类型a：学术研究报告

1. 主要作者及机构、发表期刊与时间
本研究由Yanping Jiang（1,2,3）、Karolina Dukik（2,4）、Jose F. Muñoz（5）、Lynne Sigler（6）、Ilan S. Schwartz（7,8）、Nelesh P. Govender（9）、Chris Kenyon（10）、Peiying Feng（11）、Bert Gerrits van den Ende（2）、J. Benjamin Stielow（2,12）、Alberto M. Stchigel（13）、Hongguang Lu（1）、Sybren de Hoog（2,3,4）共同完成。研究发表于《Fungal Diversity》期刊，2018年5月17日在线发表。

2. 学术背景与研究目标
本研究聚焦于Ajellomycetaceae科（Onygenales目）的系统发育、生态学及分类学，重点关注该科中的致病性真菌，如Blastomyces、Emergomyces、Emmonsia和Emmonsiellopsis等属。Ajellomycetaceae科包含多种哺乳动物病原体，可引起系统性真菌病（如芽生菌病、组织胞浆菌病等），但部分新近发现的属（如Emergomyces）的分类地位和致病机制尚不明确。

研究目标包括：
1. 通过多基因测序（RPB2、TEF3、TUB2、LSU、ITS）结合形态学和生理学分析，明确这些真菌的系统发育关系；
2. 研究温度依赖性双相性（thermal dimorphism）的转化动态，揭示其从菌丝体到酵母样或阿迪孢子样（adiaspore-like）形态的转变机制；
3. 描述新物种（如Blastomyces silverae、Emergomyces canadensis等），并评估其致病性与生态分布。

3. 研究流程与方法
研究分为以下主要步骤：

（1）菌株收集与预处理
- 研究对象：68株菌株，包括Ajellomycetaceae科的致病菌和环境分离株，来源涵盖临床样本（人类和动物）、土壤等。
- 菌株保存机构：荷兰Westerdijk真菌生物多样性研究所（CBS）、加拿大阿尔伯塔大学真菌标本馆（UAMH）、英国国家病原真菌保藏中心（NCPF）。

（2）形态学与生理学分析
- 培养条件：在麦芽提取物琼脂（MEA）上，于6–42°C范围内测试生长速率和形态变化，重点关注24°C（腐生相）、33°C（中间相）和37°C（耐热相）。
- 显微观察：通过玻片培养技术观察分生孢子形成、菌丝结构及温度诱导的形态转化（如酵母样细胞或阿迪孢子的形成）。
- 生理测试：包括脲酶活性、环己酰亚胺耐受性及溶血性分析。

（3）分子系统发育分析
- 基因测序：对5个基因区域（RPB2、TEF3、TUB2、LSU、ITS）进行扩增和测序，生成291条新序列并提交至GenBank。
- 数据分析：采用最大似然法（ML）和贝叶斯推断（BI）构建系统发育树，使用RAxML和MrBayes软件，以Arthroderma flavescens作为外群。
- 条形码分析：通过R包（spider和ape）评估各基因片段的鉴别能力，确定最有效的分类标记。

4. 主要研究结果
（1）系统发育关系
- 多基因分析将Ajellomycetaceae科分为5个高支持率的进化枝（Clade I–V），对应不同的属级分类单元。
- Clade I：包含Emmonsia crescens和Emergomyces属（如E. africanus、E. pasteurianus），后者主要感染免疫缺陷宿主。
- Clade II：Blastomyces属，包括B. dermatitidis、B. helicus（原Emmonsia helica）及新种B. silverae。
- Clade V：环境菌Emmonsiellopsis，与致病菌亲缘较远。

（2）形态与生理特征
- 温度依赖性转化：
- Blastomyces和Emergomyces在37°C下形成酵母样细胞，而Emmonsia crescens产生厚壁阿迪孢子（直径可达140 μm）。
- Emergomyces的酵母细胞较小（ μm），适合在免疫缺陷宿主体内扩散。
- 生理差异：
- Emergomyces对环己酰亚胺敏感，而Blastomyces耐受性较强；脲酶活性在Emmonsia中快速阳性，Blastomyces则延迟。

（3）新分类修订
- Blastomyces parvus（原Emmonsia parva）被重新归类为Blastomyces属。
- 描述4个新种：Blastomyces silverae、Emergomyces canadensis、E. europaeus和Emmonsia sola。

5. 研究结论与意义
- 分类学价值：解决了Emmonsia和Blastomyces的长期分类争议，明确了Emergomyces作为独立属的地位。
- 医学意义：揭示了Emergomyces与HIV相关感染的关联性，为临床诊断提供分子依据。
- 生态学启示：Emmonsia crescens主要感染啮齿类动物，而Blastomyces和Emergomyces更倾向于人类宿主，提示宿主适应性分化。

6. 研究亮点
1. 多基因联合分析：首次整合RPB2、TEF3等高变基因，显著提升分类分辨率。
2. 温度转化动态：系统比较了不同属的形态转化阈值，为致病机制研究奠定基础。
3. 新病原体发现：Emergomyces canadensis等新种的描述扩展了对机会性病原菌的认知。

7. 其他价值
- 开发的滑动窗口分析法（sliding window analysis）为真菌条形码研究提供了新工具，显示TUB2和RPB2的鉴别效能优于ITS。
- 菌株资源（如CBS 142607）的公开将促进后续比较基因组学研究。