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BCN20000:皮肤病学人工智能研究中的皮肤镜图像数据集

期刊:Scientific DataDOI:10.1038/s41597-024-03387-w

这篇文档属于类型a,即报告了一项原创性研究。以下是针对该研究的学术报告:

主要作者及机构
本研究由carlos hernández-pérez、marc combalia、sebastian podlipnik、noel c. f. codella、veronica rotemberg、allan c. halpern、ofer reiter、cristina carrera、alicia barreiro、brian helba、susana puig、veronica vilaplana和josep malvehy等作者共同完成。研究团队来自多个机构,包括universitat politècnica de catalunya、hospital clinic barcelona、ibm research ai、memorial sloan kettering cancer center和kitware等。该研究于2024年发表在期刊《scientific data》上。

学术背景
皮肤癌是最常见的癌症类型之一,尤其是黑色素瘤(melanoma),尽管其发病率并非最高,但占皮肤癌死亡病例的75%。皮肤癌的诊断主要依赖于皮肤镜检查(dermoscopy),这是一种利用放大镜和偏振光深入皮肤层以增强病变结构可视化的技术。然而,现有的皮肤镜图像数据集往往缺乏多样性,无法完全反映临床实践中的复杂情况。为此,本研究旨在通过构建一个高质量、多样化的皮肤镜图像数据集(bcn20000),推动皮肤癌人工智能诊断模型的发展。该数据集涵盖了2010年至2016年间在西班牙巴塞罗那医院收集的18,946张皮肤镜图像,包括难以诊断的病变(如指甲和黏膜病变)、无法完全纳入设备视野的大型病变以及低色素病变。

研究流程
研究分为以下几个主要步骤:
1. 数据集构建
- 从2010年至2016年,研究团队在巴塞罗那医院皮肤科收集了94,302张图像,包括临床照片、特写照片和皮肤镜图像。
- 使用基于efficientnetb0架构的卷积神经网络(convolutional neural network, CNN)对图像进行分类,将图像分为标签图像(sticker)、临床图像、特写图像和皮肤镜图像四类。该分类器在500张验证集图像上达到了98.9%的平衡准确率。
- 通过yolov3架构自动检测标签图像中的患者信息,并使用tesseract ocr提取患者姓名和唯一标识符。
- 将图像与患者的诊断报告关联,确保每个皮肤镜图像都有对应的诊断类别。

  1. 数据集划分

    • 数据集被划分为训练集(12,413张图像)和测试集(6,533张图像)。测试集中包含一个额外的“未知”类别(out-of-distribution, OOD),用于模拟临床实践中无法明确分类的病变。
  2. 基线模型训练

    • 研究团队开发并评估了六种基于resnet和efficientnet架构的卷积神经网络模型,作为未来研究的基线。这些模型在训练过程中使用了数据增强技术,包括随机裁剪、颜色变换和水平/垂直翻转等。
    • 为了减少图像中黑色背景对模型的干扰,研究团队开发了一种裁剪算法,通过检测感兴趣区域(region of interest, ROI)来去除黑色背景。
  3. 技术验证

    • 所有黑色素瘤诊断均通过组织病理学检查确认,其他恶性皮肤肿瘤也通过组织学或临床诊断确认。
    • 部分病变通过反射共聚焦显微镜(reflectance confocal microscopy, RCM)或数字皮肤镜随访进行诊断。

主要结果
1. 数据集多样性
- bcn20000数据集涵盖了八种主要诊断类别,包括痣(nevus)、黑色素瘤(melanoma)、基底细胞癌(basal cell carcinoma, BCC)、脂溢性角化病(seborrheic keratosis)、光化性角化病(actinic keratosis)、鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma, SCC)、皮肤纤维瘤(dermatofibroma)和血管病变(vascular lesion)。
- 测试集中的“未知”类别进一步增强了数据集的临床实用性。

  1. 基线模型性能

    • 在裁剪后的数据集上,efficientnet-b2模型表现最佳,平衡准确率达到0.461。与未裁剪的数据集相比,裁剪后的数据集使所有模型的平均平衡准确率提高了2.5%。
  2. 技术验证结果

    • 所有黑色素瘤诊断均通过组织病理学检查确认,确保了诊断的准确性。
    • 反射共聚焦显微镜和数字皮肤镜随访为非黑色素瘤皮肤病变的诊断提供了可靠的依据。

结论与意义
bcn20000数据集为皮肤癌人工智能诊断模型的训练提供了一个高质量、多样化的资源。其涵盖了临床实践中常见的复杂病变,弥补了现有数据集的不足。研究团队开发的基线模型为未来的研究提供了起点,裁剪算法的应用进一步提高了模型的性能。该研究不仅具有重要的科学价值,还为临床皮肤癌诊断提供了实际应用支持。

研究亮点
1. 数据集多样性:bcn20000数据集涵盖了多种难以诊断的病变,如指甲和黏膜病变、大型病变和低色素病变,充分反映了临床实践的复杂性。
2. 基线模型开发:研究团队开发并评估了六种基于resnet和efficientnet架构的卷积神经网络模型,为未来研究提供了可靠的基线。
3. 裁剪算法创新:研究团队开发的裁剪算法有效减少了图像中黑色背景对模型的干扰,提高了模型的性能。
4. 技术验证严谨性:所有黑色素瘤诊断均通过组织病理学检查确认,确保了数据集的高质量。

其他有价值的内容
研究团队还提供了数据集的详细元数据,包括患者年龄、性别、病变解剖位置和捕获日期等信息,为研究者提供了丰富的背景信息。此外,所有代码和数据集均以开源形式发布,便于其他研究者进一步实验和验证。

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