这篇文档属于类型c（其他类型文档），其核心内容是一份关于使用Skyline软件进行靶向脂质组学数据分析的实践教程。以下为结构化总结：

文档框架与核心内容

1. 研究背景与数据来源

• 数据来源：基于Lange, M.等人在《Cell Reports Medicine》发表的AdipoAtlas研究（2021），该研究通过非靶向与靶向质谱联用策略构建了人类白色脂肪组织（white adipose tissue, WAT）的参考脂质组学数据库。数据公开于MassIVE平台（编号MSV000086729），包含瘦型与肥胖人群的皮下（SAT）和内脏（VAT）脂肪组织样本。
• 技术方法：采用平行反应监测（PRM, Parallel Reaction Monitoring）技术，在Q Exactive Plus质谱仪上获取胆固醇酯（Cholesteryl Esters, CEs）的靶向数据。

2. 教程目标

指导用户通过以下步骤完成CEs的靶向分析： 1. 使用LipidCreator（版本1.2.1）生成PRM过渡离子列表（transition list）。 2. 在Skyline中分析PRM数据，实现CEs的相对定量，比较瘦型与肥胖人群的CE丰度差异。

3. 实验设计关键点

• 样本处理：从50 mg SAT/VAT组织中提取脂质，经C30反相色谱柱分离，以Q Exactive Plus质谱仪检测。样本预处理时加入含氘代CE 18:2 (d7)的Splash® Lipidomix®标准品作为内标。
• 脂质鉴定：结合软件自动注释与人工校对（基于DDA模式的MS2谱图），优先通过PRM方法定量CEs（以氨加合离子[M+NH4]+形式检测）。

4. 操作流程详解

（1）Skyline环境配置

• 分子设置：启用“heavy”标签以区分氘代内标。
• 过渡离子设置：
  • 前体离子（precursor）选择[M+NH4]+，产物离子（fragment）包括[M+]和[M+H]。
  • 仪器参数：m/z范围200-1500，PRM模式，Orbitrap分辨率17,500 @ m/z 200。

（2）LipidCreator生成过渡离子列表

• 氘代内标添加：在LipidCreator中选择“sterol lipids”类别，定义CE 18:1 (d7)的脂肪酸链（7个氘原子），生成前体离子m/z及保留时间（RT）。
• 非标记CEs添加：批量导入CE 18:1、CE 18:2等目标脂质，手动补充RT数据（如CE 18:2 RT=23.00 min）。

（3）数据导入与验证

• Skyline数据加载：将过渡离子列表（Excel格式）与18个PRM原始文件导入，通过提取离子色谱图（EIC）验证峰积分。
• 质量控制：
  • 保留时间一致性：氘代CE 18:1与内源性CE 18:1的RT需高度匹配。
  • 双键数影响：同碳数CEs（如CE 22:⁴⁄₂₂:⁵⁄₂₂:6）的RT随双键数增加而提前。

4）相对定量与统计分析

• 内标归一化：将氘代CE 18:1设为“全局标准”（global standard），计算各CE峰面积与内标的比值。
• 分组比较：按样本类型（SAT/VAT）和表型（瘦型/肥胖）分组，通过Skyline的“peak area-replicate comparison”视图可视化组间差异。

5. 数据导出与扩展应用

• 报告生成：自定义导出包含RT、峰面积、内标比值等参数的矩阵，支持后续统计分析（如组织重量归一化）。
• 局限性：教程仅提供相对定量结果，绝对定量需结合内标浓度与组织蛋白含量校正。

6. 技术亮点

• 工具整合：LipidCreator与Skyline无缝协作，快速生成复杂脂质的PRM过渡列表。
• 方法普适性：流程可扩展至其他脂质类别，适用于低丰度脂质的高灵敏度靶向分析。
• 数据可重复性：通过RT一致性检查与手动峰积分调整，确保定量可靠性。

7. 应用价值

• 研究支持：为脂肪组织脂质代谢研究提供标准化分析流程。
• 技术推广：降低PRM数据处理的入门门槛，促进靶向脂质组学的广泛应用。

总结

本文档是一份技术导向的操作指南，重点在于通过实际案例演示Skyline在靶向脂质组学中的分析方法，强调从过渡列表设计到定量验证的全流程标准化。其核心价值在于将复杂质谱数据的处理步骤模块化，为脂质研究者提供可复用的分析框架。