登革热病毒研究：基因突变对病毒传播的影响与发现 引言 本研究由Allyson N. X. Choi等人完成并发表于2024年7月31日的《Science Translational Medicine》。研究旨在揭示1970年代发生在南太平洋的登革热疫情中登革病毒基因变化对其传播能力和疾病爆发的影响。当前已知不同的登革病毒(Dengue virus, DENV)基因型会影响其在人群中的传播潜力，但具体机制尚不明确。 研究背景与目的 登革病毒分为四种血清型（DENV-1至DENV-4），在热带和部分亚热带地区引发频繁且爆发性的流行病。这些流行病通常归因于人群免疫水平低下，但病毒基因差异也在其中扮演了重要角色。与其他病毒类似，登革病毒在传播过程中进化以适应宿主，从而增强其传播潜力。然而，如SARS...
一种自扩增RNA疫苗在预防临床模型中的D68肠道病毒感染及疾病的研究 1. 背景 近年来，新兴传染病的快速应对和疫苗研发备受关注。尤其是新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的出现，使得有关RNA疫苗技术的研究得以迅速推进。然而，目前的RNA疫苗大多数是针对包膜病毒的，对抗非包膜病毒的路径仍不够明确。D68肠道病毒（EV-D68）是一种非包膜病毒，近年来引起了一系列严重的呼吸道感染及神经症状，尤其是急性迟缓性脊髓炎（AFM）的上升趋势，使其成为重点研究对象。正因如此，本研究旨在探讨一种基于自扩增RNA（RepRNA）疫苗预防EV-D68感染和疾病的方法。 2. 来源 本文由Warner等人研究完成，分别来自HDT Bio, University of North Carolina at Cha...
全基因组测序揭示中华鲟的自体八倍体及其进化轨迹 背景介绍 中华鲟（Acipenser sinensis），作为鲟鱼亚纲的一员，是一种古老的鱼类群体。由于其独特的基因组结构和经济价值，中华鲟的保护和研究具有重要意义。鲟鱼类被称为“活化石”并且拥有复杂的全基因组重复（Whole-Genome Duplication，WGD）事件，理解其倍性演化能够为鱼类进化研究提供重要洞见。先前的研究表明，鲟鱼类中存在多倍体现象，包括二倍体、四倍体和八倍体。WGD在鱼类进化中非常常见，而中华鲟的基因组则因其复杂的多倍体特性而更具挑战性。本研究通过全基因组测序，揭示了中华鲟的八倍体基因组，并探索了其进化路径。 研究来源 本文的研究由Binzhong Wang、Bin Wu、Xueqing Liu、Yacheng ...
猴痘病毒蛋白序列和密码子使用的分子进化 研究背景 2022年的猴痘病毒（Monkeypox virus, MPXV）疫情引发了全球公共卫生的巨大关注。然而，猴痘病毒的进化机制仍未被完全了解。猴痘病毒是一种线性双链DNA病毒，属于痘病毒科Poxviridae，弦状痘病毒亚科Chordopoxvirinae和正痘病毒属Orthopoxvirus。其基因组约为197 kb，编码约200个基因。猴痘病毒可以感染多种动物，包括人类、非人灵长类和啮齿动物。与天花病毒（Variola virus, VARV）和牛痘病毒（Vaccinia virus, VACV）类似，猴痘病毒也能导致人类疾病和死亡。 猴痘病毒最早于1958年在丹麦的一个动物设施中被发现，1970年首次在刚果民主共和国的人类病例中分离出来。...
多组学数据显示丁酸钠对链霉菌基因表达和蛋白质修饰的影响 学术背景 链霉菌因其具有丰富的基因簇和生产大量天然产物的潜力而受到广泛关注。组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂在真菌的组蛋白修饰中扮演着重要角色，但其在原核生物中的作用却知之甚少。尤其在链霉菌中，这些抑制剂是否可以影响次生代谢物的生物合成仍是一个值得研究的问题。现代生物信息学的发展使得从链霉菌中发现了大量的抗生素生物合成基因簇（BGCs），但在实验室培养条件下，这些基因簇大多数处于沉默状态，无法表达出多样的生物活性产物。因此，激活这些沉默的 BGCs 是开发新型生物活性化合物的重要策略。 论文来源 本研究由中国科学院微生物研究所刘双江和谭华荣等教授团队撰写，文章于2022年9月2日发表于《Genomics Proteomics & Bi...
高通量宏基因组测序在结肠组织活检中的高灵敏度：去除宿主DNA的影响 背景 在无培养条件下通过下一代测序技术评估细菌分类结构，已成为研究细菌失衡与各种疾病关系的常用方法。已有研究通过16S rRNA基因扩增子或宏基因组测序分析了人类口腔、肠道粘膜和粪便样本的微生物群落谱。然而，16S rRNA基因测序在分类识别的分辨率方面存在局限性，而宏基因组测序能够识别到种甚至亚种水平的细菌。此外，宏基因组测序还可提供多界数据，推测跨多个领域的相互作用。 虽然宏基因组测序在表征组织样本中的微生物群落方面具有重要的临床应用，包括疾病的诊断和治疗，但样本中的人类DNA占多数，限制了低丰度细菌的检测。这种DNA丰度的不平衡导致组织样本中宏基因组测序灵敏度降低。因此，为解决这一问题，研究人员提出了一种优化的方法，通...