Un profilage protéomique plasmatique à grande échelle révèle des biomarqueurs diagnostiques et des voies pour la maladie d'Alzheimer

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Analyses médicales, Gériatrie, Neurologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génétique,
Maladie d'Alzheimer   protéomique   biomarqueurs   protéines plasmatiques   diagnostic de maladie   analyse de voies  

I. Contexte de la recherche et importance académique La maladie d’Alzheimer (Alzheimer’s disease, AD) est le type de démence le plus fréquent chez les personnes âgées dans le monde, représentant environ 60% à 80% de tous les cas de démence. Sa principale population touchée est constituée de personnes de plus de 65 ans, avec comme caractéristiques p...

Prédiction générative des ensembles de gènes causaux responsables des traits complexes

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génie biologique, Génétique,
réseaux de régulation génétique   traits complexes   apprentissage profond génératif   autoencodeur variationnel   ensembles de gènes causaux   variation phénotypique   maladies polygéniques  

Prédiction générative des ensembles de gènes causaux responsables de traits complexes : Décryptage d’une nouvelle méthode phare dans PNAS I. Contexte académique et motivation de la recherche L’impasse des traits complexes La relation entre génotype et phénotype demeure l’une des questions fondamentales en biologie et en génétique. Ce problème est p...

Modélisation inter-espèces des génomes végétaux à la résolution d'un nucléotide à l'aide d'un modèle linguistique ADN pré-entraîné

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Génétique, Botanique,
génomique des plantes   apprentissage profond   modèle linguistique ADN   prédiction inter-espèces   mutation délétère   annotation génétique   angiosperme  

Jalons de la modélisation inter-espèces des génomes végétaux : Création et applications révolutionnaires du modèle de langage ADN PlantCaduceus I. Contexte académique et motivations de la recherche Au cours des vingt dernières années, la progression fulgurante des technologies de séquençage à haut débit a permis la publication de plus de 1000 génom...

Appariement de modèles amortis des conformations moléculaires à partir d’images de cryomicroscopie électronique à l’aide de l’inférence basée sur la simulation

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Imagerie médicale, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Biophysique,
Cryo-microscopie électronique   biophysique   inférence bayésienne   modélisation moléculaire   appariement de modèles   apprentissage profond   biologie structurale  

Accélérer l’identification structurale monosubmoléculaire grâce à l’inférence par simulation — Reportage scientifique sur l’article « Amortized template matching of molecular conformations from cryoelectron microscopy images using simulation-based inference » Contexte scientifique et importance Dans les domaines de la biologie moléculaire et de la ...

Entraînement et évaluation sensibles aux biais des algorithmes de prédiction de liens en biologie des réseaux

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génie biologique, Génétique,
prédiction de liens   biologie des réseaux   biais   interaction protéine-protéine   apprentissage sur graphes   évaluation d’algorithmes  

Révéler le biais des “nœuds riches” dans les algorithmes de prédiction de liens et ses nouvelles stratégies d’atténuation —— Décryptage de “Bias-aware Training and Evaluation of Link Prediction Algorithms in Network Biology” I. Contexte académique et origine de la recherche Au cours des dix dernières années, la biologie des réseaux (network biology...

La division persistante des pseudopodes est une stratégie de chimiotaxie efficace dans les gradients peu profonds

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Immunologie, Biophysique,
chimiotaxie   pseudopodes   apprentissage par renforcement   intelligence mécanique   gradients peu profonds  

Contexte académique La chimiotaxie (chemotaxis) est un comportement clé permettant aux cellules ou microorganismes de se déplacer le long de gradients chimiques, jouant un rôle essentiel dans des processus physiologiques tels que les réponses immunitaires, la cicatrisation des plaies et les infections pathogènes. Cependant, la manière dont les cell...

Pavé la voie pour le toucher social à distance : Sonification des interactions tactiles et de leurs émotions sous-jacentes

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Psychologie clinique, Sciences de la vie, Génie biologique,
toucher social   sonification   reconnaissance des émotions   interaction à distance   perception augmentée  

Contexte académique Le toucher est l’un des premiers sens à se développer chez l’homme et est essentiel pour la santé physique et mentale. Cependant, avec la popularisation croissante de la communication virtuelle, le manque d’interactions tactiles dans les échanges à distance peut entraîner des problèmes psychologiques tels que l’anxiété et la sol...

DeepRNA-Twist : Prédiction des angles de torsion de l'ARN guidée par un modèle de langage avec un réseau d'attention-inception

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Biophysique,
 

I. Contexte académique et motivation de la recherche Avec le développement rapide des sciences de la vie et de la bioinformatique, l’étude de la structure et de la fonction des molécules d’ARN est devenue un domaine d’actualité. L’ARN n’est pas seulement le vecteur de l’information génétique, il joue également un rôle clé dans de nombreux processus...

Chrombus-XMBD : un modèle de convolution graphique prédictif du génome 3D à partir des caractéristiques de la chromatine

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génome 3D   modèle de convolution graphique   caractéristiques de la chromatine   interaction à longue distance   généralisabilité du modèle  

Contexte de la recherche et importance disciplinaire Dans les cellules eucaryotes, la structure spatiale tridimensionnelle de la chromatine joue un rôle essentiel dans la régulation de l’expression génique. Grâce à des repliements complexes, la formation de boucles et des réorganisations locales, l’ADN permet à différents éléments géniques (tels qu...

Deep scSTAR : Exploiter l'apprentissage profond pour l'extraction et l'amélioration des caractéristiques associées au phénotype à partir du séquençage d'ARN unicellulaire et des données de transcriptomique spatiale

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Immunologie,
Séquençage d'ARN unicellulaire   Transcriptomique spatiale   Apprentissage profond   Caractéristiques associées au phénotype   Microenvironnement tumoral  

Ces dernières années, des technologies de pointe telles que le séquençage unicellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) et la transcriptomique spatiale (spatial transcriptomics, ST) ont profondément stimulé le développement des sciences de la vie et de la médecine clinique. Elles ont révélé l’hétérogénéité cellulaire et ont offert de nouvel...