L'apprentissage d'ensemble basé sur la complétion matricielle améliore la prédiction des associations microbe-maladie

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Médecine, Sciences de la vie, Microbiologie,
association microbe-maladie   apprentissage d'ensemble   complétion matricielle   algorithme de prédiction   bioinformatique  

Contexte académique et problématique de recherche Les micro-organismes, en tant que l’une des formes de vie les plus répandues sur Terre, entretiennent des relations étroites avec les océans, les sols ainsi que le corps humain. On estime que le corps humain héberge environ 350 000 milliards de cellules microbiennes (microbial cells), dont la présen...

Représentation interprétable multi-modale pour la classification et l'annotation des ARN non codants

Sciences de la vie, Génie biologique, Génétique,
ARN non codant   apprentissage multi-modal   apprentissage profond   classification   annotation   bioinformatique   interprétabilité  

Les ARN non codants (ncARN) jouent un rôle clé dans les processus cellulaires et le développement des maladies. Bien que les projets de séquençage du génome aient révélé l’existence d’un grand nombre de gènes non codants, la fonction et la classification des ncARN restent des problèmes complexes et difficiles. La diversité, la complexité et la fonc...

CryoTEN : Amélioration efficace des cartes de densité Cryo-EM à l'aide de Transformers

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Biophysique,
Cryo-EM   amélioration de la carte de densité   Transformers   apprentissage profond   structure protéique   traitement d'images   bioinformatique  

Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...

Quantification relative des protéines et des modifications post-traductionnelles dans les expériences de protéomique avec des peptides partagés : une approche basée sur les poids

Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique,
quantification des protéines   modifications post-traductionnelles   peptides partagés   spectrométrie de masse   bioinformatique  

Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...

Sul-BERTGRU : Une méthode d'apprentissage profond intégrant BERT amélioré par l'entropie de l'information et GRU multidirectionnel pour la prédiction des sites de S-sulfhydration

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie,
apprentissage profond   sites de S-sulfhydration   entropie de l'information   BERT   GRU multidirectionnel   modification des protéines   bioinformatique  

Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...