类型a

主要作者与研究机构及发表期刊信息
本研究的主要作者包括赵一格（Yige Zhao）、李勇（Yong Li）和王萍（Ping Wang），他们分别隶属于杭州第三人民医院皮肤科、上海Yeslab生物技术研究中心以及福建省级肿瘤医院等机构。该研究于2025年2月3日发表在《Frontiers in Immunology》期刊上，文章标题为“The Cancer-Associated Fibroblasts Interact with Malignant T Cells in Mycosis Fungoides and Promote the Disease Progression”。

学术背景
本研究属于免疫学和肿瘤学领域，聚焦于一种称为蕈样肉芽肿（Mycosis Fungoides, MF）的皮肤T细胞淋巴瘤（Cutaneous T-Cell Lymphoma, CTCL）。MF是CTCL最常见的亚型，其病理机制尚不完全清楚，尤其是肿瘤微环境（Tumor Microenvironment, TME）中各种细胞间的相互作用尚未明确。近年来的研究表明，肿瘤相关成纤维细胞（Cancer-Associated Fibroblasts, CAFs）在肿瘤进展中扮演重要角色，但它们在MF中的具体功能仍需进一步探索。本研究旨在通过单细胞RNA测序技术揭示恶性T细胞的起源及其表型变化，并探讨CAFs与恶性T细胞之间的相互作用，从而为MF的治疗提供新的靶点。

研究流程
本研究包括以下主要步骤：
1. 样本收集与处理：研究纳入了两名晚期MF患者（MF1和MF2）以及一名健康对照（HC）的皮肤组织样本和外周血单核细胞（PBMC）。每名患者提供了不同阶段的病变组织（斑块期、肿瘤期）以及邻近正常皮肤组织。样本经酶消化后制备成单细胞悬液，并立即送往实验室进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。
2. 单细胞RNA测序数据分析：使用10x Genomics平台进行测序，原始数据通过Cell Ranger软件进行处理，并利用Seurat R包进行质量控制和标准化分析。去除低质量细胞后，共保留42,480个单细胞用于下游分析。通过UMAP算法对细胞进行可视化聚类，并利用FindAllMarkers函数鉴定各细胞群的标记基因。
3. 拷贝数变异（CNV）分析：使用InferCNV R包计算每个细胞的CNV水平，以区分恶性T细胞和其他正常细胞。
4. 差异表达基因（DEGs）分析：利用FindMarkers函数筛选显著差异表达的基因，并通过KEGG和GO富集分析探讨这些基因的功能。
5. 伪时间轨迹分析：使用Monocle2软件追踪恶性T细胞的进化轨迹，分析其分化过程中的关键基因表达变化。
6. 细胞间通讯分析：使用CellPhoneDB工具检测恶性T细胞与CAFs之间的配体-受体（Ligand-Receptor, LR）相互作用。

主要结果
1. 恶性T细胞的起源与表型变化：研究发现，恶性T细胞起源于组织驻留记忆T细胞（Tissue-Resident Memory T Cells, TRMs）前体细胞，并表现出双重表型特征，即TRM主导型和中央记忆T细胞（Central Memory T Cells, TCMs）主导型。随着疾病从早期进展到晚期，恶性T细胞逐渐从TRM主导型转变为TCM主导型。这一转变可能解释了晚期MF中表皮趋向性减少而真皮浸润加深的现象。
2. CAFs的转录组特征：研究将成纤维细胞重新聚类为七种亚型，其中四种被定义为CAFs（CAF-SLPI、CAF-CD70、CAF-COL4A4和CAF-WNT2），三种为正常成纤维细胞（NFs）。CAFs在不同阶段表现出异质性，例如CAF-SLPI和CAF-CD70主要富集于斑块期，而CAF-COL4A4和CAF-WNT2则主要富集于肿瘤期。伪时间分析显示，CAFs沿两条分化轨迹发展，分别表现为基质CAF（Matrix CAF, MCAF）和炎症CAF（Inflammatory CAF, ICAF）表型。
3. 恶性T细胞与CAFs的相互作用：研究发现，恶性T细胞通过分泌IL-6激活CAFs，而CAFs则通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4或IL-6/HIF-1α/SOX4信号通路促进恶性T细胞的侵袭性和转移能力。SOX4被认为是这一正反馈环路的关键调控基因。此外，CellPhoneDB分析揭示了多种LR相互作用，如FGF7-FGFR1和MDK-LRP1，这些相互作用促进了CAFs的增殖和肿瘤侵袭。

结论与意义
本研究揭示了MF中恶性T细胞的起源及其表型演变轨迹，并首次系统地描述了CAFs与恶性T细胞之间的复杂相互作用。研究结果表明，SOX4可能是调控恶性T细胞与CAFs相互作用的关键基因，针对SOX4的干预可能破坏肿瘤微环境的免疫抑制状态。此外，研究还提出了FGF7-FGFR1和MDK-LRP1等潜在的治疗靶点，为MF的精准治疗提供了新思路。

研究亮点
1. 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了MF中恶性T细胞的双重表型特征及其动态变化。
2. 研究详细刻画了CAFs在MF不同阶段的异质性及其功能分化轨迹。
3. 首次提出SOX4作为恶性T细胞与CAFs正反馈环路的关键调控基因，并阐明了其分子机制。
4. 利用CellPhoneDB工具系统分析了恶性T细胞与CAFs之间的LR相互作用，为未来研究提供了方法学参考。

其他有价值内容
研究还强调了肿瘤微环境中非免疫细胞（如成纤维细胞）的重要性，指出CAFs不仅通过分泌细胞外基质（Extracellular Matrix, ECM）蛋白重塑肿瘤微环境，还通过调节代谢竞争抑制抗肿瘤免疫反应。此外，研究团队开发了一套基于单细胞测序数据的分析流程，为类似研究提供了技术框架。