小細胞肺がんのプロテオミクスによる分類:予後と治療方針の分析 研究背景 小細胞肺がん(Small Cell Lung Cancer, SCLC)は、高度に悪性で異質性の強いがんであり、その急速な成長、早期転移、および薬剤耐性により、治療手段が限られ、予後予測モデルも改善の余地がある。現在知られているゲノム解析の多くはTP53とRB1の不活性化に集中しており、これら2つの遺伝子は98%以上のSCLC患者で異常が見られる。さらに、PI3K/AKT/mTOR経路の遺伝子変異も頻繁に発生する。しかし、SCLCの有効な分類マーカーと治療標的は依然として限られている。そのため、過去数十年間に多くの化学療法レジメンと生物製剤の臨床試験が行われたにもかかわらず、患者の全生存率は大きく改善されていない。現在の...

遺伝子セット評価ツールの単細胞ATAC-seqデータに対するベンチマークテスト 著者: Xi Wang, Qiwei Lian, Haoyu Dong, Shuo Xu, Yaru Su, Xiaohui Wu 所属: パスツール学院（蘇州大学蘇州医学院）、厦門大学自動化学部、福州大学数学・コンピューターサイエンス学部 連絡著者: xhwu@suda.edu.cn ジャーナル: 『Genomics, Proteomics & Bioinformatics』 公開日: 2024年2月9日（オンライン公開） 序論 トランスポザーゼアクセシブルクロマチン配列決定法（ATAC-seq）は、全ゲノム範囲でのクロマチンアクセシビリティを配列分析によって調べる強力で一般的なエピゲノム技術である。最近、単一...

サル痘ウイルスのタンパク質配列とコドン使用の分子進化 研究背景 2022年のサル痘ウイルス（Monkeypox virus, MPXV）の流行は、世界的な公衆衛生に大きな注目を集めました。しかし、サル痘ウイルスの進化メカニズムはまだ完全には解明されていません。サル痘ウイルスは、線状二本鎖DNAウイルスで、ポックスウイルス科（Poxviridae）、コルドポックスウイルス亜科（Chordopoxvirinae）、オルソポックスウイルス属（Orthopoxvirus）に属します。そのゲノムは約197 kbで、約200の遺伝子をコードしています。サル痘ウイルスは、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類など多くの動物に感染することができます。天然痘ウイルス（Variola virus, VARV）や牛痘ウイル...

マルチオミクスデータによる酪酸ナトリウムのストレプトマイセス遺伝子発現とタンパク質修飾への影響 学術的背景 ストレプトマイセスは豊富な遺伝子クラスターと多数の天然物を生産する可能性があることから、広く注目されています。ヒストン脱アセチル化酵素（HDAC）阻害剤は真菌のヒストン修飾において重要な役割を果たしていますが、原核生物における役割はほとんど知られていません。特にストレプトマイセスにおいて、これらの阻害剤が二次代謝産物の生合成に影響を与えるかどうかは研究に値する問題です。現代の生物情報学の発展により、ストレプトマイセスから多数の抗生物質生合成遺伝子クラスター（BGCs）が発見されましたが、実験室での培養条件下では、これらの遺伝子クラスターの大部分はサイレント状態にあり、多様な生物活性産物...

がんは世界的に重要な公衆衛生問題であり、その複雑な病理過程と多様な表現形態は常に研究の焦点となっています。多くの研究により、酸塩基平衡の乱れがんの発生と進行に重要な役割を果たすことが示されていますが、そのメカニズムはまだ完全には解明されていません。「Acid–base homeostasis and implications to the phenotypic behaviors of cancer」と題されたこの研究では、著者らはシステム生物学的アプローチを用いて、酸塩基平衡とがんの表現型行動の関係を探っています。 研究背景 酸塩基平衡（acid-base homeostasis）はすべての生細胞が正常な生理機能を維持するために重要な特性です。細胞内のpH値（略してphi）と細胞外のpH値...