Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Médecine, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génie biologique, Immunologie, Génétique, Microbiologie,
expression génique   transcriptomique unicellulaire   alignement de trajectoire   bioinformatique   gènes différentiellement exprimés  

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

Prédiction des associations circARN–maladie avec des unités partagées et des mécanismes d'attention multicanal

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Génie biologique,
circARN   association maladie   apprentissage multivue   mécanisme d'attention   apprentissage contrastif   modèle computationnel   bioinformatique  

Contexte Ces dernières années, les ARN circulaires (circRNA) ont joué un rôle important dans l’émergence, le développement et le traitement des maladies en tant que nouvelle catégorie de molécules d’ARN non codantes. Les circRNA possèdent une structure circulaire unique qui les rend résistants à la dégradation par les nucléases, ce qui en fait des ...

APNet : Un modèle d'apprentissage profond parcimonieux explicable pour découvrir les facteurs actifs différentiels de la COVID-19 sévère

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Maladies infectieuses, Sciences de la vie, Immunologie,
COVID-19   apprentissage profond   bioinformatique   protéomique   biologie des réseaux  

Contexte académique La pandémie de COVID-19 a eu un impact considérable sur les systèmes de santé publique mondiaux. Bien que la situation se soit améliorée, les mécanismes immunopathologiques complexes de la maladie, les séquelles à long terme (comme le “COVID long”) et les menaces similaires potentielles continuent de stimuler la recherche. En pa...

Cartographie de l'espace génique à une résolution unicellulaire avec l'analyse des modèles de signaux géniques

Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
séquençage unicellulaire   encastrement de gènes   traitement de signaux graphiques   bioinformatique   co-expression génique  

Cartographie de l’espace génique à résolution unicellulaire : étude sur l’analyse des motifs de signalisation génique (GSPA) Contexte académique La technologie de séquençage ARN unicellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fait des progrès significatifs ces dernières années dans la recherche biologique, notamment en révélant l’organisati...

Annotation génomique des guides CRISPR valide les cibles dans les lignées cellulaires variantes et améliore la découverte dans les criblages

Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
CRISPR   annotation génomique   bioinformatique   biologie computationnelle   outil logiciel  

annotation des guides CRISPR ciblant le génome à l’aide de l’algorithme EXORCISE Contexte académique La technologie CRISPR-Cas9 a révolutionné les criblages génétiques, notamment en analysant l’essentialité des gènes et les interactions chimio-génétiques. En programmant des ARN guides (gRNAs) pour cibler des séquences spécifiques du génome, ce syst...