这篇文档属于类型a，即报告了一项原创性研究。以下是针对该研究的学术报告：

主要作者及研究机构

本研究由Jong-Sun Lee、Tu Dan、He Zhang、Yujing Cheng、Frederick Rehfeld、James Brugarolas和Joshua T. Mendell等人共同完成。研究团队来自美国德克萨斯大学西南医学中心（University of Texas Southwestern Medical Center）的多个部门，包括分子生物学系、放射肿瘤学系、定量生物医学研究中心等。该研究于2025年4月17日发表在《Molecular Cell》期刊上。

学术背景

本研究的主要科学领域是非编码RNA（lncRNA）在癌症中的作用，特别是其在核糖体生物合成和细胞增殖中的功能。癌症细胞通常通过增强核糖体的生产来支持其快速生长。尽管小核仁RNA（snoRNA）在核糖体生物合成中起关键作用，但其他非编码RNA在这一过程中的作用尚不明确。本研究旨在通过CRISPR干扰（CRISPRi）筛选，识别在肾细胞癌（RCC）中起关键作用的长链非编码RNA（lncRNA），并揭示其作用机制。

研究流程

研究流程包括以下几个主要步骤：

1. CRISPRi筛选：研究团队首先在多个RCC细胞系（786-O、A-498和ACHN）中进行了CRISPRi筛选，以确定哪些lncRNA对RCC细胞的增殖和存活至关重要。他们构建了一个靶向753个候选lncRNA的单向导RNA（sgRNA）文库，并使用nuclease-deficient Cas9（dCas9-KRAB）进行基因敲低。通过高通量测序和MAGeCK分析，筛选出在多个RCC细胞系中均被显著耗竭的lncRNA。

2. 功能验证：研究发现，lncRNA CRNDE在RCC细胞中高表达，并且其敲低显著抑制了RCC细胞的增殖。通过荧光显微镜和RT-qPCR等实验，进一步验证了CRNDE在RCC细胞中的功能。

3. 亚细胞定位：研究团队通过细胞分馏和RNA荧光原位杂交（FISH）实验，发现CRNDE的一个特定异构体（CRNDEuce）主要定位于核仁，并参与了60S核糖体亚基的生物合成。

4. 相互作用分析：通过RNA反义纯化和质谱分析（RAP-MS），研究团队发现CRNDEuce与真核起始因子6（eIF6）直接相互作用。进一步的实验表明，CRNDEuce通过与32S前体rRNA（pre-rRNA）碱基配对，促进了eIF6在pre-60S亚基上的加载。

5. 机制研究：研究团队通过电泳迁移实验（EMSA）和免疫共沉淀（Co-IP）等实验，进一步阐明了CRNDEuce与eIF6的相互作用机制，并验证了CRNDEuce在60S核糖体亚基生物合成中的关键作用。

主要结果

1. CRISPRi筛选结果：筛选发现，CRNDE在多个RCC细胞系中均被显著耗竭，表明其在RCC细胞增殖中起关键作用。

2. 功能验证结果：CRNDE的敲低显著抑制了RCC细胞的增殖，并减少了DNA复制。此外，CRNDEuce在核仁中的定位进一步支持了其在核糖体生物合成中的作用。

3. 相互作用分析结果：RAP-MS和Co-IP实验表明，CRNDEuce与eIF6直接相互作用，并通过与32S pre-rRNA碱基配对，促进了eIF6在pre-60S亚基上的加载。

4. 机制研究结果：EMSA和Co-IP实验进一步验证了CRNDEuce与eIF6的相互作用机制，并揭示了CRNDEuce在60S核糖体亚基生物合成中的关键作用。

结论

本研究发现，lncRNA CRNDE通过其超保守元件（UCE）在肾细胞癌中促进了核糖体生物合成和细胞增殖。CRNDEuce通过与32S pre-rRNA碱基配对，并招募eIF6，揭示了RNA引导的核糖体生产机制。这一发现不仅扩展了非编码RNA在核糖体生物合成中的已知机制，还为癌症治疗提供了新的潜在靶点。

研究亮点

1. 重要发现：CRNDEuce通过与32S pre-rRNA碱基配对，并招募eIF6，揭示了RNA引导的核糖体生产机制。
2. 方法创新：研究团队开发了基于CRISPRi的高通量筛选方法，并结合RAP-MS和EMSA等先进技术，深入研究了CRNDEuce的功能和机制。
3. 研究对象的特殊性：本研究聚焦于肾细胞癌中的lncRNA，揭示了其在癌症细胞增殖中的关键作用。

其他有价值的内容

研究团队还探讨了CRNDEuce在其他癌症类型中的潜在作用，并提出了其在癌症治疗中的应用前景。此外，研究团队还分析了CRNDEuce在核糖体生物合成中的具体作用机制，为进一步研究提供了重要的理论基础。