複雑な微生物群集における遺伝子配列分析を用いた菌株追跡による種特異的進化パターンの解明 背景紹介 微生物の集団は、単一ヌクレオチドの変異と構造変化（組換え、挿入、欠失など）を通じて異なる菌株に分化します。大多数の菌株比較方法は主に単一ヌクレオチド多型（SNP）の差異を量化し、構造変化を無視しています。しかし、組換えは多くの種（ヒト病原体を含む）の表現型の多様化の重要な推進要因です。本稿では、SynTrackerと呼ばれるツールを紹介します。このツールは遺伝子配列（ゲノム内の相同領域のシーケンスブロックの順序）を使用して微生物菌株を比較します。遺伝子配列は既存の菌株比較ツールによって十分に活用されていない豊富なゲノム情報源です。SynTrackerはSNP感度が低く、データベースを必要とせず、...

群体リソースに基づく単一サンプル腫瘍サブクローン再構築アルゴリズム 背景紹介 癌の進化過程と腫瘍の遺伝的異質性は、現代腫瘍学研究の重要な分野です。腫瘍は正常細胞から進化し、体細胞変異を獲得することで徐々に発展します。これらの変異は細胞クロマチン構造や内因性及び外因性の誘変圧力の影響を受け、確率的に発生します。特定の変異が細胞に選択的優位性を提供すると、その子孫細胞は局所環境で拡大することができます。長年の蓄積を経て、最終的に多くの癌の特性を持つ細胞集団、すなわちクローンが形成されます。異なる腫瘍細胞亜群（サブクローン）は、ドリフトまたは選択圧力を通じて細胞集団内に出現します。この進化的特徴は臨床上重要であり、遺伝的異質性は予後不良、変異の多さ、耐薬性に関連しています。そのため、腫瘍の進化過程...

研究背景 葉緑素及びその誘導体は医学、食品、エネルギー、材料分野において広く応用されているが、これらの化合物の効率的な生産には大きな課題がある。研究者は紫色非硫光合成細菌 Rhodobacter sphaeroides を効果的な細胞工場として利用し、酵素触媒と代謝工学を組み合わせて葉緑素化合物を生産した。 研究過程 プロセス設計 研究プロセスには遺伝子編集、発酵の促進、代謝調節および酵素催化のステップが含まれる。 遺伝子編集 研究チームはCRISPRiスクリーニングを通じて R. sphaeroides 内でターゲット遺伝子heMNを特定し、これによりcoproporphyrin III（CPIII）生産の改善が可能となった。 発酵の促進 PrrAB二成分系の時間調節と連続バッチ発酵戦略の...

中枢神经系统（CNS）自身免疫性疾病，如視神経脊髄炎スペクトラム障害（NMOSD），は視神経炎と脊髄炎の再発を特徴とする炎症性自身免疫脱髄疾患です。NMOSDの治療において重大な進展があるにもかかわらず、一部の患者は現行の治療に反応せず、病状が反復し治癒が難しい場合があります。これは、現在の治療法がCNS内の免疫失調を効果的にターゲットにできていない可能性があります。抗水チャネルプロテイン4（AQP4）免疫グロブリンG（IgG）は抗体依存性細胞媒介性細胞毒性および補体依存性細胞毒性を含む多様な経路を通じてCNS脱髄損傷を引き起こします。 キメラ抗原受容体（CAR）T細胞治療は血液癌の長期管理において潜在能力を示し、いくつかの難治性自身免疫疾患の治療において初期効果を示しています。しかし、CA...

酸化リン酸化が B 細胞のエフェクターサイトカインを調節し、多発性硬化症における炎症反応を促進する 背景紹介 近年、B細胞の抗体非依存機能が健康および疾患において注目されており、特にさまざまなサイトカインを分泌する能力が話題となっている。これらの因子は局所免疫反応を活性化または抑制することができる。研究によると、B細胞のサイトカインの不調整は、複数の免疫介在性疾患、特に多発性硬化症（Multiple Sclerosis, MS）の原因の一つである。しかし、B細胞のサイトカイン発現の調節メカニズムについては依然として限られた理解しかない。本論文では、炎症促進性（例：GM-CSF表現）および抗炎症性（例：IL-10表現）のB細胞サイトカインの分泌がどのように調節されるか、特に酸化リン酸化（Oxi...