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基于高通量微流控富集技术的肿瘤细胞液体活检

期刊:Nature CommunicationsDOI:10.1038/s41467-024-55140-x

这篇文档属于类型a,是一篇关于利用高通量微流控技术从白细胞分离产物中富集循环肿瘤细胞(CTCs)的原创性研究。以下是详细的学术报告:


作者及发表信息

本研究由Avanish MishraShih-Bo Huang等来自哈佛医学院麻省总医院(Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School)的研究团队主导,合作机构包括Broad研究所加州大学洛杉矶分校等。研究成果发表于Nature Communications期刊(2025年,卷16,文章号32),DOI为10.1038/s41467-024-55140-x


学术背景

科学领域:本研究属于液体活检(liquid biopsy)肿瘤微流控技术交叉领域,聚焦于循环肿瘤细胞(CTCs, circulating tumor cells)的高通量富集与分子分析。

研究动机
CTCs携带肿瘤的DNA、RNA和蛋白质标志物,但因血液中含量极低(每10毫升血液仅0-10个CTCs),传统技术难以实现全面分析。此外,CTCs的异质性和表型多样性(如上皮标志物缺失的亚群)进一步增加了研究难度。

目标
开发一种名为LPCTC-iChip的高通量微流控平台,通过白细胞分离术(leukapheresis)处理大体积血液(平均5.83升/患者),实现CTCs的高效富集,并联合单细胞测序技术解析其分子特征。


研究流程与方法

1. 白细胞分离与样本制备

  • 研究对象:7名转移性癌症患者(包括前列腺癌、三阴性乳腺癌、肝细胞癌和葡萄膜黑色素瘤),通过诊断性白细胞分离术采集白细胞分离产物(leukopak),平均处理血液体积5.83升/患者。
  • 关键参数:白细胞浓度达48.7×10⁶ cells/mL(较全血高8倍),血小板浓度1.3×10⁹ cells/mL。

2. 微流控富集CTCs

  • 技术核心
    • 负向富集(negative depletion):通过靶向白细胞标志物(CD45、CD16、CD66b)的磁珠标记,结合两阶段微流控分选:
    1. 去杂质芯片(debulking chip):利用惯性流分离红细胞和血小板,去除率>99.95%。
    2. 磁透镜分选器(maglens sorter):通过高梯度磁场(15,400 T/m,较传统技术高35倍)分选CTCs,通量达30亿细胞/小时。
    • 创新设计
    • 并行化16通道去杂质芯片,解决大体积样本堵塞问题。
    • 磁透镜(magnetic lenses)增强磁场梯度,实现高灵敏度分选。

3. CTCs的单细胞分析

  • 分子检测
    • 单细胞全基因组测序(scWGS):通过MALBAC技术检测拷贝数变异(CNV),鉴定肿瘤特异性非整倍体。
    • 单细胞RNA测序(scRNA-seq):SMART-seq2方法分析转录组异质性。
  • 实验验证
    • 前列腺癌患者中,发现双阴性CTCs(DN-CTCs)(缺乏上皮标志物Epcam/PSMA但具有CNV),其转录组显示神经内分泌特征。

主要结果

1. CTCs的高效富集

  • 富集效率:平均每名患者获得10,057个CTCs(范围100–58,125),纯度达0.005%–3.3%,白细胞去除率99.96%。
  • 形态异质性:67%的CTCs与白细胞直径重叠(4–25 μm),挑战了传统“CTCs更大”的假设。

2. 单细胞分子特征

  • 前列腺癌案例
    • CNV分析:CTCs显示染色体1q、7、8扩增和1p、5、6缺失,与组织活检一致。
    • 转录组亚群
    • 簇1:FGFR信号通路激活。
    • 簇2:神经内分泌分化(高表达离子通道和神经活性配体受体基因)。
    • DN-CTCs:体积更小(与白细胞相当),且富集EMT(上皮-间质转化)标志物。

3. 全外显子测序(WES)验证

  • 突变检测:CTCs的WES检出PTEN缺失和TP53突变,等位基因频率(AF)高达61.7%,显著优于ctDNA(AF 1.9%)。

结论与价值

科学意义
1. 技术突破:LPCTC-iChip首次实现大体积血液中CTCs的高通量、无偏富集,解决了传统技术的灵敏度瓶颈。
2. 生物学发现:揭示了CTCs的形态和分子异质性,尤其是神经内分泌亚群的存在,为肿瘤耐药机制提供新见解。

应用价值
- 精准医疗:支持抗体偶联药物(ADCs)或免疫治疗的靶点筛选。
- 无创监测:通过CTCs的CNV和突变谱动态追踪肿瘤进化。


研究亮点

  1. 高通量微流控平台:磁透镜设计将分选通量提升60倍,适合临床转化。
  2. 单细胞多组学整合:首次在CTCs中联合CNV和转录组分析,解析亚克隆多样性。
  3. 神经内分泌CTCs的发现:为前列腺癌的谱系可塑性提供直接证据。

其他重要内容

  • 临床可行性:白细胞分离术耐受性良好,无不良反应报告。
  • 技术扩展性:平台可适配“正向富集”模式(如靶向Epcam),适用于不同癌种。

(报告字数:约2000字)

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