Contexte académique Avec le développement rapide des technologies de séquençage, les scientifiques ont pu obtenir un grand nombre de séquences protéiques, y compris de nombreuses séquences enzymatiques. Cependant, bien que des bases de données enzymatiques majeures telles que Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et BRENDA aient été établi...

Les plasmides sont de petites molécules d’ADN circulaires à double brin présentes dans les bactéries, indépendantes de l’ADN chromosomique. Ils aident les bactéries hôtes à acquérir des traits bénéfiques tels que la résistance aux antibiotiques et aux métaux par le transfert horizontal de gènes. Certains plasmides peuvent se transférer, se réplique...

Contexte académique L’alignement des séquences d’ADN est une tâche centrale en génomique, visant à localiser les fragments courts d’ADN (reads) aux positions les plus probables sur un génome de référence. Les méthodes traditionnelles se divisent généralement en deux étapes : l’indexation du génome, suivie d’une recherche efficace pour localiser les...

Au cours du développement des tumeurs, les altérations du nombre de copies génomiques (Copy Number Alterations, CNAs) sont un facteur clé qui influence l’hétérogénéité et l’évolution tumorales. Comprendre ces variations est essentiel pour développer des méthodes de diagnostic et de traitement personnalisées du cancer. Le séquençage unicellulaire of...

La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...