新生児の呼吸器感染が脳幹の神経炎症を引き起こす 研究背景紹介 呼吸器感染は、新生児において最も一般的な病気であり、発病の原因の一つです。急性期には、感染により広範囲の周辺の炎症が起こることが知られています。しかし、そのような炎症が呼吸を制御する脳の重要な中枢にどのような影響を与えるかについては、十分に研究されていません。本研究では、詳しく解説されたモデルを用いて、新生児の呼吸器感染が延髄（medulla oblongata）に与える急性反応について検証しました。延髄には、重要な呼吸領域が含まれています。 論文出典紹介 この論文は、Kateleen E Hedley, Henry M Gomez, Eda Kecelioglu, Olivia R Carroll, Phillip Joblin...

将来の「抗生物質後の時代」の脅威の下で抗生物質への期待と需要を減らす方法 序論 抗生物質耐性は世界的な公衆衛生の脅威となりつつあります。この耐性の進化は生物学的プロセスであるにもかかわらず、特に農業生産や人間の医療における不必要な抗生物質の使用がこの進行を大幅に加速させました。この問題に対処するために、公衆衛生機関や活動は、抗生物質の乱用の結果を強調する脅威的な情報を伝達することがよくあります。例えば、抗生物質が完全に効かなくなる未来の「終末シナリオ」を描いています。しかし、この脅威的な情報の有効性は依然として議論の余地があり、特にCOVID-19のパンデミックの後では、一般市民の認識が変化した可能性があります。本研究は、この脅威的な情報の有効性とCOVID-19パンデミック中におけるその影...

臨床サンプル中の微生物を迅速に検出する統合メタゲノミクス手法の研究 背景紹介 本研究の背景は、現在の臨床メタゲノミクスの限界に基づいている。臨床メタゲノミクスとは、臨床サンプル中のすべての微生物のゲノムをシーケンスする方法であり、理想的にはヒトDNAを枯渇させた後に実施して感度を向上させ、ターンアラウンドタイムを短縮するものである。しかし、現在のヒトDNA枯渇方法は通常、DNAまたはRNAを含む微生物のみを優先的に保留するだけであり、両方を同時に保留することはできない。本研究は、実用的で迅速な機械的宿主枯渇方法を導入し、RNAおよびDNA微生物をナノポアシーケンシングで同時に検出できるものとするためのものである。 出典 この論文はAdela Alcolea-Medina、Christophe...

空間隔離されたマクロファージ群が結腸癌の異なる結果を予測する はじめに マクロファージは組織内の哨兵免疫細胞であり、多くの機能を果たしています。これには病原体防御、抗原提示、死んだ細胞の貪食、および組織修復を促進するシグナルの分泌が含まれます。腫瘍内では、マクロファージの浸潤はしばしば予後不良を示します。そのため、腫瘍関連マクロファージ（TAMs）は潜在的な癌治療の標的として広く注目されています。しかし、現行のマクロファージを標的とする治療法（例えば、CSF1経路阻害剤）は実体腫瘍に対してほとんど効果がないことが示されています。これは、おそらくマクロファージの異質性が無視されているためです。したがって、マクロファージの分子および機能的多様性をよりよく理解することが、癌治療において合理的にマク...

トランスクリプトーム技術によるシーケンス追跡（Tracking-Seq）によるCRISPR-Cas9媒介遺伝子編集のオフターゲット効果の多様性の解明 研究背景 遺伝子編集技術の急速な発展に伴い、CRISPR-Cas9システムはその高効率と操作の簡便さから生物医学研究分野で広く利用されています。しかし、CRISPR-Cas9システムがDNAを編集する際には、想定外の遺伝子座を切断するオフターゲット効果が発生する可能性があり、これを全面的に識別し評価することが重要な課題となっています。これまでの研究では、細胞遊離法などを用いてオフターゲット効果を検出してきましたが、これらの方法には特定の編集ツールや細胞タイプへの依存性、多量の細胞が必要、偽陽性率が高い、および体外での遺伝子編集に限られるなどの制...

複雑な微生物群集における遺伝子配列分析を用いた菌株追跡による種特異的進化パターンの解明 背景紹介 微生物の集団は、単一ヌクレオチドの変異と構造変化（組換え、挿入、欠失など）を通じて異なる菌株に分化します。大多数の菌株比較方法は主に単一ヌクレオチド多型（SNP）の差異を量化し、構造変化を無視しています。しかし、組換えは多くの種（ヒト病原体を含む）の表現型の多様化の重要な推進要因です。本稿では、SynTrackerと呼ばれるツールを紹介します。このツールは遺伝子配列（ゲノム内の相同領域のシーケンスブロックの順序）を使用して微生物菌株を比較します。遺伝子配列は既存の菌株比較ツールによって十分に活用されていない豊富なゲノム情報源です。SynTrackerはSNP感度が低く、データベースを必要とせず、...