这篇文档属于类型a，即报告了一项原创研究。以下是针对该研究的学术报告：

研究的主要作者和机构：
该研究由Omer Ziv、Marta M. Gabryelska、Aaron T.L. Lun等多名作者共同完成，涉及的机构包括英国剑桥大学的Wellcome Trust/Cancer Research UK Gurdon研究所、爱丁堡大学的MRC人类遗传学研究所、美国Scripps研究所、北京微生物与流行病学研究所等。研究于2018年10月发表在期刊《Nature Methods》上。

学术背景：
RNA的结构灵活性在剪接、翻译和转录后调控等基本生物过程中起着关键作用。然而，由于现有方法的局限性，研究人员难以全面探究RNA在细胞内的动态结构。此前的研究主要依赖于邻近连接技术（proximity ligation）来揭示RNA的碱基配对，但由于探测深度不足和缺乏合适的计算算法，RNA在体内的结构动态性仍然难以评估。因此，本研究旨在开发一种新方法——匹配RNA交联与深度测序（crosslinking of matched RNAs and deep sequencing, COMRADES），以全面捕获RNA在细胞内的结构及其与其他RNA的相互作用。

研究流程：
1. COMRADES方法的开发：
- 研究团队开发了一种基于细胞通透性、偶氮修饰的补骨脂素衍生物（psoralen-triethylene glycol azide）的交联技术，克服了传统生物素标记补骨脂素细胞通透性不足的问题。
- 在细胞内进行交联后，研究人员通过选择性捕获目标RNA，实现了近千倍的富集。随后，RNA被片段化，并通过无铜点击化学反应将生物素基团连接到交联区域，进行第二次链霉亲和素富集。
- 一半的RNA进行邻近连接，形成RNA嵌合体，另一半作为对照，先进行交联逆转再进行邻近连接。最终通过高通量测序分析RNA的碱基配对情况。

1. RNA结构分析：

   • 研究团队利用COMRADES方法分析了寨卡病毒（Zika virus, ZIKV）RNA基因组在细胞内的结构，发现了170万条非冗余嵌合体读数，覆盖了整个基因组。
     
   • 通过计算算法，研究人员识别了基因组中的碱基配对，并发现80%的相互作用发生在1000个核苷酸（nt）以内的局部区域，表明RNA具有三维压缩结构。

2. RNA-RNA相互作用的研究：

   • 研究团队绘制了寨卡病毒RNA与人类小调控RNA（如microRNA）的相互作用图谱，发现了多个特异性相互作用位点。
     
   • 特别地，研究人员发现寨卡病毒的5’环化序列（5’ cyclization sequence, 5’ CS）与人类miR-21之间存在非经典碱基配对，并通过体外实验验证了这一相互作用的特异性。

3. 功能验证实验：

   • 通过CRISPR-Cas9敲除miR-21或使用反义抑制剂抑制miR-21，研究人员发现寨卡病毒基因组在细胞内的水平显著降低，进一步证明了miR-21在寨卡病毒复制中的重要作用。

主要结果：
1. COMRADES方法成功捕获了RNA在细胞内的动态结构，特别是寨卡病毒RNA基因组的结构。
2. 研究团队发现了寨卡病毒RNA与人类miR-21之间的特异性相互作用，并通过实验验证了这一相互作用的功能意义。
3. COMRADES方法的高灵敏度和高重现性使其能够全面分析RNA的碱基配对和结构动态性。

结论：
该研究开发的COMRADES方法为RNA在细胞内的结构动态性研究提供了新的工具，特别是在RNA病毒基因组及其与宿主RNA相互作用的研究中具有重要应用价值。通过揭示寨卡病毒RNA与人类miR-21的相互作用，研究为RNA病毒与宿主之间的分子机制提供了新的见解。

研究亮点：
1. COMRADES方法是一种创新的RNA结构捕获技术，具有高灵敏度和高重现性。
2. 研究首次全面揭示了寨卡病毒RNA基因组在细胞内的结构及其与宿主RNA的相互作用。
3. 研究发现了miR-21在寨卡病毒复制中的重要作用，为RNA病毒的治疗提供了潜在靶点。

其他有价值的内容：
研究团队还开发了用于RNA结构预测的计算算法，并提供了详细的实验协议和数据分析流程，为其他研究人员提供了重要的参考资源。

这篇报告详细介绍了COMRADES方法的开发及其在RNA结构研究中的应用，特别是对寨卡病毒RNA与宿主RNA相互作用的揭示，为RNA病毒的研究提供了新的视角和工具。