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基于节点聚类的多任务图结构学习在早期帕金森病诊断中的应用

期刊:computers in biology and medicineDOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106308

基于节点聚类的多任务图结构学习框架(MNC-Net)在早期帕金森病诊断中的应用研究

作者及机构
本研究的通讯作者为Fuzhou University(福州大学)的Mingjing Yang(邮箱:yangmj5@fzu.edu.cn),合作作者包括Liqin Huang、Xiaofang Ye、Lin Pan和Shao Hua Zheng,均来自福州大学物理与信息工程学院。研究成果发表于期刊《Computers in Biology and Medicine》2023年第152卷,文章编号106308,于2022年11月24日在线发布。

学术背景
帕金森病(Parkinson’s Disease, PD)是一种常见的神经退行性疾病,早期诊断对患者治疗和预后至关重要。传统诊断依赖运动症状,但非运动症状(如抑郁、嗅觉减退)常早于运动症状出现,导致早期PD漏诊。结构脑网络(Structural Brain Networks, SBNs)基于扩散张量成像(Diffusion Tensor Imaging, DTI)构建,可反映白质微结构异常,但高维噪声和模型可解释性不足是当前研究的核心挑战。本研究提出MNC-Net框架,通过节点聚类和图结构学习挖掘SBNs中的异常模式,结合临床评分提升早期PD分类性能,并提供可解释的脑区标记。

研究流程与方法
1. 数据预处理与脑网络建模
- 数据集:使用帕金森病进展标志物计划(PPMI)公开数据集,包含97名健康对照(HC)和97名早期PD患者(PPD)。
- 图像处理:通过PANDA工具箱对DTI和T1加权像进行预处理,包括颅骨剥离、涡流校正、张量拟合,并将FA(Fractional Anisotropy)配准至MNI空间。
- 网络构建:采用AAL模板将大脑划分为90个感兴趣区(ROIs),通过确定性纤维追踪算法构建90×90的SBNs,节点为ROIs,边为纤维连接数。

  1. 图结构学习与多任务框架

    • 图表示编码:将脑网络建模为图𝐺 = {𝑉, 𝐴, 𝑋},其中𝐴为邻接矩阵,𝑋为节点特征。通过图编码器融合拓扑与属性信息,生成初始图嵌入𝐺(0)。
    • 节点聚类层:基于SBNs的模块化特性,设计无监督𝐾聚类模块,通过t分布计算节点聚类概率𝑄𝑖𝑗,生成多头注意力矩阵,聚合异常连接模式。
    • 多任务学习:联合优化分类任务(PD vs. HC)和回归任务(预测临床评分,如MOCA、MDS-UPDRS),通过KL散度和RMSE损失函数动态调整参数。
  2. 实验设计与验证

    • 对比方法:与传统机器学习(SVM、RF)、深度学习方法(GCN、SAG、HGP)对比,采用10折交叉验证评估准确率(ACC)、F1值等指标。
    • 超参数优化:通过网格搜索确定聚类中心数𝐾=10和回归损失权重𝜆2=2.0。
    • 可解释性分析:提取聚类层中得分最高的10个ROIs,结合临床评分统计验证其显著性(𝑝<0.05)。

主要结果
1. 分类性能:MNC-Net在PPMI数据集上达到95.5%的准确率,显著优于传统方法(SVM: 68.6%)和图神经网络基线(GCN: 78.3%)。t-SNE可视化显示,MNC-Net学习的特征具有更高的类内紧凑性和类间区分度。
2. 关键脑区识别:显著异常的ROIs包括海马体(记忆与情绪调控)、辅助运动区(SMA,震颤相关)、中央前回皮层(自主运动控制),与PD病理机制一致。例如,海马体损伤与早期认知障碍相关,SMA活动降低与多巴胺缺乏导致的运动症状相关。
3. 临床评分关联:回归任务验证了ROIs功能与临床评分的相关性(如MDS-UPDRS3评分与运动功能ROIs显著相关),增强了模型的可信度。

结论与价值
1. 科学价值:首次将节点聚类与图结构学习结合用于PD诊断,证实了SBNs模块化特性在异常模式挖掘中的有效性。
2. 应用价值:为非侵入性早期PD诊断提供了高精度工具,临床评分与脑网络特征的联合分析为个性化治疗提供了新思路。
3. 方法论创新:提出的多任务框架和可解释性设计(如聚类参数权重分析)可扩展至其他神经退行性疾病研究。

研究亮点
1. 创新方法:基于社区聚类的图结构学习显著降低了高维噪声影响,优于传统池化方法(如SAG)。
2. 跨模态整合:首次将临床评分作为隐式监督信号引入脑网络分析,提升了模型泛化能力。
3. 可解释性突破:通过聚类参数分解提取的ROIs与已知PD病理区域高度吻合,为临床决策提供了生物学依据。

其他价值
研究开源了代码(Gitee平台),并讨论了DTI多指标(如FA、MA)融合的潜在方向,为后续研究提供了技术基础。局限性在于未涵盖多模态数据(如fMRI),未来可构建异构图网络进一步优化性能。

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