利用仿真推断加速单分子结构识别 ——《amortized template matching of molecular conformations from cryoelectron microscopy images using simulation-based inference》研究新闻报告 研究背景与意义 在分子生物学和结构生物学领域，理解生物大分子如何通过不同构象（conformation）的转变来执行其功能，是揭示生命过程机制的核心目标。众所周知，蛋白质、核酸等生物大分子具有高度的柔性，它们在细胞中不断地于各种构象之间重组，而这些不同的构象往往与分子的生物学功能直接相关。因此，实验上全面刻画分子体系的“构象分布（conformational ensemble）”和结构动力学，成为...

揭示连边预测算法的“富节点”偏见及其应对新策略 —— 解读“Bias-aware Training and Evaluation of Link Prediction Algorithms in Network Biology” 一、学术背景与研究缘起 在过去的十年里，生物网络（network biology）在揭示生物分子关联与功能方面扮演着愈加重要的角色。随着蛋白-蛋白互作（protein–protein interaction, PPI）、疾病基因关系等大规模图谱数据不断丰富，基于图机器学习的连边预测（link prediction, 连边意指网络中节点之间的关联）成为生物信息学和计算生物学中的核心工具。连边预测算法被广泛用于发现未知的生物分子关联，有助于药物靶点发现、疾病机制研究、实...

学术背景 趋化性（chemotaxis）是细胞或微生物沿化学梯度定向运动的关键行为，在免疫反应、伤口愈合和病原体感染等生理过程中发挥重要作用。然而，细胞如何在复杂梯度环境中选择最优运动模式（如伪足分裂或从头形成）仍不清楚。传统模型假设细胞通过全局梯度感知（global gradient sensing）实现导航，但这一机制在浅梯度（shallow gradients）或动态环境中可能效率不足。 本研究聚焦于变形虫样细胞（如*Dictyostelium discoideum*）的伪足（pseudopod）动态，提出了一种基于机械智能（mechanical intelligence）的简化模型：伪足通过竞争有限的肌动蛋白（actin）资源实现方向决策，无需依赖复杂的信号通路或记忆机制。 论文来源...

学术背景 触觉是人类最早发展的感觉之一，对身心健康至关重要。然而，在虚拟通信日益普及的今天，远程交流中缺乏触觉互动可能导致焦虑、孤独感等心理问题。以往研究表明，触觉能有效传递情感（如抚摸传递爱意，拍打传递愤怒），但其机制尚未通过跨模态（如听觉）实现远程传递。 本研究结合社交触觉（social touch）和运动声学化（movement sonification）领域的前沿成果，提出“音频触觉（audio-touch）”技术，旨在解决以下问题： 1. 触觉交互的物理特征（如力度、速度）能否通过声音准确传递？ 2. 触觉背后的社会情感意图（如愤怒、同情）能否通过声学化被识别？ 3. 交互表面的材质（皮肤vs.塑料）是否影响听觉感知？ 论文来源 作者：Alexandra de Lagarde（So...

一、学术背景及研究动机 随着生命科学与生物信息学的飞速发展，RNA分子结构及其功能研究成为热点领域。RNA不仅仅是基因信息的传递者，更在调控、催化等多种生理过程中扮演关键角色。RNA分子的三维结构直接影响其生物学功能，而RNA结构的精确解析对于基础科学、药物设计、疾病机制研究等均具有重要意义。然而，RNA的序列到结构转换远比蛋白质复杂，不仅因为RNA的骨架有七个主链扭转角（α, β, γ, δ, ε, ζ, χ），而且还涉及复杂的伪扭转角（η, θ），加之非经典碱基对、多重环、三元作用等多样结构因素，使得高精度RNA三维结构预测极具挑战性。 传统的实验测定RNA结构方法如核磁共振（NMR）、X射线晶体学（X-ray crystallography）、冷冻电镜（cryo-EM）手段，不但昂贵且...

研究背景与学科意义 在真核细胞内，染色质（Chromatin）的三维空间结构对于基因表达调控有着至关重要的作用。DNA通过复杂的折叠、环化及局部空间重构，使不同基因元件（如启动子promoter、增强子enhancer等）在空间上变得邻近，并实现精细的顺式（cis）调控。近年来，无论在发育生物学、疾病机理还是表观遗传学研究中，三维基因组（3D-genome）的动态结构都被反复证明与基因表达变化密切相关。 当前，捕捉基因组空间构象的实验方法主要包括3C、4C、5C、Hi-C、ChIA-PET、HiChIP等。然而，这些实验方法成本高昂、操作复杂，且常常受到生物材料来源、分辨率及信噪比等条件限制，难以为多样化的生物学问题或疾病研究大规模提供数据。与此同时，随着多组学数据的积累，尤其是DNA序列、...