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用于并行磁共振成像中联合线圈敏感性和图像估计的扫描特定隐式表示

期刊:IEEE Transactions on Medical ImagingDOI:10.1109/TMI.2023.3342156

该文档属于类型a,即单篇原创研究报告。以下是针对该研究的学术报告:

作者与发表信息
该研究由Ruimin Feng、Qing Wu、Jie Feng、Huajun She、Chunlei Liu、Yuyao Zhang和Hongjiang Wei共同完成。Ruimin Feng、Jie Feng、Huajun She和Hongjiang Wei来自上海交通大学生物医学工程学院;Qing Wu和Yuyao Zhang来自上海科技大学信息科学与技术学院;Chunlei Liu来自加州大学伯克利分校电气工程与计算机科学系。该研究发表于2024年4月的《IEEE Transactions on Medical Imaging》期刊第43卷第4期。

学术背景
该研究的主要科学领域为医学成像,特别是磁共振成像(MRI)的加速技术。MRI是一种广泛使用的临床诊断工具,但其主要缺点是数据采集时间较长。为了加速MRI采集,研究者提出了并行成像技术,通过利用多个接收线圈的信息冗余来减少采样时间。然而,从高度缩减的k空间测量中可靠地重建高质量图像仍然是一个挑战。近年来,隐式神经表示(Implicit Neural Representation, INR)成为一种强大的范例,能够利用部分获取数据的内部信息和物理特性生成期望的对象。本研究提出了一种名为IMJENSE的新方法,旨在通过扫描特定的隐式神经表示来改进并行MRI重建,特别是在极有限的校准数据情况下实现高质量图像重建。

研究流程
1. 问题定义与模型构建
研究首先将并行MRI重建问题表述为一个逆问题,即从稀疏采样的k空间测量中恢复MRI图像。IMJENSE方法将MRI图像和线圈灵敏度分别建模为空间坐标的连续函数,分别由多层感知机(MLP)和多项式参数化。MLP用于参数化MRI图像,多项式用于参数化线圈灵敏度。这些函数的权重和系数直接从稀疏获取的k空间测量中学习,无需完全采样的地面真相数据进行训练。

  1. 实验设计与数据集
    研究使用了四个数据集来评估IMJENSE的性能:

    • 15通道膝关节数据集:来自纽约大学快速MRI倡议数据库,包含15名受试者的524层切片。
    • 双通道猕猴脑数据集:来自中国科学院神经科学研究所,包含10个切片。
    • 32通道人类大脑数据集:包含9名受试者的320个切片。
    • 20通道病变数据集:来自纽约大学快速MRI倡议数据库,包含病变的脑部MRI数据。
      在每个数据集中,研究者对数据进行了回顾性均匀欠采样,并使用了不同的加速因子和自校准信号(ACS)大小。
  2. 超参数调优与训练
    IMJENSE涉及两个重要超参数:λ(正则化参数)和w0(控制MLP学习高频信息的能力)。研究者使用贝叶斯优化方法对超参数进行微调,并通过最小化数据一致性损失和总变分损失来同时优化MLP的权重和多项式的系数。训练完成后,神经网络能够直接生成重建图像,并通过额外的步骤强制k空间的数据一致性。

  3. 性能评估与对比
    IMJENSE与多种传统算法(如GRAPPA、JSENSE、NLINV等)和深度学习方法(如H-DSLR、MODL)进行了比较。研究者通过峰值信噪比(PSNR)和结构相似性指数(SSIM)等指标定量评估了重建结果,并展示了恢复的k空间数据及其误差图。结果表明,IMJENSE在极有限的校准数据情况下表现优于其他方法。

主要结果
1. 膝关节数据集
在加速因子为4和5的情况下,IMJENSE分别实现了40.86 dB和39.02 dB的PSNR,以及0.960和0.949的SSIM,显著优于其他方法。
2. 猕猴脑数据集
IMJENSE在加速因子为2的情况下,实现了31.71 dB的PSNR和0.899的SSIM,有效去除了其他方法无法抑制的伪影。
3. 人类大脑数据集
在仅使用8条ACS线的情况下,IMJENSE在加速因子为5和6时分别实现了33.87 dB和32.51 dB的PSNR,以及0.940和0.942的SSIM,表现出对ACS大小的强鲁棒性。
4. 病变数据集
IMJENSE在病变检测中表现出色,实现了32.65 dB的PSNR和0.934的SSIM,能够清晰区分病变区域与周围组织。

结论与意义
IMJENSE是一种无需训练数据库的深度学习方法,能够从部分获取的k空间数据中学习MRI图像和线圈敏感性的连续函数表示。其在极有限的校准数据情况下表现出色,能够在二维笛卡尔采集中显著改进并行MRI重建。该方法在进一步加速MRI数据采集方面具有巨大潜力,特别是在临床应用中,可以减少扫描时间并提高图像质量。

研究亮点
1. 创新性方法
IMJENSE是首个探索隐式神经表示在并行MRI重建中应用的方法,通过联合估计MRI图像和线圈灵敏度,避免了误差传播。
2. 无需训练数据库
该方法无需训练数据集即可应用于不同的成像模态、加速因子、MRI制造商和器官,具有广泛的适用性。
3. 强鲁棒性
IMJENSE在极有限的校准数据情况下表现稳定,允许更高的有效加速率。
4. 与其他正则化器的兼容性
该方法能够轻松与其他图像正则化器结合,进一步优化重建结果。

其他有价值的内容
研究者还探索了哈希编码在加速IMJENSE框架中的应用,初步实验结果表明,哈希编码可以显著减少计算时间,同时保持重建质量。未来工作将进一步评估哈希编码在更大数据集上的性能,并探索其他加速策略,如元学习和迁移学习。

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