该文档属于类型a，即报告了一项原创性研究。以下是针对该研究的学术报告内容：

系统性硬化症与动脉粥样硬化的共同基因及免疫浸润特征研究

第一作者及机构

本研究由Yanqing Pan（徐州医科大学附属医院心血管内科）与Binbing Shi（徐州医科大学附属医院全科医学科）共同第一作者完成，通讯作者为Hong Zhu与Defeng Pan。论文发表于Clinical Rheumatology期刊，于2025年5月2日在线发布，DOI编号10.1007/s10067-025-07479-9。

学术背景

研究领域：本研究横跨自身免疫病（系统性硬化症，Systemic Sclerosis, SSc）与心血管疾病（动脉粥样硬化，Atherosclerosis, AS）的交叉领域，聚焦于两种疾病的共同分子机制。

研究动机：
1. 临床关联性：流行病学数据显示，SSc患者发生AS的风险显著高于普通人群（如心肌梗死风险增加2倍，外周动脉疾病风险增加4-5倍），但传统风险因素（如高血压、高血脂）无法完全解释这一现象。
2. 分子机制空白：尽管SSc与AS均涉及慢性炎症、内皮功能障碍和免疫失调，但两者共享的具体分子通路尚未明确。

研究目标：
- 通过生物信息学方法筛选SSc与AS的共同差异表达基因（Differentially Expressed Genes, DEGs）。
- 揭示共同基因的免疫浸润特征及调控网络，为两种疾病的关联机制提供分子层面证据。

研究流程与方法

研究分为六个核心步骤，整合多组学数据与算法分析：

1. 数据获取与预处理
- 数据来源：从NCBI GEO数据库获取4个数据集（GSE125362、GSE95065为SSc皮肤活检数据；GSE100927、GSE28829为AS动脉组织数据）。
- 样本量：SSc组26例（病变皮肤）vs. 对照组19例（健康皮肤）；AS组85例（病变动脉）vs. 对照组48例（正常动脉）。
- 差异基因筛选：使用R语言limma包，阈值设定为调整后p值<0.05且|log2FC|>0.5。

2. 共同DEGs鉴定与功能富集
- 结果：鉴定出104个共同DEGs（99个上调，5个下调）。
- 功能分析：通过DAVID数据库进行GO（Gene Ontology）与KEGG通路分析。
- 生物学过程：富集于炎症反应、免疫应答、趋化因子信号通路。
- 分子功能：涉及C-C趋化因子受体活性（如CCR5）。
- 通路：脂质代谢、类风湿关节炎通路显著关联。

3. 蛋白质互作网络（PPI）与枢纽基因筛选
- 方法：使用STRING数据库（交互评分>0.4）构建PPI网络，Cytoscape软件可视化，CytoHubba插件通过5种算法（Degree、EPC、MCC等）筛选枢纽基因。
- 结果：7个候选枢纽基因（ITGB2、CD163、CCR5等），其中ITGB2、CD163、CCR5在独立验证数据集（GSE95065、GSE28829）中表达一致性最高。

4. 调控网络构建
- 转录因子（TF）-mRNA-miRNA网络：通过TRRUST和miRNET数据库预测，发现12个TF（如NF-κB）和164个miRNA可能调控枢纽基因。

5. 免疫浸润分析
- 方法：CIBERSORT算法量化22种免疫细胞比例。
- 结果：
- SSc：M2巨噬细胞和初始CD4+ T细胞浸润增加。
- AS：M0巨噬细胞、活化肥大细胞富集。
- 相关性：ITGB2与CCR5负相关于M1巨噬细胞，CD163正相关于M2巨噬细胞。

6. 实验验证
- 外部数据集验证：枢纽基因在独立队列中均显著上调（p<0.05），支持其作为生物标志物的潜力。

主要结果

1. 共同基因特征：104个DEGs中，炎症相关通路（如TLR信号通路）占主导，提示免疫失调是SSc与AS的共同驱动力。
   
2. 枢纽基因功能：
   
   • ITGB2（整合素β2）：促进白细胞黏附与内皮损伤，关联两种疾病的血管病理。
     
   • CD163：M2巨噬细胞标志物，在SSc中驱动纤维化，在AS中促进斑块内内皮-间质转化（EndMT）。
     
   • CCR5：趋化因子受体，调控血管平滑肌细胞迁移与炎症放大。
     
3. 免疫微环境：巨噬细胞与T细胞亚群失衡是两种疾病的共同特征。
   

结论与价值

科学意义：
- 首次系统性揭示SSc与AS共享的分子机制，提出ITGB2、CD163、CCR5可作为跨疾病诊断标志物。
- 为“自身免疫病加速动脉粥样硬化”的假说提供基因与免疫学证据。

应用价值：
- 临床转化：靶向枢纽基因（如CCR5抑制剂）可能同时干预SSc的纤维化与AS的斑块形成。
- 风险预测：免疫浸润特征（如M2巨噬细胞比例）或可优化SSc患者的心血管风险评估模型。

研究亮点

1. 多组学整合：结合转录组、PPI网络、免疫浸润分析，全面解析疾病关联性。
   
2. 方法创新：首次应用CytoHubba多算法交叉验证枢纽基因，提升结果可靠性。
   
3. 临床相关性：明确SSc患者需加强心血管监测，并提出潜在干预靶点。
   

其他有价值内容

• 局限性：未纳入治疗药物干扰分析，未来需实验验证基因功能。
  
• 延伸方向：探索枢纽基因是否适用于其他自身免疫病（如类风湿关节炎）合并AS的机制研究。
  

（报告总字数：约1500字）