FlowPacker : Empaquetage des chaînes latérales des protéines avec correspondance de flux torsionnel

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique,
empaquetage des chaînes latérales des protéines   correspondance de flux torsionnel   réseaux d'attention de graphes équivariants   prédiction de la structure des protéines   intelligence artificielle  

La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...

CryoTEN : Amélioration efficace des cartes de densité Cryo-EM à l'aide de Transformers

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Biophysique,
Cryo-EM   amélioration de la carte de densité   Transformers   apprentissage profond   structure protéique   traitement d'images   bioinformatique  

Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...

Quantification relative des protéines et des modifications post-traductionnelles dans les expériences de protéomique avec des peptides partagés : une approche basée sur les poids

Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique,
quantification des protéines   modifications post-traductionnelles   peptides partagés   spectrométrie de masse   bioinformatique  

Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...

Sul-BERTGRU : Une méthode d'apprentissage profond intégrant BERT amélioré par l'entropie de l'information et GRU multidirectionnel pour la prédiction des sites de S-sulfhydration

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie,
apprentissage profond   sites de S-sulfhydration   entropie de l'information   BERT   GRU multidirectionnel   modification des protéines   bioinformatique  

Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...

Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Médecine, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génie biologique, Immunologie, Génétique, Microbiologie,
expression génique   transcriptomique unicellulaire   alignement de trajectoire   bioinformatique   gènes différentiellement exprimés  

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

SP-DTI : Transformer informé par les sous-poches pour la prédiction des interactions médicament-cible

Chimie, Chimie pharmaceutique, Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique,
Interaction Médicament-Cible   Apprentissage Profond   Analyse des Sous-Poches   Modèle Transformer   Découverte de Médicaments  

Contexte académique La prédiction des interactions médicament-cible (Drug-Target Interaction, DTI) est une étape cruciale dans la découverte de médicaments, permettant de réduire considérablement les coûts et le temps de criblage expérimental. Cependant, bien que les techniques d’apprentissage profond aient amélioré la précision de la prédiction de...