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基于CT扫描检测肝硬化的新方法

期刊:Computers in Biology and MedicineDOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106378

类型a:这篇文档报告了一项原创研究。

主要作者与机构
该研究的主要作者包括Krzysztof Kotowski、Damian Kucharski、Bartosz Machura等人,他们来自Graylight Imaging(波兰Gliwice)、Roche Pharma Research and Early Development(瑞士Basel)以及Silesian University of Technology(波兰Gliwice)。这项研究发表在2023年的《Computers in Biology and Medicine》期刊上。

学术背景
本研究属于医学影像分析领域,专注于利用计算机断层扫描(CT)技术检测肝硬化(liver cirrhosis)。肝硬化是慢性肝病的终末阶段,其早期检测对患者的生存至关重要。然而,基于腹部CT扫描评估肝脏状态的过程繁琐且缺乏可重复性。为解决这些问题,研究人员提出了一种端到端且可重复的方法,结合了临床启发特征(clinically-inspired features)和放射组学特征(radiomic features),以提高分类模型的性能和解释性。研究的目标包括开发新的特征提取算法、验证这些特征在分类任务中的有效性,并通过特征选择提升模型的可解释性。

详细工作流程
该研究的工作流程包括以下几个步骤:

  1. 数据预处理
    研究使用了两个患者队列的数据集:一个包含241名患者的临床试验数据集(clin),另一个包含32名健康潜在肝捐赠者的公开基准数据集(chaos)。所有CT图像均被重新采样至统一的体素大小(1, 1, 5 mm),以减少不同扫描设备和协议带来的差异。

  2. 特征提取
    特征提取分为两类:

    • 临床启发特征:包括肝脏体积分布(volume distribution)、肝脏钝化(bluntness)、肝表面结节性(liver surface nodularity, LSN)和腹水(ascites)的检测。例如,肝脏钝化特征通过计算靠近左肝角的体素数量来量化;LSN评分通过拟合低阶多项式曲线并测量其与实际肝轮廓的距离来计算。
    • 放射组学特征:从整个肝脏及其边界提取,包括形状特征、灰度共生矩阵(GLCM)特征、灰度游程矩阵(GLRLM)特征等。研究还引入了一种新方法,提取“矫正肝轮廓”(rectified liver contour)作为感兴趣区域(ROI),并从中提取特征。
  3. 特征选择与分类
    研究使用了多种特征选择方法(如LASSO、遗传算法GA、MRMR等)来筛选最具判别性的特征子集,并训练了多种监督学习分类器(如随机森林RF、支持向量机SVM、线性感知器LP等)。最终模型在验证集和测试集上进行了性能评估。

  4. 实验设计
    实验包括三个非重叠的训练折叠和一个独立测试集。研究采用了多因素分层策略,确保训练集和测试集在患者特征(如性别、种族、Child–Pugh评分等)上的分布一致。

主要结果
- 特征重要性分析
研究发现,从矫正肝轮廓中提取的放射组学特征(如旋转不变性和灰度依赖性矩阵特征)以及脾脏与肝脏体积比(spleen-to-liver ratio)是最具判别性的特征。这些特征在所有分类器中均被频繁选中,表明它们在区分肝硬化和非肝硬化患者中的关键作用。

  • 分类性能
    在测试集上,支持向量机(SVM)表现最佳,其准确率(ACC)达到0.83,F1分数为0.75,AUC为0.84,MCC为0.68。此外,仅使用临床启发特征的随机森林(RF)模型也表现出良好的性能(ACC=0.72,AUC=0.84)。特征选择显著减少了特征数量(从数千个减少到数十个),同时提高了模型的性能和解释性。

  • 特征选择的影响
    研究表明,经过特征选择后,模型的性能显著提升,尤其是对于𝑘-NN分类器,可能是因为去除了误导性或噪声特征。最终的帕累托最优模型仅使用了20个特征,实现了约280倍的特征压缩。

结论与价值
本研究提供了一种高效且可解释的方法来检测CT扫描中的肝硬化。其科学价值在于开发了新的特征提取算法(如矫正肝轮廓)和验证了临床启发特征的重要性。应用价值体现在能够帮助医生更快、更准确地诊断肝硬化,从而避免病情恶化。此外,该研究强调了特征选择在提升模型解释性方面的作用,为未来的研究提供了重要参考。

研究亮点
1. 提出了矫正肝轮廓的概念,并从中提取了关键的放射组学特征。
2. 结合临床启发特征和放射组学特征,显著提升了分类模型的性能。
3. 通过特征选择,将特征数量从数千个减少到数十个,大幅提升了模型的解释性。
4. 实验结果表明,矫正肝轮廓中的特征在区分肝硬化和非肝硬化患者中具有重要作用。

其他有价值内容
研究还探讨了不同分类器的性能差异,并强调了标准化数据集和验证程序的重要性。此外,研究团队正在开发深度学习算法以进一步优化分类性能,同时保持系统的可解释性。

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