这篇文档属于类型a，是一篇关于结直肠癌免疫治疗反应机制的原创性研究。以下是详细的学术报告内容：

主要作者及机构
本研究由Amelia Acha-Sagredo、Pietro Andrei、Kalum Clayton等来自英国弗朗西斯·克里克研究所（Francis Crick Institute）、伦敦玛丽女王大学（Queen Mary University of London）、意大利比萨大学（University of Pisa）等多家机构的科研团队合作完成，通讯作者为Francesca D. Ciccarelli。研究于2025年2月10日发表在Cancer Cell（第43卷，292-307页），标题为《A Constitutive Interferon-High Immunophenotype Defines Response to Immunotherapy in Colorectal Cancer》。

学术背景
结直肠癌（CRC）是全球高发恶性肿瘤，其中错配修复缺陷型（dMMR）患者对免疫检查点抑制剂（ICI，immune checkpoint inhibition）的响应率不足50%，而错配修复正常型（pMMR）患者则普遍对ICI无响应。目前，肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）是预测ICI疗效的主要标志物，但二者均无法完全解释治疗反应的异质性。因此，本研究旨在探索肿瘤微环境（TIME，tumor immune microenvironment）中决定ICI响应的关键免疫特征，并寻找可应用于临床的预测标志物。

研究团队假设，干扰素（IFN）信号通路激活的免疫表型可能与ICI疗效相关。此前研究发现，dMMR肿瘤中细胞毒性T细胞和抗原呈递巨噬细胞（TAMs，tumor-associated macrophages）的富集可能促进免疫反应，但其具体机制尚不明确。本研究的目标是通过多组学分析，揭示TIME的组成特征，并开发一种基于单一蛋白标志物的临床检测方法。

研究流程
1. 样本收集与分子分型
- 研究对象：59例结直肠癌患者（28例dMMR，30例pMMR）的肿瘤组织，包括原发灶和转移灶。
- 实验方法：
- 通过靶向测序检测高频突变基因（如KRAS、TP53）和TMB。
- 激光捕获显微切割（LCM）分离肿瘤上皮（TE）和肿瘤间质（TS），进行转录组测序。
- 使用单样本基因集富集分析（ssGSEA）评估29个肿瘤内在和免疫相关通路的活性。

1. 免疫表型分层

   • 基于7个特征基因（NK细胞、细胞毒性淋巴细胞、CXCL10+ TAMs、IFN反应等）将肿瘤分为“IFN-high”和“IFN-low”免疫表型（IP）。
     
   • 验证方法：在外部数据集（如TCGA）中重复聚类分析，并与已知的CMS（Consensus Molecular Subtypes）分类对比。
     

2. 空间转录组与单细胞分析

   • 使用CosMx空间转录组技术分析4例代表性肿瘤（2例dMMR，2例pMMR），定位T细胞与TAMs的空间邻近关系。
     
   • 发现T细胞邻近的TAMs和肿瘤细胞中抗原呈递相关基因（如CD74、CXCL9）显著上调。
     

3. 体外共培养实验

   • 将CRC细胞系（HCT116和Caco2）与活化CD8+ T细胞共培养，验证IFN-γ诱导的CD74表达机制。
     
   • 通过IFN-γ中和抗体实验证实CD74上调的依赖性。
     

4. 临床验证

   • 在22例接受ICI治疗的dMMR患者中，通过免疫组化（IHC）量化CD74蛋白表达（采用“基质比例评分”，SPS）。
     
   • 在独立队列（GONO和ATEZOTRIBE试验）中验证CD74 SPS对pMMR患者无进展生存期（PFS）的预测价值。
     

主要结果
1. 免疫表型与ICI响应
- IFN-high IP肿瘤（占dMMR的60%和pMMR的20%）表现出更高的细胞毒性淋巴细胞浸润和IFN-γ信号激活。
- 在dMMR患者中，IFN-high IP与ICI响应率显著相关（p < 0.01），且不受TMB或MSI状态影响。

1. CD74的核心作用

   • 空间转录组显示，T细胞通过IFN-γ诱导邻近细胞高表达CD74（MHC II类分子伴侣）。
     
   • 体外实验证实，CD8+ T细胞通过IFN-γ直接上调肿瘤细胞CD74表达（HCT116中表达增加3倍）。
     

2. 临床标志物开发

   • CD74 SPS >18%可显著区分dMMR患者中的ICI响应者（AUC = 0.89）。
     
   • 在pMMR患者中，高CD74 SPS与更长的PFS相关（中位PFS：26.4 vs. 15.0个月，p = 0.03）。
     

结论与价值
1. 科学意义
- 首次提出“IFN-high IP”是跨dMMR/pMMR亚型的通用ICI响应标志，突破了传统TMB/MSI的局限性。
- 揭示了CD74作为TIME中T细胞-肿瘤细胞互作的关键介质，为免疫治疗耐药机制提供了新见解。

1. 临床应用
   
   • CD74 IHC检测可低成本、标准化地筛选ICI潜在获益患者，尤其为pMMR患者提供了治疗机会。
     
   • 研究结果支持在临床试验中联合CD74与现有生物标志物（如PD-L1）以提高预测准确性。
     

研究亮点
1. 方法创新
- 整合LCM转录组、空间单细胞技术和功能性共培养实验，多维度解析TIME异质性。
- 开发CD74 SPS评分系统，简化临床转化流程。

1. 重要发现
   
   • 约20%的pMMR肿瘤具有与dMMR相似的IFN-high IP，挑战了当前ICI适应症标准。
     
   • CD74的预测价值独立于肝转移等不良预后因素，具有更强的鲁棒性。
     

其他价值
研究数据已公开（Zenodo: 10927005），代码可共享，为后续研究提供了资源。团队计划开展前瞻性试验验证CD74在泛癌种中的预测价值。