EPICPred : Prédire les phénotypes pilotés par les TCR liant les épitopes en utilisant l'apprentissage multi-instances basé sur l'attention

Les récepteurs des cellules T (TCR) jouent un rôle crucial dans le système immunitaire adaptatif, en reconnaissant les agents pathogènes par leur liaison à des épitopes spécifiques. Comprendre les interactions entre les TCR et les épitopes est essentiel pour dévoiler les mécanismes biologiques des réponses immunitaires et pour développer des immuno...

SCICONE : Appel de nombre de copies et reconstruction de l'histoire des événements à cellule unique

Au cours du développement des tumeurs, les altérations du nombre de copies génomiques (Copy Number Alterations, CNAs) sont un facteur clé qui influence l’hétérogénéité et l’évolution tumorales. Comprendre ces variations est essentiel pour développer des méthodes de diagnostic et de traitement personnalisées du cancer. Le séquençage unicellulaire of...

ImmunoTar—Prioritisation intégrative des cibles de surface cellulaire pour l'immunothérapie du cancer

Le cancer reste l’une des principales causes de mortalité dans le monde. Bien que des progrès significatifs aient été réalisés ces dernières années dans l’immunothérapie, comme le succès des thérapies par cellules CAR-T (récepteur antigénique chimérique) et des conjugués anticorps-médicament (ADCs), l’identification efficace des cibles protéiques d...

Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

Apprentissage par cartographie contrastive pour la reconstruction spatiale des données de séquençage d'ARN unicellulaire

La technologie de séquençage d’ARN monocellulaire (scRNA-seq) permet une analyse transcriptomique à haut débit à la résolution d’une seule cellule, ce qui a considérablement fait progresser la recherche en biologie cellulaire. Cependant, une limitation notable de la technologie scRNA-seq est qu’elle nécessite la dissociation des tissus, ce qui entr...

APNet : Un modèle d'apprentissage profond parcimonieux explicable pour découvrir les facteurs actifs différentiels de la COVID-19 sévère

Contexte académique La pandémie de COVID-19 a eu un impact considérable sur les systèmes de santé publique mondiaux. Bien que la situation se soit améliorée, les mécanismes immunopathologiques complexes de la maladie, les séquelles à long terme (comme le “COVID long”) et les menaces similaires potentielles continuent de stimuler la recherche. En pa...