Deep scSTAR : Exploiter l'apprentissage profond pour l'extraction et l'amélioration des caractéristiques associées au phénotype à partir du séquençage d'ARN unicellulaire et des données de transcriptomique spatiale

Ces dernières années, des technologies de pointe telles que le séquençage unicellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) et la transcriptomique spatiale (spatial transcriptomics, ST) ont profondément stimulé le développement des sciences de la vie et de la médecine clinique. Elles ont révélé l’hétérogénéité cellulaire et ont offert de nouvel...

Les neutrophiles interagissent physiquement avec les cellules tumorales pour former une niche de signalisation favorisant l'agressivité du cancer du sein

Contexte académique Le cancer du sein est l’une des tumeurs malignes les plus courantes chez les femmes dans le monde, et son mécanisme de pathogenèse est complexe, impliquant des interactions entre divers types de cellules et voies de signalisation. Ces dernières années, le rôle du microenvironnement tumoral (TME) dans la progression du cancer a p...

Apprentissage par cartographie contrastive pour la reconstruction spatiale des données de séquençage d'ARN unicellulaire

La technologie de séquençage d’ARN monocellulaire (scRNA-seq) permet une analyse transcriptomique à haut débit à la résolution d’une seule cellule, ce qui a considérablement fait progresser la recherche en biologie cellulaire. Cependant, une limitation notable de la technologie scRNA-seq est qu’elle nécessite la dissociation des tissus, ce qui entr...

ACImpute : Une approche de lissage basée sur la contrainte pour l'imputation des données de séquençage d'ARN unicellulaire

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a récemment été largement utilisé dans les recherches biologiques et médicales, permettant de révéler les informations transcriptomiques des cellules individuelles, aidant ainsi les scientifiques à mieux comprendre l’hétérogénéité et la complexité cellulaires. Cependant, ...

Séquençage d'ARN unicellulaire du sang périphérique lie la régulation spécifique du type cellulaire de l'épissage aux maladies auto-immunes et inflammatoires

Le séquençage ARN à cellule unique révèle la régulation spécifique des types cellulaires dans le sang périphérique et ses liens avec les maladies auto-immunes et inflammatoires Introduction Ces dernières années, les avancées de la recherche en génomique ont permis une compréhension plus approfondie des bases génétiques des traits complexes. Cependa...