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液-液相分离与半乳糖凝集素-3胞外多价相互作用

期刊:Nature CommunicationsDOI:10.1038/s41467-020-15007-3

本文属于类型a,即单一原创研究论文。以下是根据该研究撰写的学术报告。


一、研究作者、机构及发表信息

该研究由Yi-Ping Chiu、Yung-Chen Sun、De-Chen Qiu、Yu-Hao Lin、Yin-Quan Chen、Jean-Cheng Kuo以及Jie-Rong Huang等人完成。其中Yi-Ping Chiu与Yung-Chen Sun为共同第一作者。研究机构为台湾阳明大学(National Yang-Ming University)生物化学与分子生物学研究所、癌症进展研究中心及生物医学信息学研究所。通讯作者为Jie-Rong Huang。该论文发表于 *Nature Communications*,文章编号为11:1229,于2020年发表,DOI为https://doi.org/10.1038/s41467-020-15007-3。

二、研究背景与目的

液-液相分离(liquid-liquid phase separation, LLPS)已被广泛用于解释细胞内的多种生物学活动,例如应激颗粒、核仁、Cajal小体等无膜细胞器(biomolecular condensates)的形成。这些凝聚体的形成通常由具有多价相互作用能力的蛋白质驱动,尤其是含有内在无序区域(intrinsically disordered region, IDR)的RNA结合蛋白,如hnRNP A1、FUS、TDP-43等。然而,LLPS是否也介导细胞外功能,此前尚不清楚。

Galectin-3是半乳糖凝集素(galectin)家族中唯一在溶液中以单体形式存在的成员,也是该家族中唯一的嵌合体蛋白。它由一段内在无序的N端结构域(N-terminal domain, NTD)和一个碳水化合物识别结构域(carbohydrate recognition domain, CRD)组成。Galectin-3的一个典型功能是凝集(agglutinate)糖基化分子或细胞,如中性粒细胞和层粘连蛋白。研究表明,去除NTD会丧失凝集功能,但galectin-3如何从单体变为具有多价“桥梁”作用的形式,其分子机制长期存在争议。此前有研究提出NTD自缔合以及NTD与CRD的模糊相互作用(fuzzy interactions),但这些弱相互作用如何转化为更强的细胞黏附功能仍不明确。

因此,本研究旨在探索LLPS是否参与galectin-3的细胞外凝集功能,并解析NTD中驱动相分离的关键残基及其分子机制。

三、研究流程与方法

本研究可大致分为以下几个主要步骤:

1. 利用脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)胶束模型研究galectin-3的凝集能力。
LPS胶束表面带有糖基,可作为galectin-3 CRD的结合模板。研究者通过测量样品在600 nm处的光密度(o.d.600)来定量浊度,以此反映凝集程度。结果表明,蛋白浓度或LPS浓度越高,样品越浑浊。而去除NTD的CRD单独存在时,在相同条件下不产生凝集。这说明NTD对于galectin-3的多价凝集至关重要。

2. 检测NTD及全长galectin-3的LLPS行为。
研究者将NTD样品(1 mM,含150 mM NaCl)在不同温度下进行观察,发现其在高温下发生相分离,降温后恢复为均一相,表现出典型的低临界溶解温度(lower critical solution temperature, LCST)行为。通过温度梯度实验绘制了共存曲线。此外,利用荧光显微镜观察到凝聚体融合现象,并通过荧光漂白恢复(fluorescence recovery after photobleaching, FRAP)实验证实凝聚体具有液态特性。提高盐浓度或蛋白浓度均促进相分离。全长galectin-3在500 μM、NaCl浓度大于600 mM、30°C时也表现出可逆的LCST相分离,且同样具有液态性质。CRD单独以及NTD芳香残基全突变体在相同条件下均不产生相分离,排除了盐析(salting-out)效应的可能。

3. 鉴定NTD中驱动LLPS的关键残基。
序列分析显示,galectin-3 NTD富含脯氨酸-甘氨酸重复基序后紧跟芳香残基(PGXY或PGXW基序),且整体带净负电荷。这些特征在脊椎动物中保守。芳香残基(尤其是酪氨酸和色氨酸)在多种RNA结合蛋白的LLPS中起关键作用。研究者构建了三种突变体:所有色氨酸替换为甘氨酸(W/G)、所有酪氨酸替换为甘氨酸(Y/G)、所有色氨酸和酪氨酸均替换为甘氨酸(WY/G)。通过NMR波谱比较40 μM与400 μM样品在不同温度下的峰强度比和横向弛豫速率常数(R2),发现野生型NTD在高浓度下因自缔合导致信号增宽和R2增大,而WY/G突变体则无此现象,说明芳香残基介导了NTD分子间的弱相互作用。相分离实验进一步表明,W/Y/G突变体在1 mM、30°C下即使NaCl高达2 M仍保持单相,而野生型在0.1 M NaCl时即进入两相区。

4. 在全长galectin-3中验证芳香残基的作用。
利用NMR谱比较野生型与突变体全长蛋白在40 μM和400 μM下的化学位移扰动及R2变化,发现芳香残基的去除削弱了NTD-CRD的分子内和分子间相互作用。WY/G突变体在500 μM、1 M NaCl、30°C下不发生相分离,而野生型在相同条件下处于两相区。此外,通过π-π相互作用预测算法证实去除芳香残基后预测值显著降低。

5. 探讨LPS胶束凝集过程中的分子机制。
通过比较不同构建体(全长野生型、NTD单独、CRD单独、W/Y/G全长突变体等)在LPS存在下的浊度和NMR峰强度比,作者提出如下模型:CRD与LPS胶束表面的糖基结合,使局部galectin-3浓度大幅提高(估计可达数十mM量级),从而促进NTD之间通过芳香残基形成多价弱相互作用,最终导致胶束间凝集。添加25 mM乳糖(lactose)可竞争性抑制CRD与LPS的结合,使凝集物解聚,NMR谱恢复为单体状态,证明该过程是可逆的。

四、主要结果

在LPS胶束凝集实验中,全长野生型galectin-3的浊度随蛋白和LPS浓度增加而升高,而CRD单独、NTD单独及W/Y/G突变体均不产生浊度变化。W/G突变体虽仍有凝集但程度明显低于野生型。NMR数据显示,CRD单独和W/Y/G突变体在LPS存在下CRD峰强度显著降低,说明CRD结合到胶束上导致整体翻转速率降低;而NTD单独则不结合LPS。这些结果支持“CRD负责结合糖基、NTD通过芳香残基介导分子间连接”的模型。乳糖加入后,凝集物溶解,NMR峰强度恢复至无LPS时的水平,化学位移扰动主要集中在糖结合位点,证实乳糖通过阻断CRD-LPS相互作用实现解聚。

相分离实验方面,NTD在1 mM、150 mM NaCl、温度升高至35°C时出现液态凝聚体,降温至15°C时恢复均一相。凝聚体可融合,FRAP显示荧光可恢复。全长galectin-3在500 μM、800 mM NaCl、30°C时同样形成可逆液态凝聚体。相图显示,野生型NTD在较低盐浓度下即可相分离,而W/Y/G突变体不产生相分离。NMR弛豫数据进一步证明芳香残基是NTD自缔合的主要驱动力。

五、结论与意义

本研究首次证明galectin-3的NTD能够通过芳香残基(两个色氨酸和十个酪氨酸)之间的弱相互作用发生LLPS,并发现这一机制同样参与了全长galectin-3在细胞外通过LPS胶束模板实现的凝集功能。作者提出,CRD与糖基结合后提高局部蛋白浓度,使NTD之间的多价弱相互作用足以介导胶束或细胞的凝集,而乳糖等配体可阻断CRD-糖基结合,使系统回到单体状态。

该研究将LLPS的功能范围从细胞内拓展到细胞外,为理解galectin-3的细胞黏附、糖萼-凝集素晶格(glycan-galectin lattice)形成及信号调控等过程提供了分子机制框架。此外,NTD芳香残基作为潜在药物设计靶点,为开发选择性抑制galectin-3功能的化合物提供了新方向。

六、研究亮点

本研究的亮点在于:首次用实验证据表明LLPS介导了galectin-3的细胞外凝集功能;利用LPS胶束模型将体内功能与体外相分离行为联系起来;通过系统突变和NMR弛豫分析明确芳香残基在NTD自缔合和相分离中的关键作用;提出了“局部浓度升高触发LLPS样多价相互作用”的凝集机制,并展示了该过程的可逆性。

七、其他有价值的内容

作者还讨论了该机制在细胞内功能中的潜在意义,例如galectin-3感应损伤吞噬体上的异常糖暴露以及参与RNA剪接调控等。此外,NTD的磷酸化位点及负电荷水平是否调控LLPS,以及CRD非糖结合位点的相互作用如何调节NTD的可用性,均是未来值得研究的问题。

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