HSSPPI : Modélisation hiérarchique et spatiale-séquentielle pour la prédiction des sites d'interaction protéine-protéine

Introduction générale : Révéler les goulets d’étranglement et les opportunités de la prédiction des interactions protéiques Les protéines, en tant que molécules centrales de l’activité vitale, participent à presque tous les processus biologiques et fonctions cellulaires, y compris l’expression des gènes, la transcription de l’ARN, la synthèse de l’...

Révéler une nouvelle caractéristique du cancer par l'évaluation de l'infiltration neuronale dans le cancer

Le cancer, en tant que défi majeur de santé publique mondiale, possède des mécanismes de survenue et de développement complexes. Depuis longtemps, des processus comme l’immunité, l’inflammation et l’angiogenèse du microenvironnement tumoral (tumor microenvironment, TME) ont attiré une large attention, étant considérés comme des déterminants importa...

MAEST : Détection précise de domaines spatiaux en transcriptomique spatiale avec autoencodeur masqué de graphe

Transcriptomique spatiale — Une technologie de pointe pour décrypter l’hétérogénéité spatiale des tissus La transcriptomique spatiale (Spatial Transcriptomics, ST) est une technologie de séquençage en plein essor ces dernières années, dont le cœur réside dans la capacité à combiner les informations d’expression génique et de localisation spatiale a...

TopoQA : une approche basée sur l'apprentissage profond topologique pour l'évaluation de la qualité des interfaces de structures de complexes protéiques

Contexte académique L’analyse de la structure tridimensionnelle des complexes protéiques constitue un enjeu central en biologie structurale moderne, dans la recherche des mécanismes moléculaires, la conception de médicaments, voire la création de protéines artificielles. La fonction des protéines dépend le plus souvent de leur structure, et de nomb...

Inférer les réseaux de régulation génique à partir de données de séquençage d'ARN monocellulaire en série temporelle via des autoencodeurs récurrents causaux de Granger

1. Contexte académique et motivation de la recherche Ces dernières années, le séquençage de l’ARN à cellule unique (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) est devenu l’une des technologies les plus disruptives dans le domaine de la recherche scientifique et médicale, permettant aux chercheurs de capturer au niveau d’une cellule unique les subtiles ...