类型a：
1977年9月，英国剑桥MRC分子生物学实验室（MRC Laboratory of Molecular Biology）的C. Jacq、J. R. Miller和G. G. Brownlee在《Cell》（vol. 12, 109-120）发表了关于非洲爪蟾（Xenopus laevis）5S DNA中假基因（pseudogene）结构的重要研究。这项研究聚焦分子生物学领域，旨在解析编码卵母细胞型5S RNA的重复DNA单元的结构特征及其潜在功能。
学术背景
5S RNA是核糖体的最小RNA组分。非洲爪蟾体内存在两种5S RNA：一种存在于所有体细胞，另一种仅存在于卵母细胞，两者在121个碱基中存在6处差异。此前研究已证实，卵母细胞型5S DNA由约700碱基对（base pairs, bp）的串联重复单元构成，其中高A+T含量的间隔区（spacer）与高G+C含量的基因区交替排列。然而，对G+C区剩余约150 bp的序列功能尚不明确。本研究通过序列分析，首次发现该区域包含一个与5S基因高度同源但存在差异的假基因结构，并探讨其可能的进化意义与调控功能。
研究流程
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部分T1 RNA酶消化实验
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研究对象：从非洲爪蟾红细胞中纯化的全基因组5S DNA。
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方法：使用大肠杆菌RNA聚合酶合成³²P标记的互补RNA（cRNA），通过T1 RNA酶部分消化后，进行二维电泳分离（第一维：pH 3.5醋酸纤维素电泳；第二维：DEAE纤维素薄层色谱）。
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关键发现：通过分析指纹图谱中的寡核苷酸片段（如t4、t5），发现一段34碱基的序列与已知5S基因序列（44-77位）存在5处差异，提示存在假基因结构。
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假基因区域的分离与测序
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方法：将³²P-cRNA与过量卵母细胞5S RNA杂交，未杂交部分用高盐缓冲液中的T1 RNA酶降解，保留双链区域。通过10%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离出两条主要条带：
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条带1：与5S RNA大小相近，对应基因序列。
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条带2：约110碱基长度，对应假基因序列。
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测序技术：通过T1 RNA酶完全消化后的指纹图谱分析（表2），结合胰RNA酶二次消化，推导出假基因的107碱基序列（图6）。结果显示，假基因与基因序列在1-101位点仅有9处差异，但在102位点后完全无同源性。
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限制性内切酶图谱分析
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研究对象：克隆的单体5S DNA（如克隆i1、i5、i6）。
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方法：使用Hae III限制酶切割，结合“缺口平移”（nick translation）标记，通过梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳分离片段（如400 bp、180 bp、58 bp、43 bp）。
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关键发现：
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58 bp片段对应基因序列（8-66位点），43 bp片段包含假基因67-101位点及Hind III酶切位点（图11）。
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克隆i6的异常图谱（缺失43 bp和180 bp，出现230 bp片段）证实假基因与基因在单体中相邻排列（图7）。
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序列保守性验证
- 通过比较全基因组5S DNA与克隆i5的180 bp、43 bp片段cRNA指纹图谱（图9-10），证实假基因在重复单元中高度保守，仅在少数位点（如90位）存在异质性。
主要结果
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假基因的发现：首次在5S DNA中鉴定出101碱基的假基因，与基因序列同源性达91%（9处差异），但无转录产物。
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结构定位：重复单元的顺序为（5’端）长间隔区-基因-连接区-假基因（3’端）（图12）。Hae III酶切图谱确认基因与假基因位于同一G+C富集区（图8a）。
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进化意义：假基因可能是基因复制后因突变丧失功能的进化遗迹，但其序列保守性暗示潜在调控作用（如作为“转录间隔区”）。
结论与价值
该研究揭示了串联重复DNA中假基因的存在，为理解基因重复与进化提供了实证。其科学价值包括：
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提出假基因可能参与转录调控的假设，为后续研究5S RNA表达机制奠定基础。
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开发了结合限制酶图谱与RNA杂交的序列分析方法，为复杂重复DNA研究提供技术范本。
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推动了对非洲爪蟾近缘物种（如Xenopus borealis）及体细胞型5S DNA的比较研究。
研究亮点
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创新性发现：首次在真核生物中报道假基因结构，挑战了“所有重复序列均功能保守”的传统观点。
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方法学贡献：建立多维度序列分析流程（杂交-酶切-指纹图谱），尤其擅长解析高度重复序列。
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生物学启示：假基因的保守性可能反映其参与染色质结构维持或转录终止调控，为后续表观遗传学研究提供线索。
其他有价值内容
作者讨论了假基因检测的技术难点（如早期杂交实验未发现假基因可能与严格性条件有关），并展望了未来通过快速凝胶测序技术（如Sanger法）解析更长DNA片段的前景。