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作者及研究机构
本研究的主要作者包括Christine M. Parseghian（第一作者）、Ryan Sun、Melanie Woods、Stefania Napolitano等，研究团队来自美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心（The University of Texas MD Anderson Cancer Center）等多个机构。该研究于2022年11月9日发表在《Journal of Clinical Oncology》（JCO）期刊上。
学术背景
结直肠癌（Colorectal Cancer, CRC）是美国癌症相关死亡的第二大原因，其中约50%的患者最终会发展为转移性结直肠癌（mCRC），中位生存期为2-3年。尽管抗表皮生长因子受体（Anti-Epidermal Growth Factor Receptor, Anti-EGFR）疗法在RAS/RAF野生型mCRC患者中显示出一定的疗效，但耐药性的出现严重限制了其长期应用。以往的研究主要集中在单药抗EGFR治疗中耐药机制的研究，认为KRAS/NRAS/EGFR等基因的新突变是耐药的主要原因。然而，对于抗EGFR疗法与化疗联合使用时的耐药机制知之甚少。因此，本研究旨在探索抗EGFR疗法在不同治疗方案（单药与联合化疗）及不同治疗线数（一线与三线）中的耐药机制差异。
研究流程
1. 研究对象与样本采集
研究分析了来自三项大型随机临床试验的RAS/BRAF/EGFR野生型mCRC患者的配对血浆样本。这些试验包括一线治疗（203研究，n=1183）和三线治疗（007研究，n=377；763研究，n=999）。共有147名一线治疗患者和422名三线治疗患者的配对血浆样本被纳入分析。
突变分析与ctDNA检测
使用优化的ctDNA（循环肿瘤DNA）测序平台（PlasmaSelect-R和Resolution Bio）对患者基线及进展时的血浆样本进行测序，检测KRAS/NRAS/BRAF/MAP2K1/EGFR等基因的突变。此外，研究还开发了对西妥昔单抗（Cetuximab）、氟尿嘧啶（Fluorouracil）、奥沙利铂（Oxaliplatin）和SN38耐药的CRC细胞系，并对其转录组变化进行了分析。
耐药机制研究
通过ctDNA分析，研究评估了治疗过程中获得的突变特征。此外，利用体外模型验证了西妥昔单抗与化疗药物之间的交叉耐药性，并分析了耐药细胞系中上皮-间质转化（Epithelial-to-Mesenchymal Transition, EMT）相关基因的表达变化。
数据分析
研究采用统计学方法比较了不同治疗方案和线数中耐药突变的发生率，并分析了突变特征与耐药机制之间的关系。此外，通过转录组数据分析，探索了耐药细胞系中EMT相关基因的表达模式。
主要结果
1. 耐药突变的发生率
研究发现，接受单药抗EGFR治疗的三线患者中，46%的患者出现了获得性耐药突变，而接受联合化疗的一线患者中，这一比例仅为9%（p<0.001）。这表明，化疗的加入显著降低了获得性耐药突变的发生率。
耐药亚克隆的动态变化
研究还发现，基线时存在的耐药亚克隆突变在进展时很少扩展为克隆性突变，大多数仍保持亚克隆状态或消失。这一结果与传统的克隆进化模型不符，提示耐药机制可能更依赖于转录组变化而非基因突变。
交叉耐药性
体外实验表明，对西妥昔单抗耐药的细胞系对化疗药物也表现出交叉耐药性，其转录组特征与EMT一致。相反，MAPK通路中的常见获得性耐药突变并不影响对化疗药物的敏感性。
突变特征分析
对三线治疗患者的ctDNA突变特征分析显示，获得性突变主要与SBS17b和SBS10b特征相关，提示化疗暴露和DNA修复缺陷可能在耐药机制中起重要作用。
结论
本研究提出了一种新的耐药模型：在联合化疗的情况下，转录组机制在耐药中占主导地位，而在单药抗EGFR治疗中，获得性MAPK突变更为常见。这一发现对抗EGFR再挑战策略的设计具有重要意义，提示在早期治疗中，ctDNA检测可能无法准确反映耐药机制。此外，研究还强调了转录组机制在耐药中的重要性，为未来的研究提供了新的方向。
研究亮点
1. 重要发现
研究发现，化疗的加入显著降低了获得性耐药突变的发生率，提示联合化疗可能通过抑制转录组机制来延缓耐药。
方法创新
研究首次通过ctDNA分析和体外模型相结合的方式，系统探索了抗EGFR疗法在不同治疗方案中的耐药机制差异。
研究对象的特殊性
研究聚焦于RAS/RAF野生型mCRC患者，这一群体在抗EGFR治疗中具有重要的临床意义。
其他有价值的内容
研究还提出了“适应性突变性模型”（Adaptive Mutability Model），认为耐药性可能是由于治疗压力下DNA修复途径的短暂下调所致。这一模型为理解耐药机制提供了新的视角。
以上报告详细介绍了研究的背景、流程、结果、结论及其意义，旨在为其他研究者提供全面的参考。