使用自监督深度学习解决冷冻电镜中的偏好取向问题

克服单粒子冷冻电镜中的优选取向问题:深度学习的创新解法 背景介绍 近年来,单粒子冷冻电子显微镜(Single-Particle Cryo-EM)技术因其能够解析生物大分子在接近天然状态下的原子分辨率结构,已成为结构生物学领域的核心技术。然而,在实际应用中,研究者一直面临一个棘手的技术瓶颈,即“优选取向”(Preferred Orientation)问题。这一问题主要由于生物分子在冷冻电镜网格上分布不均,导致在某些方向上的数据采样不足。这种取向偏差通常是由样品制备过程中分子与空气-水界面(Air-Water Interface, AWI)或支撑膜-水界面的相互作用引起的。 优选取向问题在三维重构中显得尤为突出,因为它带来的各向异性(Anisotropy)会使三维结构受损,甚至失真,具体表现为二...

小分子激活剂与单PR65蛋白结合的直接观察

单分子光学镊子技术揭示小分子激活剂与PR65蛋白的结合机制 学术背景 蛋白质磷酸酶2A(PP2A)是一种关键的细胞信号调节酶,其功能失调与多种癌症和慢性疾病(如阿尔茨海默病和慢性阻塞性肺病)密切相关。因此,PP2A的重新激活被认为是治疗这些疾病的重要策略。近年来,小分子激活剂(SMAPs)被开发用于直接结合PP2A的支架亚基PR65,从而恢复其功能。然而,PR65与小分子激活剂之间的结合机制及其对蛋白质构象的影响尚不明确。为了解决这一问题,研究人员利用单分子光学镊子技术(NOTs)结合分子动力学模拟(MD),深入研究了小分子激活剂ATUX-8385与PR65的结合动力学及其对蛋白质构象的影响。 论文来源 本论文由Annie Yang-Schulz、Maria Zacharopoulou、Se...

解析人脑中天然GABAA受体的结构

解析人脑中的GABAA受体结构:一项突破性研究 学术背景 GABAA受体(γ-氨基丁酸A型受体)是大脑中最重要的抑制性神经递质受体之一,负责调控神经元的快速抑制性信号传递。这些受体不仅是治疗癫痫、焦虑、抑郁和失眠等疾病的关键药物靶点,还被广泛用于麻醉药物的作用机制研究。GABAA受体由19种不同的亚基组成,形成五聚体配体门控离子通道。尽管过去的研究通过重组表达和小鼠模型揭示了部分GABAA受体的结构和功能,但人类大脑中天然GABAA受体的亚基组成和三维结构仍然不明确。特别是,人类大脑中GABAA受体的亚基组合比啮齿类动物更为复杂,且其与辅助蛋白的相互作用尚未得到充分研究。 为了解决这一问题,研究人员从癫痫患者的手术切除脑组织中分离出含有α1亚基的GABAA受体,并利用冷冻电镜技术(cryo-...

振荡性经颅电刺激和调幅频率决定光幻视的定量特征

振荡性经颅电刺激与光幻视感知的定量特征研究 背景介绍 光幻视(phosphene)是指在没有任何外部视觉刺激的情况下,人们感知到光点的现象。这种现象在视觉神经科学和意识研究中具有重要意义,因为它可以帮助我们理解大脑如何将神经活动与感知内容联系起来。过去的研究表明,通过直接电刺激视觉皮层或应用经颅磁刺激(TMS)可以诱导光幻视。近年来,经颅交流电刺激(transcranial alternating current stimulation, TACS)也被证明能够引发光幻视,但其背后的机制尚不明确。TACS涉及电场的节律性变化和极性的交替(兴奋与抑制相),这使得光幻视感知的精确机制难以厘清。 为了区分电场节律性变化和极性交替对光幻视感知的影响,本研究采用了振荡性经颅直流电刺激(oscillat...

循环细胞外囊泡作为肺癌精准诊断的生物标志物:前景与挑战

外泌体作为肺癌精准诊断的生物标志物 学术背景 肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因之一,尤其是非小细胞肺癌(NSCLC)和小细胞肺癌(SCLC)的早期诊断和精准治疗仍然面临巨大挑战。传统的组织活检虽然被认为是肺癌诊断的“金标准”,但其侵入性、耗时性和高成本限制了其在早期诊断中的应用。近年来,液体活检(liquid biopsy)作为一种非侵入性诊断方法,逐渐成为研究热点。液体活检通过分析血液等体液中的循环肿瘤细胞(CTCs)、循环肿瘤DNA(ctDNA)以及外泌体(extracellular vesicles, EVs)等生物标志物,为肺癌的早期诊断和精准治疗提供了新的可能性。 外泌体是由细胞分泌的纳米级膜包裹囊泡,携带蛋白质、脂质、DNA和RNA等多种生物活性物质,能够通过细胞间通讯调控受体细...