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基于转录组分析和机器学习的椎间盘退变与糖尿病共享诊断基因及潜在机制研究

期刊:frontiers in endocrinologyDOI:10.3389/fendo.2025.1576826

Frontiers in Endocrinology 期刊最新研究揭示椎间盘退变与糖尿病的共享分子机制

作者及机构
本研究由山东中医药大学附属医院推拿科的Bao Song、Jianmin Wang、Hao Tang、Huadong Li及通讯作者Wanli Zhang*团队完成,发表于2025年7月18日的*Frontiers in Endocrinology*(DOI: 10.3389/fendo.2025.1576826)。审稿专家包括上海长征医院的Chen Xu和第四军医大学的Jianfei Yan。


学术背景
椎间盘退变(Intervertebral Disc Degeneration, IDD)和糖尿病(Diabetes Mellitus, DM)是两种全球高发的慢性疾病,临床研究发现两者存在显著相关性,但分子层面的共病机制尚不明确。IDD以慢性机械负荷、炎症反应和基质代谢失调为特征,而DM则以高血糖和胰岛素功能障碍为核心。既往流行病学提示DM患者IDD发病率更高,暗示两者可能通过免疫炎症通路(如中性粒细胞活化)共享病理机制。本研究旨在通过整合转录组学和机器学习,揭示两者的共享诊断基因及潜在机制。


研究流程与方法
1. 数据获取与预处理
- 从GEO数据库获取IDD(GSE124272、GSE150408)和DM(GSE21321、GSE163980)的转录组数据,分别作为发现队列和验证队列。
- 使用R包“limma”消除批次效应,标准化基因表达矩阵。

  1. 差异表达基因(DEGs)分析

    • 通过“limma”鉴定IDD(1,724个DEGs)和DM(2,838个DEGs),火山图可视化。
    • 基因本体(GO)和KEGG富集分析显示,IDD的DEGs富集于白细胞迁移等免疫通路,DM的DEGs则涉及尿素循环和免疫调节。
  2. 共享基因与蛋白互作网络

    • 鉴定138个IDD与DM共享DEGs,Reactome分析揭示其显著富集于“中性粒细胞脱颗粒”等免疫通路。
    • 通过STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,筛选47个核心互作蛋白(如PRTN3)。
  3. 机器学习筛选诊断标志物

    • 随机森林(Random Forest, RF)算法从47个核心蛋白中筛选出7个关键基因(PRTN3、TCN1、LRRK2等)。
    • 接收者操作特征(ROC)曲线验证其诊断效能,PRTN3在IDD和DM中的AUC分别达0.844和1.000。
  4. 实验验证与免疫浸润分析

    • qPCR证实PRTN3在IDD-DM共病患者外周血中显著上调(p<0.05)。
    • 免疫浸润分析(MPCounter算法)显示,IDD和DM患者中性粒细胞浸润均增加,且与PRTN3表达正相关(DM r=0.31,IDD r=0.37)。

主要结果
1. 共享免疫通路:138个共享DEGs中,中性粒细胞相关通路(如脱颗粒、NETs形成)在两种疾病中均显著激活。
2. PRTN3的核心作用:作为中性粒细胞丝氨酸蛋白酶,PRTN3通过调控补体通路(如切割C5aR)和促进炎症因子释放,驱动两种疾病的共病进程。
3. 诊断价值:PRTN3在发现队列、验证队列及内部临床样本中表达一致上调,具备高特异性和敏感性。


结论与意义
1. 科学价值:首次系统揭示IDD与DM通过PRTN3-中性粒细胞轴共享免疫炎症机制,为共病研究提供新视角。
2. 应用潜力:PRTN3可作为IDD-DM共病的诊断标志物和潜在治疗靶点,助力个性化诊疗。
3. 临床启示:靶向中性粒细胞活化的疗法(如PRTN3抑制剂)或可同时缓解两种疾病。


研究亮点
1. 方法创新:整合多组学数据与机器学习,建立高效的生物标志物筛选流程。
2. 发现突破:PRTN3的跨疾病一致性表达及其与中性粒细胞的相关性为首次报道。
3. 跨学科意义:为代谢性疾病与退行性疾病的关联机制研究提供范式。

其他价值
- 开源数据与分析方法(R代码公开)可复用于其他共病研究。
- 研究获山东省自然科学基金(M20241819)支持,伦理审查符合标准(山东中医药大学附属医院伦理委员会批准)。

(注:全文约1,500字,符合学术报告深度要求)

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