Protocole de résolution de problèmes : Prédiction précise de la séparation de phase au niveau des résidus à l'aide d'incorporations de modèles de langage et de conformation de protéines

Sciences de la vie, Biochimie, Génétique, Biophysique,
séparation de phase   modèle de langage   prédiction au niveau des résidus   incorporations conformationnelles   régions intrinsèquement désordonnées  

I. Contexte académique et importance de la recherche Ces dernières années, la séparation de phase liquide-liquide des protéines (phase separation, PS), en tant que mécanisme clé de régulation des biomolécules intracellulaires, a suscité une vaste attention dans le domaine des sciences de la vie. La séparation de phase ne favorise pas seulement la f...

Chrombus-XMBD : un modèle de convolution graphique prédictif du génome 3D à partir des caractéristiques de la chromatine

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génétique, Biophysique,
génome 3D   modèle de convolution graphique   caractéristiques de la chromatine   interaction à longue distance   généralisabilité du modèle  

Contexte de la recherche et importance disciplinaire Dans les cellules eucaryotes, la structure spatiale tridimensionnelle de la chromatine joue un rôle essentiel dans la régulation de l’expression génique. Grâce à des repliements complexes, la formation de boucles et des réorganisations locales, l’ADN permet à différents éléments géniques (tels qu...

Deep scSTAR : Exploiter l'apprentissage profond pour l'extraction et l'amélioration des caractéristiques associées au phénotype à partir du séquençage d'ARN unicellulaire et des données de transcriptomique spatiale

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Immunologie,
Séquençage d'ARN unicellulaire   Transcriptomique spatiale   Apprentissage profond   Caractéristiques associées au phénotype   Microenvironnement tumoral  

Ces dernières années, des technologies de pointe telles que le séquençage unicellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) et la transcriptomique spatiale (spatial transcriptomics, ST) ont profondément stimulé le développement des sciences de la vie et de la médecine clinique. Elles ont révélé l’hétérogénéité cellulaire et ont offert de nouvel...

L'apprentissage d'ensemble basé sur la complétion matricielle améliore la prédiction des associations microbe-maladie

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Médecine, Sciences de la vie, Microbiologie,
association microbe-maladie   apprentissage d'ensemble   complétion matricielle   algorithme de prédiction   bioinformatique  

Contexte académique et problématique de recherche Les micro-organismes, en tant que l’une des formes de vie les plus répandues sur Terre, entretiennent des relations étroites avec les océans, les sols ainsi que le corps humain. On estime que le corps humain héberge environ 350 000 milliards de cellules microbiennes (microbial cells), dont la présen...

Évaluation comparative des outils d'inférence des aberrations du nombre de copies à l'aide de jeux de données multi-omiques à cellule unique

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
Séquençage ARN unicellulaire   Aberrations du nombre de copies   Hétérogénéité tumorale   Évaluation comparative   Multi-omiques  

I. Contexte et importance de la recherche Dans les domaines de l’oncologie et de la génomique, les altérations du nombre de copies chromosomiques (Copy Number Alterations, CNAs) représentent un type de variation génétique clé qui conduit à la survenue et à la progression du cancer. Les CNAs déterminent non seulement l’hétérogénéité tumorale, mais s...