Chrombus-XMBD : un modèle de convolution graphique prédictif du génome 3D à partir des caractéristiques de la chromatine

Contexte de la recherche et importance disciplinaire Dans les cellules eucaryotes, la structure spatiale tridimensionnelle de la chromatine joue un rôle essentiel dans la régulation de l’expression génique. Grâce à des repliements complexes, la formation de boucles et des réorganisations locales, l’ADN permet à différents éléments géniques (tels qu...

TopoQA : une approche basée sur l'apprentissage profond topologique pour l'évaluation de la qualité des interfaces de structures de complexes protéiques

Contexte académique L’analyse de la structure tridimensionnelle des complexes protéiques constitue un enjeu central en biologie structurale moderne, dans la recherche des mécanismes moléculaires, la conception de médicaments, voire la création de protéines artificielles. La fonction des protéines dépend le plus souvent de leur structure, et de nomb...

DockEM : Une méthode améliorée pour le raffinement de l'amarrage protéine-ligand à l'échelle atomique exploitant les cartes de densité Cryo-EM de résolution faible à moyenne

Contexte académique et motivations de la recherche Ces dernières années, le docking protéine–ligand s’est imposé comme une technologie clé pour le criblage virtuel de médicaments et le développement de nouveaux médicaments basés sur la structure. L’application à grande échelle des technologies de criblage à haut débit a certes amélioré l’efficacité...

Ensembles de référence régulièrement mis à jour pour des évaluations statistiquement correctes des applications d'AlphaFold

Un nouveau chapitre académique dans la prédiction des structures protéiques La résolution de la structure des protéines reste l’un des défis fondamentaux de la biologie moléculaire et des sciences de la vie. Les méthodes expérimentales traditionnelles telles que la cristallographie aux rayons X, la résonance magnétique nucléaire (RMN) et la cryo-mi...

Architecture in situ du complexe prohibitin humain

Contexte académique Les mitochondries sont les centrales énergétiques des cellules, et l’intégrité de leur membrane interne (mitochondrial inner membrane, MIM) est cruciale pour les fonctions cellulaires. Les prohibitines (PHB) constituent une famille de protéines hautement conservées, comprenant deux sous-types, PHB1 et PHB2, qui jouent un rôle im...