珪藻フィトクロムが水中光スペクトルを統合して深度を感知する研究 学術的背景 海洋生態系における光の分布は、水生生物の生活に深い影響を与えます。光は深度とともに減衰するだけでなく、そのスペクトル組成も大きく変化します。しかし、植物プランクトンが光受容体を通じてこれらの光変化をどのように感知しているかについては、まだ十分に解明されていません。珪藻は海洋において重要な植物プランクトンであり、その光感知メカニズムの研究は、海洋生態系の光適応戦略を理解する上で重要な意味を持ちます。フィトクロム（phytochromes）は、主に赤色光（R）と遠赤色光（FR）を感知するタンパク質で、光合成生物や非光合成生物に広く存在しています。しかし、海洋環境では赤色光と遠赤色光が水によって強く吸収されるため、珪藻フィ...

RNAのコンフォメーション空間の研究：溶液中のRNase P RNAの動的構造 学術的背景 RNAのコンフォメーション多様性は、生物学において重要な役割を果たしており、特にRNAスプライシング、パッケージング、細胞転写活性化、および環境刺激応答などのプロセスにおいて重要です。しかし、従来の生物物理学的技術では、溶液中のRNAの完全なコンフォメーション空間を直接可視化することはできませんでした。RNase P RNAは、すべての生物界に存在するRNA酵素であり、前駆体tRNA（pre-tRNA）の5’末端を編集する役割を担っています。その基質特異性が広範であることから、RNase P RNAは高いコンフォメーション柔軟性を持つと考えられており、この柔軟性と酵素活性に必要な剛性構造との間には複雑...

空間トランスクリプトミッククロックが脳の老化における細胞近接効果を明らかにする 学術的背景 加齢に伴い、認知機能の低下と神経変性疾患のリスクが顕著に増加します。脳の老化は複雑なプロセスであり、多くの細胞レベルの変化を伴います。しかし、老化した細胞がどのように近隣の細胞に影響を与え、その影響が組織の機能低下にどのように寄与するかはまだ明らかではありません。さらに、老化組織におけるこの問題を体系的に解決するためのツールはまだ開発されていません。この研究では、研究者たちは空間分解能を持つ単一細胞トランスクリプトームアトラスを開発し、機械学習モデルを組み合わせることで、老化、再生、および疾患における空間的および細胞タイプ特異的なトランスクリプトームの特徴を明らかにしました。 論文の出典 この論文は、...

学術的背景 RNA（リボ核酸）は生命体において極めて重要な分子であり、遺伝子発現、調節、触媒など多様な生物学的プロセスに関与しています。ヒトゲノムの大部分はRNAに転写されますが、RNA分子の構造研究は依然として大きな課題を抱えています。RNA分子は通常、高い構造的多様性と柔軟性を持ち、これがその機能の前提となっていますが、これが核磁気共鳴（NMR）、X線結晶学、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）などの伝統的な構造解析手法の適用を制限しています。特に大きなRNA分子では、その構造的多様性と大規模なRNA構造データベースの欠如により、既存のタンパク質構造予測手法（例：AlphaFold）を直接RNAに適用することができません。したがって、大きなRNA分子の三次元構造、特にその構造的多様性を正...

脊椎動物の体幹発生における体外モデル研究 学術的背景 脊椎動物の体幹発生は、複数の細胞タイプの生成と組織化を伴う高度に調和されたプロセスである。このプロセスの中心には、胚の後部に位置する前駆細胞群があり、複雑なシグナルネットワークを介して神経管、体節、脊索（notochord）などの組織に分化する。脊索は脊索動物の特徴的な構造であり、胚発生において機械的支持を提供するだけでなく、シグナル分子を分泌して周囲の組織の発生を調節する。しかし、既存の体外モデル、例えば多能性幹細胞（pluripotent stem cells, PSCs）を用いた分化モデルは、体幹発生の一部を再現できるものの、脊索やその依存組織（例えば神経管の底板（floor plate））を欠いていることが多い。これにより、脊椎動...

学術的背景 タンパク質の自己集合は生物学的システムにおいて普遍的な現象であり、その機能は構造支持から生化学的反応の制御まで多岐にわたる。近年、タンパク質設計の分野で顕著な進展が見られたが、既存の自己集合タンパク質構造は通常、厳密な対称性に依存しており、そのサイズと複雑性のさらなる向上が制限されていた。この制限を打破するため、研究者らは細菌のマイクロコンパートメントやウイルスカプシドに見られる擬似対称性（pseudosymmetry）に着想を得て、大規模な擬似対称性を持つ自己集合タンパク質ナノ材料を設計するための階層的な計算手法を開発した。この研究は、厳密な対称性の制約を超えることで、より大きく、より複雑なタンパク質ナノケージ（nanocages）を設計し、自己集合タンパク質構造の多様性を拡大...