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整合素促进的双特异性适体嵌合体用于膜蛋白降解的开发

期刊:Journal of the American Chemical SocietyDOI:10.1021/jacs.4c04794

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一、作者与发表信息
本研究由Weidi SunHui Zhang(共同第一作者)等合作完成,通讯作者为Fengli Qu(浙江大学医学院附属肿瘤医院、中国科学院杭州医学研究所)和Weihong Tan(湖南大学、上海交通大学医学院分子医学研究院)。研究发表于Journal of the American Chemical Society (J. Am. Chem. Soc.),2024年9月3日在线发表,卷146,页码25490–25500。


二、学术背景
研究领域:本研究属于化学生物学与肿瘤治疗交叉领域,聚焦于膜蛋白靶向降解技术。
研究动机
1. 科学问题:溶酶体靶向嵌合体(Lysosome-Targeting Chimeras, LYTACs)可通过溶酶体途径降解膜蛋白,但现有LYTACs依赖的溶酶体靶向受体(LTRs)在不同细胞系中表达水平差异大,限制了其广泛应用。
2. 背景知识
- 膜蛋白(如CD71、PTK7)在肿瘤发生中过度表达,是重要治疗靶点。
- 传统蛋白降解技术(如PROTACs)仅适用于胞内蛋白,无法靶向膜蛋白。
- 整合素α3β1(Integrin α3β1, ITGA3B1)在多种肿瘤中高表达,且具有内化至溶酶体的特性。
研究目标:开发基于ITGA3B1的新型双特异性适配体嵌合体(ITGBACs),实现广谱膜蛋白降解。


三、研究流程与方法
1. ITGA3B1的鉴定与验证
- 研究对象:前列腺癌细胞DU145(ITGA3B1高表达)。
- 方法
- 通过亲和纯化与质谱分析,鉴定适配体DML-7的结合靶点为ITGA3B1(图1a-b)。
- siRNA敲低实验证实DML-7的结合依赖ITGA3B1(图1c-d)。
- 免疫荧光共定位显示DML-7与ITGA3B1在细胞膜上共分布(图1e)。

2. ITGBACs的设计与合成
- 设计原理
- ITGBACs由两部分组成:靶向ITGA3B1的适配体DML-7(带连接子和5’磷酸化)与靶向目标膜蛋白(如CD71或PTK7)的适配体(如XQ-2D或SGC8)。
- 通过T4 DNA连接酶连接,形成双特异性嵌合体(图2c)。
- 优化环节:测试不同连接子长度(13/20/30 bp),发现13 bp连接子的嵌合体(DML-XQ-13)结合与降解效率最优(图2d-g)。

3. 膜蛋白降解机制验证
- 实验设计
- 浓度梯度实验:DML-XQ-13处理DU145和A549细胞,Western blot显示CD71水平呈浓度和时间依赖性下降(图3a-b)。
- 抑制剂实验:溶酶体抑制剂Bafilomycin A1可阻断降解,而蛋白酶体抑制剂MG132无影响,证实依赖溶酶体途径(图3c)。
- 特异性验证:仅双特异性嵌合体(非单适配体或混合适配体)能有效降解CD71(图3d-e)。

4. 功能与机制研究
- 转录组分析:RNA-seq显示CD71降解后,凋亡相关基因(如WIF1上调、AVEN下调)显著变化(图4a-c)。
- 表型分析
- 细胞凋亡:流式细胞术显示DML-XQ-13组凋亡率显著升高(图4e)。
- 细胞周期:S期阻滞,伴随CDK2/CDK4下调(图4f-g)。

5. 体内抗肿瘤效果
- 动物模型:DU145荷瘤小鼠模型。
- 治疗方案:尾静脉或瘤内注射DML-XQ-13(2 nmol/次,间隔2天,共5次)。
- 结果
- 肿瘤体积和重量显著减小(图5c-e)。
- 免疫组化证实肿瘤组织中CD71水平下降,增殖标志物Ki-67减少(图5g-h)。


四、主要结果与逻辑关联
1. 靶标鉴定:ITGA3B1作为DML-7的结合受体,为后续嵌合体设计奠定基础(图1)。
2. 平台构建:ITGBACs通过“双适配体-溶酶体”途径实现膜蛋白降解,且13 bp连接子效率最优(图2)。
3. 机制解析:降解依赖溶酶体途径,且需双适配体协同作用(图3)。
4. 功能验证:CD71降解诱导凋亡与周期阻滞,转录组数据提供分子机制支持(图4)。
5. 动物实验:体内有效性验证了ITGBACs的治疗潜力(图5)。


五、结论与价值
1. 科学价值
- 提出首个基于整合素受体的膜蛋白降解平台(ITGBACs),突破了LYTACs依赖单一LTR的局限性。
- 揭示了ITGA3B1作为新型LTR的溶酶体靶向潜力。
2. 应用价值
- 可扩展至其他膜蛋白(如PTK7,图6),为肿瘤治疗提供通用性工具。
- 适配体易于通过细胞-SELEX技术筛选,具有临床转化潜力。


六、研究亮点
1. 创新性方法:首次将ITGA3B1与适配体技术结合,开发可编程的膜蛋白降解平台。
2. 技术优势
- 连接子长度优化(13 bp)显著提升降解效率。
- 双适配体设计确保靶向特异性。
3. 跨学科意义:整合了化学合成(DNA嵌合体)、分子生物学(蛋白降解)和肿瘤学(体内模型)。


七、其他价值
- 安全性:ITGBACs在体内未引起主要器官毒性(图5f)。
- 扩展性:研究验证了PTK7的降解(图6),表明平台可适配不同膜蛋白靶点。


(总字数:约1800字)

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