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DNAzyme介导的CRISPR/Cas系统在非核酸靶标检测中的最新进展

期刊:Microchemical JournalDOI:10.1016/j.microc.2025.114836

这篇文档属于类型b(综述论文)。以下是针对该文档的学术报告:


作者及机构
本文由Hewa Jalal Azeez(伊拉克Erbil Teaching Hospital;伊朗University of Tabriz动物生物学系)、Jabar Kamal Mirza Abdalla(伊拉克Cihan University医学分析系)、Amer Khaleel(伊拉克Hawler Medical University微生物学系)、Reza Mahmoudi Lamouki、Armin Gharibi和通讯作者Esmaeil Babaei(伊朗University of Tabriz)共同完成,发表于2025年的《Microchemical Journal》(卷216,文章编号114836)。

主题与背景
本文题为《Recent Progress in DNAzyme-Mediated CRISPR/Cas Systems for the Detection of Non-Nucleic Acid Targets》,聚焦于DNAzyme(脱氧核酶)与CRISPR/Cas系统结合在非核酸靶标(如毒素、重金属、病原菌等)检测中的最新进展。食品安全的迫切需求推动了高灵敏度检测技术的发展,而传统CRISPR/Cas系统因缺乏通用信号转导机制,在非核酸靶标检测中面临灵敏度与适应性不足的挑战。DNAzyme的催化特性与CRISPR/Cas的信号放大能力结合,为这一领域提供了创新解决方案。

主要观点与论据

  1. DNAzyme的催化多样性及其在生物传感中的作用
    DNAzyme是一类具有酶活性的单链DNA分子,其催化能力依赖于金属离子(如Mg²⁺、Pb²⁺)或特定底物。文中详细分类了四种催化活性:

    • 核酸切割与连接活性:如10-23和8-17 DNAzyme可在Mg²⁺存在下特异性切割RNA,应用于重金属离子检测(如Pb²⁺)。
    • 氧化还原活性:通过金属离子介导电子转移,催化底物氧化反应。
    • 配位化学反应:利用核苷酸链与金属离子的配位作用构建活性中心,增强催化效率。
      这些特性使DNAzyme成为信号转导的理想工具,尤其在复杂食品基质中表现出高选择性。
  2. DNAzyme与CRISPR/Cas系统的协同机制
    CRISPR/Cas系统(如Cas12a、Cas13)的trans-cleavage(反式切割)活性可非特异性切割单链DNA/RNA,实现信号放大。DNAzyme通过以下方式与CRISPR/Cas协同:

    • 靶标识别转换:将非核酸靶标(如Pb²⁺)转化为可激活CRISPR的核酸信号。例如,Pb²⁺激活DNAzyme切割底物链,释放的DNA片段触发Cas12a的trans-cleavage(反式切割),产生荧光信号(检测限低至0.48 nM)。
    • 级联信号放大:如Chen团队设计的“DNAzyme-Cas12a”体系,通过三重放大(酶水解、DNAzyme切割、CRISPR扩增)将脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)的检测限降至0.05 ng/mL。
  3. 在食品安全检测中的应用实例

    • 重金属离子检测:Wu等开发的金纳米颗粒-DNAzyme探针结合Cas12a,通过光晶体芯片实现Pb²⁺的现场检测(检测限24 pM)。
    • 霉菌毒素分析:Zhang团队利用DNAzyme驱动的DNA步行器与Cas12a联用,检测T-2毒素(检测限0.024 fg/mL),其电化学信号与毒素浓度线性相关。
    • 病原菌筛查:Wei提出的“框架核酸DNAzyme”(FNAzyme)通过点击化学反应增强Cas12a荧光检测,对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的灵敏度达18 CFU/mL。
  4. 技术挑战与未来方向
    当前局限性包括:

    • 样品预处理复杂:食品基质干扰需优化富集方法。
    • DNAzyme稳定性不足:温度与pH波动易导致催化活性丧失。
    • 灵敏度瓶颈:需结合预扩增技术(如CHA、HCR)或工程化Cas蛋白(如Cas14)以提升性能。
      未来应聚焦于多学科交叉,如开发便携式检测设备(如智能手机集成传感器)和新型DNAzyme筛选方法(如SELEX技术优化)。

论文价值与意义
本文系统梳理了DNAzyme-CRISPR/Cas技术的原理、应用与挑战,为食品安全监测提供了创新方法学支持。其科学价值在于:
1. 方法论创新:通过DNAzyme的模块化设计,拓展了CRISPR/Cas在非核酸领域的应用边界。
2. 应用潜力:案例覆盖重金属、毒素、病原菌等关键污染物,检测性能优于传统技术(如原子吸收光谱、ELISA)。
3. 跨学科启示:为分子诊断、环境监测等领域提供了可迁移的技术框架。

亮点总结
- 多信号放大策略:如三重酶级联(ALP-DNAzyme-CRISPR)和3D DNA步行器设计。
- 便携化技术:光晶体芯片与智能手机联用,推动现场检测发展。
- 逻辑门设计:Pan等利用重金属离子输入构建AND/OR逻辑门,实现多目标同步分析。


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