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光响应DNA纳米结构

期刊:nature reviews chemistryDOI:10.1038/s41570-026-00817-8

这是一篇发表于 Nature Reviews Chemistry 的综述文章,题为《光响应DNA纳米结构》(Light-responsive DNA nanostructures),作者为Bharath Raj Madhanagopal、Ting Wang及Arun Richard Chandrasekaran,其所属机构为纽约州立大学奥尔巴尼分校(University at Albany, State University of New York)的纳米尺度科学与工程系及RNA研究所。文章系统梳理了光响应DNA纳米结构这一交叉领域的研究趋势,重点讨论了可用于DNA修饰的光响应官能团类型、将这些官能团整合进DNA纳米结构的设计策略,以及由此实现的结构调控功能和实际应用。

在学术背景与选题动机方面,文章指出DNA纳米技术已从静态结构构建迈向动态与功能化阶段。DNA凭借序列可编程性、均一尺寸、生物相容性等优势,成为构建纳米器件的理想材料。在众多外部刺激中,光具有远程操控、高时空分辨率、可逆调控以及波长正交控制等独特优势,因此将光响应基团引入DNA链,可实现纳米结构的精确重构、稳定化及货物分子的触发释放。文章旨在为读者提供一个涵盖化学设计、结构集成与功能应用的全面框架。

文章主体首先系统介绍了光响应基团的三大类别:光笼(photocages)、光开关(photoswitches)与光交联剂(photocrosslinkers)。光笼基团通过光裂解释放活性分子,属于不可逆过程,常见例子包括邻硝基苄基(ortho-nitrobenzyl)衍生物和香豆素(coumarin)衍生物。光开关则可在光照下发生可逆异构化,主要机制包括偶氮苯(azobenzene)等分子的反式-顺式(trans–cis)异构化,以及二芳基乙烯(diarylethene)等分子的开环-闭环异构化。光交联剂在光照下形成共价键,用于稳定DNA复合物,例如乙烯基衍生物、p-苯乙烯吡啶(p-stilbazole)以及香豆素的[2+2]光环化反应。文章进一步阐述了光响应基团在寡核苷酸中的多种整合位点:可连接于核碱基、核糖、磷酸骨架,也可采用末端封端(end-capping)策略或作为骨架连接子(backbone linker)嵌入两条核苷之间,甚至直接改造核苷碱基使其本身成为光致变色核苷(photochromic nucleoside)。不同位点修饰对DNA双螺旋结构的扰动程度不同,末端修饰通常空间位阻最小,而骨架嵌入型修饰可触发链断裂或可逆杂交调控。

在纳米结构集成层面,文章讨论了光响应修饰对组装产率和热稳定性的影响。通常需要以最少数量的修饰实现目标重构,因为化学修饰可能降低双链热稳定性。骨架修饰若未改变螺旋螺距则较易被结构容忍,例如邻硝基苄基光裂解连接子可作为双链中的凸起(bulge)而引入最小扰动。偶氮苯类修饰则可能提升纳米结构的热稳定性,其效果取决于修饰数目与位置。光交联基团需置于特定位置以实现定点交联,例如补骨脂素(psoralen)靶向5′-TpA位点,而3-氰基乙烯基咔唑核苷(CNVK)则置于嘧啶对侧。实验表明,化学修饰可能影响组装效率,因此光响应纳米结构的成功构建往往需要定制化的组装流程。

关于光响应DNA纳米结构的功能表现,文章从组装与解组装、结构重构、分子行走器与马达、稳定性增强四个方面展开。在组装控制中,光裂解发夹结构可激活双交叉瓦片(double-crossover tiles)的粘性末端,驱动纳米管形成;近红外光照射硫化铜纳米粒子可远程加热溶液,实现DNA折纸(DNA origami)在细胞裂解液等复杂环境中的有效组装。解组装方面,光裂解连接子可去除立足点(toehold),阻止链置换反应以保持四面体完整;偶氮苯修饰的粘性末端在紫外光下发生反式到顺式异构化,导致去杂交与结构解离。结构重构方面,偶氮苯修饰链可实现DNA镊子的开合、四面体边长的伸缩、折纸转子的旋转以及纳米管刚柔状态的切换。分子行走器方面,偶氮苯修饰的“腿”可在交替光照下于轨道上逐步行走;利用不同波长激活的不同偶氮苯衍生物可实现行走方向的正交控制;光裂解阻断链也可启动基于硅珠的DNA马达。稳定性增强方面,补骨脂素可通过三链形成寡核苷酸(TFO)定点交联三维DNA晶体,显著提升耐热性;CNVK交联的二维阵列可耐受高达75°C的高温;胸腺嘧啶二聚化及二硫键交联可保护球形核酸免受人血清白蛋白解离;8-甲氧基补骨脂素(8-MOP)作为外源添加剂可将DNA折纸的耐热温度从60°C提升至85°C。

在应用层面,文章列举了多个方向。生物传感方面,光开关调控的DNAzyme行走器结合上转换纳米粒子可用于microRNA检测。药物递送方面,偶氮苯修饰的DNA纳米胶囊可在紫外光下打开并释放金纳米粒子;光裂解连接子介导的货物释放已在体外及人表皮角质形成细胞中验证;DNA二十面体可在秀丽隐杆线虫体内通过光触发释放神经甾体DHEA。催化调控方面,偶氮苯修饰可控制DNAzyme的活性状态,折纸平台上NAD+摆动臂可在光控下调节G6PDH与LDH级联反应的效率。材料科学与数据存储方面,光裂解DNA输入可在纳米开关中编码5位信息,并通过选择性光裂解实现比特擦除;光响应香豆素衍生物可用于DNA折纸上的信息加密,形成可用原子力显微镜读取的像素点阵。细胞行为调控方面,偶氮苯修饰的DNA支架可通过RGD肽间距的光控变化,可逆地调控HeLa细胞的形态;光响应膜锚定器件可感知胞外VEGF并调控c-met受体信号通路。

文章最后在讨论部分指出了该领域面临的挑战与未来方向。主要限制包括:光响应修饰可能影响DNA纳米结构的组装产率与稳定性;许多光开关具有疏水性,可能降低DNA水溶性;常见的偶氮苯、邻硝基苄基等基团需紫外光激活,存在光毒性及组织穿透深度不足的问题。因此,发展近红外光响应基团、双光子激发基团及提高光反应活性成为重要方向。同时,机器学习与人工智能有望辅助设计新型光响应分子并预测其性质。此外,光交联策略有望替代酶法连接用于复杂纳米结构的稳定化,光响应DNA工具也可拓展至RNA纳米结构以调控翻译与RNA-蛋白质相互作用。文章展望了远程操控的DNA/RNA纳米机器人集群在靶向细胞、递送药物及光控治疗方面的潜力。

该综述的核心价值在于提供了一个从化学基团设计、寡核苷酸修饰、纳米结构集成到实际应用的系统化知识框架。它不仅梳理了光响应DNA纳米结构领域的研究进展,还通过大量实例展示了光控DNA器件在生物医学、材料科学与信息存储中的广阔应用空间,同时明确了当前制约因素与可操作的发展路径,对从事DNA纳米技术、化学生物学及智能材料研究的人员具有重要参考意义。

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