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新型氨基环丁烷羧酸衍生物作为琥珀酸脱氢酶抑制剂的发现

期刊:j. agric. food chem.DOI:10.1021/acs.jafc.3c01429

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主要作者及机构
本研究的通讯作者为Xiaoyong Xu,来自华东理工大学药学院上海生物化学与分子生物学重点实验室。合作作者包括Letian Zhang、Wende Wu和Zhong Li。研究成果发表于《Journal of Agricultural and Food Chemistry》(J. Agric. Food Chem.)2023年第71卷,页码10575–10589。

学术背景
研究领域为农业化学与药物化学交叉领域,聚焦于琥珀酸脱氢酶抑制剂(Succinate Dehydrogenase Inhibitors, SDHIs)的结构优化。植物病原真菌(如Rhizoctonia solani和Botrytis cinerea)对全球作物造成严重损失,而传统杀菌剂(如三唑类和甲氧基丙烯酸酯类)因抗性发展迅速,亟需新型低毒、高效杀菌剂。SDHIs通过抑制线粒体呼吸链复合体II(即琥珀酸脱氢酶)发挥杀菌作用,但其结构多样性有限。本研究基于“构象限制开关”(conformational restriction switch)策略,设计并合成了一系列1-氨基环丁烷羧酸衍生物(1-aminocyclobutanecarboxylic acid derivatives),旨在扩展SDHIs的化学结构范围并提升抗真菌活性。

研究流程
1. 分子设计与合成
- 目标化合物设计:以Boscalid(商品化SDHI)为模板,引入高张力环状结构1-氨基环丁烷羧酸作为构象限制单元,设计两类酰胺衍生物(A系列:含3-二氟甲基-1-甲基吡唑-4-甲酰胺;B系列:含2-氯烟酰胺),共50个化合物(A1–A25,B1–B25)。
- 合成路线
(1)取代苯胺(1)经重氮化/还原得苯肼盐酸盐(2);
(2)与Boc保护的1-氨基环丁烷羧酸(3)缩合生成中间体(4),再经TFA脱保护得氨基衍生物(5);
(3)最终通过缩合剂NMI/TCFH(A系列)或2-氯烟酰氯(B系列)与(5)反应,获得目标产物。
- 晶体结构验证:通过单晶X射线衍射(CCDC 2117985)确认化合物A20的绝对构型。

  1. 体外抗真菌活性评估

    • 测试菌株:Rhizoctonia solani(R.s.)、Botrytis cinerea(B.c.)、Sclerotinia sclerotiorum(S.s.)和Fusarium graminearum(F.g.)。
    • 方法:采用菌丝生长速率法,测定20 mg/L和1 mg/L浓度下的抑制率,计算EC50值。
    • 关键结果
      • 化合物A21对R.s.和B.c.的EC50分别为0.03 mg/L和0.04 mg/L,优于Fluxapyroxad(R.s. EC50=0.02 mg/L;B.c. EC50=0.20 mg/L)和Boscalid(R.s. EC50=0.29 mg/L;B.c. EC50=0.42 mg/L)。
      • 4-卤素取代(如4-Cl、4-Br)显著提升活性,2,4-二卤素取代(如A19–A21)进一步增效。
  2. 作用机制研究

    • SDH抑制实验:以猪心SDH为靶标,测定IC50值。化合物A20(IC50=3.73 μM)与Fluxapyroxad(IC50=3.76 μM)效力相当。
    • 线粒体膜电位检测:JC-1荧光探针显示,A20处理导致R.s.和B.c.菌丝线粒体膜电位下降,与Boscalid作用模式一致。
    • 扫描电镜(SEM)分析:A20处理的菌丝出现皱缩、断裂,证实其破坏真菌细胞结构。
  3. 3D-QSAR与分子对接

    • 3D-QSAR模型:基于CoMFA和CoMSIA分析,揭示疏水场(4-位卤素)和静电场(吡唑环负电性)对活性的关键影响。
    • 分子对接:化合物A20与猪心SDH(PDB 1ZOY)结合模式显示,酰胺键与B_W173/D_Y91形成氢键,苯环延伸至疏水口袋外与C_W35产生π-π堆积,区别于传统SDHIs的保守结合模式。
  4. DFT计算与分子静电势(MEP)

    • 活性最优的A21的HOMO-LUMO能隙为0.17174 hartree,电子转移主要发生在苯环(HOMO)至吡唑酸(LUMO)。MEP显示苯环区域负电势利于疏水相互作用,酰胺区域正电势促进氢键形成。

主要结论与价值
1. 科学价值:首次将1-氨基环丁烷羧酸骨架应用于SDHIs设计,证实其通过构象限制增强与靶标蛋白的结合能力,为新型杀菌剂开发提供了新思路。
2. 应用价值:化合物A21和A19对R.s.和B.c.的活性优于现有商品化药剂,且结构简单、易于合成,具备产业化潜力。
3. 抗性管理:新骨架可延缓真菌抗性发展,尤其对已产生QoI和Triazole抗性的菌株有效。

研究亮点
1. 创新设计:利用环丁烷的高张力环稳定分子构象,突破传统SDHIs的柔性链限制。
2. 多学科方法:结合合成化学、生物测定、结构生物学(晶体学/对接)和计算化学(DFT/QSAR),系统性阐明构效关系。
3. 广谱活性:化合物A10和B10对13种植物病原真菌(如Alternaria solani、Ustilaginoidea oryzae)表现出广谱抑制,尤其对Phytophthora infestans(马铃薯晚疫病菌)效果显著。

其他有价值内容
- 体内活性局限性:尽管体外活性优异,但化合物因log P较低(预测非韧皮部移动性)导致田间效果不佳,提示未来需优化药代动力学性质。
- 抗性机制预测:通过比较分子静电势,提出卤素取代基的电子效应对避免靶标突变抗性具有潜在作用。

该研究为SDHIs的结构优化提供了范式,其“构象限制”策略亦可拓展至其他酶抑制剂的设计中。

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