非小细胞肺癌中可变剪接的全局分析揭示新的组织学和人群差异 学术背景 肺癌是美国最常见的癌症之一，尤其是非小细胞肺癌（NSCLC）占据了肺癌的大部分病例。其中，肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）是最常见的亚型。尽管在肺癌的分子机制研究方面取得了显著进展，但少数族裔群体（如非洲裔美国人，AA）在肺癌研究中的代表性仍然不足。非洲裔美国男性比欧洲裔美国男性（EA）更容易患上肺癌，且发病率和死亡率更高。这种差异部分归因于医疗资源的获取和治疗决策的不同。 近年来，基因组研究表明，可变剪接（Alternative Splicing, AS）在癌症的发生和发展中起着重要作用。可变剪接是指前体mRNA在剪接过程中产生不同的mRNA异构体，进而影响蛋白质的功能。异常的剪接事件与多种癌症的肿瘤发生密切相...

PRMT5调控的DNA修复基因剪接驱动乳腺癌干细胞化疗耐药性 学术背景 乳腺癌干细胞（Breast Cancer Stem Cells, BCSCs）是乳腺癌中一个稀有的细胞亚群，具有自我更新、肿瘤起始和转移的能力。尽管BCSCs在肿瘤的发生和发展中起着关键作用，但其对化疗药物和放疗的耐药性机制仍不明确。化疗和放疗通常通过诱导DNA损伤来杀死癌细胞，而BCSCs能够通过增强DNA修复能力来抵抗这些治疗手段。因此，理解BCSCs如何通过DNA修复机制抵抗化疗药物，对于开发新的治疗策略至关重要。 PRMT5（Protein Arginine Methyltransferase 5）是一种精氨酸甲基转移酶，参与多种细胞过程，包括RNA剪接、DNA修复和基因表达调控。PRMT5在多种癌症中表达上调，...

FUT7和EXT1基因中的新种系突变与遗传性多发性外生骨疣的关联 背景介绍 遗传性多发性外生骨疣（Hereditary Multiple Exostoses, HME）是一种常染色体显性遗传的骨骼疾病，主要表现为多发性软骨帽骨赘（osteochondromas）的形成。这些骨赘通常出现在儿童的长骨、骨盆或肩胛骨等部位，可能导致疼痛、骨骼畸形、神经和血管压迫以及身材矮小。最严重的并发症是骨赘可能恶变为软骨肉瘤，发生率约为3.9%。HME的主要致病基因是EXT1和EXT2，这两个基因编码的糖基转移酶在硫酸肝素（heparan sulfate）的生物合成中起关键作用，而硫酸肝素是软骨细胞分化、骨化和凋亡的重要调节因子。然而，并非所有HME病例都能用EXT1和EXT2的突变解释，这表明其他基因可能也...

数字化空间转录组研究揭示DTX3L和BST2在食管鳞状细胞癌肿瘤发生中的关键作用 背景与研究问题 食管癌(Esophageal Cancer, EC)作为一种全球性高发的肿瘤疾病，其相关发病率和死亡率居高不下。食管鳞状细胞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma, ESCC)是亚洲地区最为常见的组织学亚型。由于其进展迅速、治疗抵抗和高转移率，患者预后极差。早期发现和治疗ESCC已成为减少患者死亡率的关键。但是，ESCC起始和早期肿瘤发生的细胞和分子机制尚未完全明确，尤其是从正常组织到低级别瘤样变、高级别瘤样变，最终发展为侵袭性癌症的动态演进过程尚有待深入探索。 目前的研究主要关注ESCC中肿瘤细胞的行为，却忽视了肿瘤微环境(Tumor Microenviron...

MECP2 重复综合征中的结构变异与表型变异性研究报道 学术背景 MECP2 重复综合征（MECP2 Duplication Syndrome，MRXSL）是一种 X 连锁基因组疾病，主要由 X 染色体上 MECP2 基因的拷贝数增加所致。这种疾病主要影响男性，临床特征多样，包括婴儿低张力、严重的发育迟缓、智力残疾、语言能力丧失、渐进性痉挛性瘫痪、胃肠问题、频繁的呼吸道感染和癫痫。虽然 MRXSL 病例表现出显著的临床多样性，但目前尚不清楚基因组结构变异与临床表型之间的具体联系。此外，复杂基因组重排（Complex Genomic Rearrangements, CGRs）在高达 38% 的 MRXSL 家庭中被发现，这进一步加深了对该疾病的复杂性认知。鉴于此，研究者希望通过综合基因组学、转...

全基因组范围甲基化研究揭示PTSD相关的新DNA甲基化位点：23个军民队列的Meta分析 学术背景及研究目标 创伤后应激障碍（Posttraumatic Stress Disorder, PTSD）是一种严重的精神疾病，通常发生在个人经历极端创伤事件后。PTSD的症状包括侵入性记忆、对触发记忆情境的回避或情感麻木，以及持续的高警觉反应，这些特征可能显著影响心理与生理健康。PTSD已被证明与慢性疾病风险增加相关，如心血管疾病等，这与其患者自我保健水平较低、药物依从性差及更高的物质使用率有关。 尽管大多数人遭遇过创伤事件，但只有少数发展为PTSD，这表明遗传和环境因素对PTSD的发生具有重要作用。以往的全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）...

关于卵巢癌基因组不稳定性研究的综合报道 背景与研究问题 卵巢癌作为一种致命的妇科恶性肿瘤，近年来的研究集中于拓展靶向疗法的可行性。多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（Poly(ADP-ribose) polymerase, PARP）抑制剂的引入，为治疗卵巢癌带来了划时代的治疗新选择，这种疗法尤其对患有同源重组缺陷（Homologous Recombination Deficiency, HRD）的患者具有显著疗效。然而，HRD的驱动因素除经典的BRCA1和BRCA2突变（BRCA1/2 mutations，以下简写为BRCAM）之外，还有哪些基因或变异参与其中仍不清晰。此外，关于非BRCA基因组不稳定性模式及其对HRD检测和精准治疗的影响也缺乏系统性的理解。 基于此，Alan Barnicle等研究...

重新审视Haemophilus influenzae的氨苄西林和头孢他啶的突变性耐药研究 背景与研究动机 Haemophilus influenzae（流感嗜血杆菌）是一种机会性细菌病原体，能够引发严重的呼吸道感染及侵袭性感染，如败血症和脑膜炎，特别是在婴儿、老年人和免疫力低下的个体中。近年来，随着β-内酰胺酶阴性氨苄西林耐药（BLNAR，β-lactamase-negative ampicillin-resistant）菌株的出现，以及基因型和表型耐药性之间的不明确关联，临床经验性治疗和患者管理面临严峻挑战。 β-内酰胺类药物如氨苄西林曾是治疗H. influenzae感染的首选，但由于氨苄西林耐药菌株的不断增加，许多国家的治疗方案已经向包含β-内酰胺酶抑制剂的联合治疗或第三代头孢菌素转变...

基因组医学领域面临的一个重要挑战是不同人群在基因变异分类上的不平等，尤其是对于非欧洲血统的个体。由于历史原因，大多数基因组研究和临床测序数据主要来自欧洲血统的个体，导致对其他血统个体的基因变异与疾病风险的理解存在显著不足。这种不平等不仅影响了诊断的准确性，还可能导致错误的医疗管理。例如，许多非欧洲血统的个体在基因检测中更可能被归类为“意义未明的变异”（VUS, Variants of Uncertain Significance），而欧洲血统的个体则更可能被归类为“致病性或可能致病性变异”（P/LP, Pathogenic or Likely Pathogenic）。这种差异不仅影响了临床决策，还加剧了健康不平等。 为了解决这一问题，研究人员提出了使用多重变异效应测定（MAVE, Multi...

肺癌脑转移的多组学整合分析揭示代谢脆弱性作为新型治疗靶点 学术背景 肺癌是全球范围内发病率和死亡率最高的癌症之一，尤其是肺癌脑转移（Lung Cancer Brain Metastases, LC-BMs）是肺癌患者常见的并发症，且预后极差。尽管近年来肺癌的治疗手段有所进步，但针对脑转移的标准治疗方案仍然有限，疗效不佳。因此，深入理解肺癌脑转移的分子机制和肿瘤微环境，对于开发新的治疗策略至关重要。 肺癌脑转移的发生机制复杂，涉及基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个层面的变化。近年来，随着多组学技术的发展，研究人员能够从多个维度全面解析肿瘤的分子特征，从而为精准治疗提供新的思路。然而，目前关于肺癌脑转移的多组学研究仍然较少，尤其是针对原发肺癌与脑转移病灶的配对分析更为稀缺。因此，本研究旨在通...