MAEST : Détection précise de domaines spatiaux en transcriptomique spatiale avec autoencodeur masqué de graphe

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Génie biologique,
transcriptomique spatiale   identification de domaines spatiaux   détection de domaines conjoints   autoencodeur masqué de graphe   apprentissage contrastif de graphe  

Transcriptomique spatiale — Une technologie de pointe pour décrypter l’hétérogénéité spatiale des tissus La transcriptomique spatiale (Spatial Transcriptomics, ST) est une technologie de séquençage en plein essor ces dernières années, dont le cœur réside dans la capacité à combiner les informations d’expression génique et de localisation spatiale a...

TopoQA : une approche basée sur l'apprentissage profond topologique pour l'évaluation de la qualité des interfaces de structures de complexes protéiques

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Biophysique,
Évaluation de la qualité   Interface protéique   Homologie persistante   Réseau de neurones graphiques   Données topologiques  

Contexte académique L’analyse de la structure tridimensionnelle des complexes protéiques constitue un enjeu central en biologie structurale moderne, dans la recherche des mécanismes moléculaires, la conception de médicaments, voire la création de protéines artificielles. La fonction des protéines dépend le plus souvent de leur structure, et de nomb...

Inférer les réseaux de régulation génique à partir de données de séquençage d'ARN monocellulaire en série temporelle via des autoencodeurs récurrents causaux de Granger

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génétique,
séquençage d'ARN monocellulaire   réseau de régulation génique   apprentissage non supervisé   causalité de Granger   autoencodeur variationnel récurrent  

1. Contexte académique et motivation de la recherche Ces dernières années, le séquençage de l’ARN à cellule unique (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) est devenu l’une des technologies les plus disruptives dans le domaine de la recherche scientifique et médicale, permettant aux chercheurs de capturer au niveau d’une cellule unique les subtiles ...

Identification des gènes du cancer par l'intégration d'un modèle de langage causal avec l'inférence causale basée sur les données omiques

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biochimie, Génétique,
gènes du cancer   causalité   modèle de langage   multi-omique   apprentissage causal  

L’identification précise des gènes du cancer constitue une difficulté centrale dans la recherche fondamentale du cancer et dans le domaine de la médecine de précision. Récemment, une équipe de recherche de l’Université du Jilin et de l’Université des Sciences et Technologies du Zhejiang a publié dans la revue Briefings in Bioinformatics un article ...

Cox-SAGE : Amélioration du modèle de risques proportionnels de Cox avec des réseaux de neurones graphiques interprétables pour le pronostic du cancer

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Médecine, Système hépatobiliaire, Oncologie,
Modèle de risques proportionnels de Cox   pronostic du cancer   réseaux de neurones graphiques   découverte de biomarqueurs   graphe de similarité des patients  

I. Contexte de la recherche et avancées disciplinaires L’analyse du pronostic du cancer a toujours constitué un axe central de recherche dans le domaine médical. Ces dernières années, grâce à la large diffusion des technologies de séquençage à haut débit (high-throughput sequencing technologies), les scientifiques ont pu explorer en profondeur les ...

Test et dépassement des limites de l'analyse de réponse modulaire

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Génie biologique, Génétique,
Analyse de réponse modulaire   Régression   Inférence de réseau   Manque d'ajustement   Optimisation convexe   mraregress  

Contexte de la recherche : nouveaux défis dans l’inférence des réseaux Dans le domaine moderne de la biologie moléculaire et de la biologie des systèmes, l’analyse précise des réseaux biomoléculaires (tels que les réseaux de régulation génique, d’interactions protéine-protéine ou de transduction de signaux) est considérée comme essentielle pour com...