在复杂微生物组中使用基因排列分析进行菌株追踪揭示物种特定的进化模式 背景介绍 微生物种群通过单核苷酸突变和结构变化（如重组、插入和缺失）分化为不同的菌株。大多数菌株比较方法主要量化单核苷酸多态性（SNPs）的差异，而忽视了结构变化。然而，重组是许多物种（包括人类病原体）表型多样化的重要驱动因素。本文介绍了一种名为SynTracker的工具，该工具使用基因排列（基因组中同源区域的序列块顺序）来比较微生物菌株。基因排列是一种尚未被现有菌株比较工具充分利用的丰富的基因组信息来源。SynTracker对SNP敏感度低，无需数据库，且对测序错误具有鲁棒性。它在追踪元基因组数据中的菌株时优于现有工具，特别适用于噬菌体、质粒及其他数据有限的情境。应用于单物种数据集和人类肠道元基因组时，SynTracker...
TREM2缺陷重塑肠道巨噬细胞与微生物群 以增强抗PD-1肿瘤免疫治疗 华盛顿大学医学院的研究团队，由Blanda Di Luccia等多名科学家领衔，日前在《Science Immunology》杂志上发表了一项研究论文，揭示了肠道微生物群及肿瘤相关巨噬细胞如何影响抗PD-1免疫检查点阻断治疗的研究成果。研究证实，通过阻断或删除巨噬细胞上的触发性受体TREM2，能够增强机体抗肿瘤T细胞应答，并揭示了TREM2缺陷小鼠在抗PD-1治疗后，肠道巨噬细胞向促炎状态的转变，及肠道微生物群中鲁米诺考古菌（Ruminococcus gnavus）的扩展。 研究背景 免疫检查点抑制剂（CPIs）通过阻断PD-1、PD-L1和CTLA-4等蛋白质已在治疗多种癌症中取得成功，但尚有相当数量的患者未能持久响应...
长期生存的KLRG1+效应记忆T细胞的组织驻留能力 背景介绍 记忆CD8 T细胞是机体对抗病原体再感染的重要一环。记忆T细胞是一类多异性细胞，存在于全身不同的组织中，能够提供重要的监视和快速应答功能。记忆T细胞来源于效应T细胞，根据其表面标志物的不同可以进一步细分：比如短寿命效应细胞（short-lived effector cells，SLEC）表达高水平的KLRG1和低水平的CD127，而记忆前体细胞（memory precursor cells，MPEC）则相反，表达低水平的KLRG1和高水平的CD127。MPEC主要演化为中央记忆T细胞（central memory T cells，TCM），效应记忆T细胞（effector memory T cells，TEM），和驻留记忆T细胞（...
癌症免疫学 乳酸-SREBP2信号轴驱动的耐受性树突状细胞成熟及其癌症进展促进作用 背景介绍 在癌症中，常规树突状细胞（DCs）是反肿瘤免疫的关键介导者。然而，癌症发展出了使DCs在肿瘤微环境（TME）中失效的机制，这些机制尚未完全理解。本研究识别了CD63作为特异性表面标志物，揭示了成熟的调节性树突状细胞（mregDCs）迁移到肿瘤引流淋巴结组织并抑制DC抗原交叉呈递，同时促进辅助性T细胞2型（Th2）及调节性T细胞（Tregs）的分化。转录和代谢研究表明，mregDCs的功能依赖于甲羟戊酸（MVA）生物合成途径及其主导转录因子SREBP2。研究发现黑色素瘤来源的乳酸在肿瘤DCs中激活SREBP2，推动了mregDCs的形成。通过DCs特异性基因沉默和药理学抑制SREBP2，促进了抗肿瘤C...
背景介绍 在呼吸道疾病中，肺部是一个敏感的器官，暴露在外界环境中，容易受到病原体、过敏原和毒性颗粒的侵害。由于呼吸系统疾病（如哮喘）所导致的高发病率和死亡率，使得研究保护肺黏膜表面的细胞机制变得非常重要。先天性淋巴样细胞(Innate Lymphoid Cells, ILCs)在这种防御过程中起重要作用，特别是第二类ILCs（ILC2s），它们在对肺部病原体的防御中起关键作用，例如驱动对吸入性过敏原（如室内尘螨）的病理反应，并调节哮喘中的免疫反应。 研究动机 然而，目前对调控肺部ILC2s生长发育的因素仍不明确。通过对Gfi1和Gfi1b这两个转录因子的命运映射分析，我们了解到Gfi1在ILC2s的发育过程中保持恒定表达，而Gfi1b的表达则限于特定类型的骨髓前体细胞和肺内ILC前体细胞。因...
对于一篇关于血吸虫感染早期反应的深入研究，Houlder等人撰写的论文为科学界提供了重要的见解。他们的研究发表于《科学免疫学》(Sci. Immunol.) 2024年7月5日的第9卷，揭示了血吸虫（Schistosoma mansoni）感染早期不同细胞成群和细胞因子的动态变化以及这些变化对症状的影响。本文基于对27名参与者的研究，使用了质谱细胞术和多重免疫检测方法来全面地描述了感染后两个月内的免疫反应。 本研究的背景是通过探究血吸虫感染早期过程中人体免疫系统的反应，从而为开发更有效的疫苗、新药以及诊断方法提供科学依据。据作者介绍，此前对于急性血吸虫感染期间免疫细胞群和细胞因子的变化知之甚少。 研究设计包含了两个单性（雄性或雌性）的人工血吸虫感染实验。学者们运用质谱细胞术鉴定出七大类淋巴细...