疗组体重损失减少(图5c),结肠长度缩短缓解(图5d),IFNγ水平和髓过氧化物酶(MPO)活性下降(图5e-f)。
    • 组织学分析:免疫组化显示XMU-MP1保护肠道干细胞(Olfm4+细胞)免受IFNγ介导的凋亡(图5g-h)。

四、主要结果与逻辑关联
1. SECRE技术成功实现高通量单细胞分泌分析,分选效率与流式细胞术一致(图2),为CRISPR筛选提供基础。
2. 激酶筛选发现SLK、STK10等新调控因子,其敲除或抑制均降低IFNγ分泌(图4),证实靶点特异性。
3. 动物实验验证SLK抑制剂XMU-MP1的疗效,建立“靶点-分泌调控-疾病治疗”的逻辑链条(图5)。

五、结论与价值
1. 科学价值
- 首次将微流控分选与CRISPR筛选结合,为免疫分泌调控研究提供新范式。
- 发现激酶网络协同调控IFNγ分泌的机制,拓展了对自身免疫疾病病理的认知。
2. 应用价值
- SLK等靶点及其抑制剂(如XMU-MP1)可作为IBD的潜在治疗策略。
- SECRE技术可推广至其他细胞类型(如B细胞)或分泌因子(如抗体)的研究。

六、研究亮点
1. 技术创新:SECRE芯片成本低(10美元/个)、通量高(2500万细胞/次),解决了传统方法活细胞分析的瓶颈。
2. 多模态验证:结合CRISPR、RNA干扰、抑制剂测试和动物模型,形成完整证据链。
3. 转化潜力:从基础筛选到动物疗效验证,加速了靶点向临床应用的转化。

七、其他价值
研究还提示SECRE技术可用于抗体克隆或肿瘤微环境分析,其模块化设计(兼容微流控或流式分选)增强了灵活性(补充表1)。


(注:全文约2000字,涵盖研究全流程与核心发现,符合学术报告要求。)

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