这篇文档属于类型a，即报告了一项原创研究。以下是对该研究的学术报告：
该研究的主要作者包括Christian Roy、Tomasz Sewastianik、Ileana Saenz、Gregory J. Opiteck、Sean Stagg、Martin Maiers和Dirk Nagorsen。研究由Affini-T Therapeutics Inc.（位于美国马萨诸塞州沃特敦）和NMDP/CIBMTR（位于美国明尼苏达州明尼阿波利斯）共同完成。研究发表于《Journal for Immunotherapy of Cancer》2025年第13卷，文章编号为e011441。
该研究的主要科学领域是免疫治疗，特别是基于T细胞受体（TCR）的疗法。随着TCR疗法在实体瘤治疗中的应用日益广泛，理解HLA（人类白细胞抗原）频率的地理分布变得至关重要。HLA是TCR疗法发挥作用的关键因素，因为TCR疗法依赖于患者体内特定的HLA等位基因。然而，目前缺乏关于HLA等位基因在美国地理分布的高分辨率数据，这给临床试验的患者招募和多样性带来了挑战。此外，HLA等位基因频率与种族或民族群体密切相关，因此需要结合人口统计数据进行分析。本研究旨在通过整合美国HLA频率数据和人口普查数据，开发一种方法来创建高分辨率的HLA I类基因型频率地图，以优化临床试验的招募策略并促进试验多样性。
研究流程主要包括以下几个步骤：
数据收集与整合
研究首先从Gragert 2013研究中获取了HLA频率数据，并将其与美国2020年人口普查数据相匹配。Gragert 2013研究提供了2341个HLA I类等位基因的频率数据，涵盖了五个广泛的种族类别。2020年人口普查数据则提供了全国、州、县和人口普查区（census tract）级别的自报种族人口分布。
HLA频率调整
研究人员根据每个地理区域（如州、县、人口普查区）的种族人口比例，对HLA等位基因频率进行了调整。具体方法是将Gragert 2013中的等位基因频率乘以相应种族的百分比，得到基于种族的调整后等位基因频率（AF），然后通过Hardy-Weinberg公式将其转换为基因型频率（GF）。
地理匹配与验证
为了验证调整后的基因型频率的准确性，研究人员将其与NMDP（国家骨髓捐赠计划）的实际观察数据进行了比较。NMDP数据包括超过800万美国捐赠者的HLA基因型信息，为研究提供了高置信度的参考数据。
H3六边形分析
为了克服美国各州和县人口分布不均的问题，研究人员采用了H3地理空间索引系统。H3系统通过分层网格系统提供不同级别的空间分辨率，使研究人员能够在更精细的地理尺度上分析HLA频率。
癌症中心捕获区分析
研究人员还将调整后的HLA频率数据映射到美国国家癌症研究所（NCI）指定的癌症中心捕获区，以评估不同癌症中心的潜在患者招募能力。
HLA-A*11:01的频率分布
研究发现，HLA-A*11:01的基因型频率在美国全国平均为11.2%，但在西部州（如加利福尼亚和华盛顿）的频率显著高于全国平均水平，特别是在加利福尼亚的湾区，频率高达15%-20%。这一结果对于选择临床试验地点具有重要意义，因为HLA-A*11:01是KRAS新抗原突变的关键等位基因，被TCR T细胞疗法所靶向。
HLA-B*58:01的频率分布
研究还发现，HLA-B*58:01在美国南部的频率较高，特别是在密西西比州，基因型频率达到3.98%。这一等位基因与痛风药物别嘌呤醇的严重皮肤不良反应相关，因此研究结果可以为公共卫生宣传和临床指南提供依据。
H3六边形分析结果
通过H3系统，研究人员能够在更精细的地理尺度上识别HLA频率的分布。例如，在加利福尼亚的H4六边形分析中，湾区的高频率区域得到了更精确的定位。
癌症中心捕获区分析结果
研究显示，斯坦福大学癌症中心的捕获区HLA-A*11:01频率最高（15.57%），但由于其捕获区人口较少，潜在患者数量相对较少。相比之下，加州大学旧金山分校（UCSF）的捕获区虽然频率略低（14.72%），但由于其捕获区人口较多，潜在患者数量增加了66%。
该研究首次详细绘制了美国HLA频率的地理分布图，涵盖了州、县和人口普查区等多个地理尺度。通过整合人口普查数据和HLA频率数据，研究提供了一种高分辨率的HLA频率分析方法，能够有效支持临床试验地点的选择和患者招募策略的优化。此外，研究结果还为HLA相关的药物反应和公共卫生宣传提供了重要参考。
高分辨率HLA频率地图
研究首次在美国范围内创建了高分辨率的HLA I类基因型频率地图，填补了该领域的空白。
H3地理空间索引系统的应用
研究采用了H3系统，克服了传统地理边界分析中人口分布不均的问题，提供了更精细的空间分辨率。
临床试验优化
研究结果直接支持了临床试验地点的选择，特别是在HLA-A*11:01和HLA-B*58:01等关键等位基因的分布区域。
公共卫生意义
研究结果还为HLA相关的药物反应（如别嘌呤醇的不良反应）提供了重要依据，支持了公共卫生宣传和临床指南的制定。
研究还提供了代码和数据链接，使其他研究人员能够复制其方法。此外，研究强调了未来更新HLA频率数据的重要性，特别是在2030年人口普查后，随着种族和民族分类的进一步细化，HLA频率的估计将更加准确。