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基于先验脑结构学习的多视图图卷积网络在自闭症谱系障碍诊断中的应用

期刊:computers in biology and medicineDOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105239

这篇文档属于类型a,即报告了一项原创性研究的科学论文。以下是针对该研究的学术报告内容:


作者及机构
本研究由Guangqi Wen(东北大学计算机科学与工程学院)、Peng Cao(东北大学计算机科学与工程学院及医学影像智能计算教育部重点实验室)、Huiwen Bao、Wenju Yang、Tong Zheng(东北大学)以及Osmar Zaiane(加拿大阿尔伯塔大学)共同完成。论文发表于期刊《Computers in Biology and Medicine》第142卷(2022年),标题为《MVS-GCN: A Prior Brain Structure Learning-Guided Multi-View Graph Convolution Network for Autism Spectrum Disorder Diagnosis》。


学术背景
本研究属于神经影像与人工智能交叉领域,聚焦于利用功能脑网络(Functional Brain Network, FBN)自闭症谱系障碍(Autism Spectrum Disorder, ASD)进行诊断。ASD是一种神经发育性疾病,其诊断目前主要依赖临床心理学标准,缺乏客观的生物标志物。近年来,基于静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)的脑网络分析成为研究热点,但面临三大挑战:
1. 数据异质性:多中心数据因扫描协议和人群差异导致分布不一致;
2. 图结构保留:脑网络中噪声连接干扰有效特征的提取;
3. 模型可解释性:深度学习模型难以提供临床可理解的生物标志物。
本研究旨在提出一种新型图神经网络框架(MVS-GCN),通过结合图结构学习多任务图嵌入学习,提升分类性能并识别潜在的功能子网络。


研究流程
1. 脑网络构建
- 研究对象:使用公开数据集ABIDE(Autism Brain Imaging Data Exchange,871例受试者,包括403例ASD和468例正常对照)和ADNI(Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative,133例受试者)。
- 预处理:采用CCS(Connectome Computation System)流程,包括时间层校正、运动校正和强度归一化。
- 网络生成:基于AAL(Automated Anatomical Labeling)和CC200分区,通过皮尔逊相关性构建功能连接矩阵,并通过阈值二值化生成不同稀疏度的脑网络视图。

  1. 图结构学习(GSL)

    • 目标:消除噪声连接并统一多中心数据的图空间。
    • 方法:设计可学习的聚类参数矩阵F,将原始脑网络(116或200节点)粗化为8个超节点(supernode),通过监督学习强化关键连接(如跨簇边),弱化非关键连接(簇内边)。
    • 创新点:首次将图结构学习与分类任务端到端联合训练,提升拓扑一致性。
  2. 多视图图嵌入学习(MVL)

    • 多视图生成:采用大、中、小三种阈值生成不同稀疏度的脑网络视图。
    • 共享图嵌入层(SGE):通过多任务学习捕获视图间共性特征,私有图嵌入层(PGE)保留各视图独有特征。
    • 正则化设计
      • 视图一致性正则化(VCR):约束不同视图的图结构相似性;
      • 先验子网络结构正则化(SNR):整合已知功能子网络(如默认模式网络DMN、显著性网络SN)的拓扑先验知识,增强关键连接权重。
  3. 实验验证

    • 对比方法:包括传统方法(SVM/RF)、非图深度模型(如ASD-Diagnet)和图卷积网络(如BrainGNN)。
    • 评估指标:准确率(ACC)、AUC、敏感性和特异性。

主要结果
1. 分类性能
- 在ABIDE数据集上,MVS-GCN达到平均准确率69.38%和AUC 69.01%,显著优于对比方法(如BrainGNN的61.84%准确率)。
- 在ADNI数据集上,模型同样表现出色,验证了其泛化能力。

  1. 图结构学习效果

    • 可视化显示,原始脑网络的异质性通过GSL显著降低,ASD与正常对照的差异在粗化图中更明显(图7)。
    • 相似性矩阵分析表明,GSL使类内样本更聚集,类间差异更显著(图8)。
  2. 可解释性发现

    • 识别出与ASD相关的关键子网络:中央执行网络(CEN)、显著性网络(SN)和默认模式网络(DMN),其交互模式与既往神经影像证据一致(表5)。
    • 跨子网络连接(如SN-CEN)的权重较高,支持“三重网络模型”在ASD中的重要性。

结论与价值
1. 科学价值
- 提出首个整合图结构学习与多视图嵌入的GCN框架,解决了脑网络分析中的异质性和噪声问题。
- 通过可解释的子网络识别,为ASD的病理机制提供了新证据。

  1. 应用价值
    • 模型代码开源(GitHub),可直接应用于其他脑疾病(如阿尔茨海默病)的诊断。
    • 临床意义:为客观生物标志物的发现提供了AI驱动的方法学支持。

研究亮点
1. 方法创新
- 首次将多视图学习与图结构学习结合,动态优化脑网络拓扑。
- 设计SNR和VCR正则化,平衡数据驱动与先验知识。

  1. 结果突破

    • 在ABIDE和ADNI上均达到SOTA性能,且模型轻量化(仅需8个超节点)。
    • 发现的子网络与既往研究高度吻合,增强了结果的可信度。
  2. 跨学科意义

    • 为图神经网络在医学影像中的应用提供了新范式,尤其适用于复杂网络数据的分析。

其他有价值内容
- 超节点数量与视图数量的超参数分析表明,模型性能在超节点数为8、视图数为3时达到最优(图9-10)。
- 正负功能连接的分离学习策略进一步提升了分类效果(表4)。

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